新型冠状病毒英国变异株的核酸检测试剂有效性和敏感性评估

目的:评估三种商用试剂盒对新型冠状病毒英国B.1.1.7变异株的检测效果。方法:收集2021年1月北京市某区新冠肺炎聚集性疫情期间的10份鉴定为B.1.1.7变异株的咽拭子、鼻咽拭子样本,同时收集2020年6—12月北京市监测发现的10份鉴定为非变异株的咽拭子、鼻咽拭子样本做为对照。用三种可检测该变异株的商业化试剂盒分...     

干扰素诱导跨膜蛋白3基因rs12252多态性与新型冠状病毒肺炎关联性研究

目的:了解干扰素诱导跨膜蛋白3（IFITM3）基因rs12252多态性与新型冠状病毒感染之间的关联。方法:选择2020年1月至2021年1月北京市监测发现的新型冠状病毒肺炎病例及无症状感染者446例和健康对照人群65例。提取呼吸道样本基因组DNA,使用Sanger测序法检测IFITM3基因rs12252多态性。结果:无...     

北京市鼠形动物感染巴尔通体的调查

目的 调查北京市鼠形动物巴尔通体感染状况和遗传特征。方法 采用夹夜法在北京市16个区捕获鼠形动物,使用PCR方法检测巴尔通体gltA基因,测序后进行系统发育树分析。结果 共采集7属9种鼠形动物样本448份,检测到巴尔通体阳性样本46份,总阳性率为10.3%,且阳性率在鼠种间、地区间和生境间的差异均具有统计学意义(X²_鼠种=114.980,X²_地区=22.133,X²_生境=96.466,P均<0.001)。系统发育树分析显示,40份样本序列位于进化树上的8个不同分支,提示北京市鼠形动物巴尔通体感染存在遗传多样性。结论 巴尔通体在北京市鼠形动物中广泛存在,并具有遗传多样性,本地人群存在一定的感染风险。     

2018年北京市O1群霍乱弧菌表型及分子分型特征分析

目的了解2018年北京市O1群霍乱弧菌表型及分子分型特征。方法2018年收集北京市霍乱患者和外环境分离的29株霍乱弧菌,应用常规鉴定方法进行血清分型,荧光定量PCR检测霍乱弧菌ctxAB基因,应用96孔微量肉汤稀释法进行药物敏感试验（11类21种试验药物）,应用NotⅠ及ShifⅠ酶切进行脉冲场凝胶电泳（PFGE）分子分型。结果29株O1群霍乱弧菌中小川型非产毒株、稻叶型非产毒株和小川型产毒株构成比分别为62.07%（18/29）、24.14%（7/29）和13.79%（4/29）;29株菌头孢唑林耐药率最高82.76%,美罗培南敏感率100.00%;28株菌耐药;有9种耐药型别,最多耐13种药;有13种耐药类别,最多耐7类药;29株菌株PFGE分子分型为16个型别（BJ1801 ~ 1816）。结论北京市O1群霍乱弧菌以非产毒株为主,多重耐药严重;PFGE分子分型结果提示应注意食品安全问题,特别要加强水产品的监测。     

2022年北京市新型冠状病毒分支BA.5.2的流行特征与基因组学特征分析

目的了解北京市2022全年新型冠状病毒分支BA.5.2流行特征与基因组学特征, 为科学监测和防控新冠病毒感染提供依据。方法收集北京市2022全年新冠病毒感染病例呼吸道标本, 过滤后采用高通量测序法进行全基因组测序, 测序数据进行比对、分析并构建系统发育树。结果截止2022年12月中旬累计获得2 881条新冠病毒全长序列, 其中BA.5.2占比12.22%, 与Wuhan-Hu-1参考基因组的核苷酸和氨基酸序列一致性中位数分别为99.2%和99.0%。352条BA.5.2新冠序列共发现271个氨基酸突变位点, 其中常见突变位点有ORF1ab区域的S135R和S蛋白区的D614G等35个;常见缺失位点有ORF1a基因的3 675～3 677位、ORF9b基因的27～29位和S基因的69～70位等;未发现插入变异。系统发育分析显示, 北京市2022全年的BA.5.2的病毒基因组均位于GR进化支, 与GISAID上的其他分支以及北京监测的其他分支存在一定的进化距离。结论北京市2022年BA.5.2变异株的流行规律基本与全球流行趋势相一致。352条新冠病毒序列由于时间跨度长、多波输入和本土局部传...     

病毒载量对SARS-CoV-2测序准确性的影响

目的评估病毒载量对严重急性呼吸综合征冠状病毒2型(severe acute respiratory syndrome coronavirus 2, SARS-CoV-2)全基因组测序准确性的影响, 为新冠病毒基因监测提供技术支撑。方法提取3例新冠病毒阳性病例的核酸进行4个梯度稀释处理, 同时提取83例新冠病毒阳性病例的核酸进行验证, 通过测序深度、基因组覆盖率和测序深度均一性等指标对测序结果进行评价。结果病毒载量的改变不能影响原始测序数据的质量, 病毒载量对测序数据的准确性具有一定的影响:当Ct值≤32时, 病毒载量变化对测序深度和基因组覆盖率的影响并不显著, 能够达到全基因组测序目的;当Ct达到38时, 覆盖率急剧下降至50%以下, 无法测到病毒的基因组全长。结论通过评估病毒载量对SARS-CoV-2的测序准确性的影响, 我们建议选取Ct值≤32的样本, 产生的测序数据的全基因组覆盖率能够满足后续分析要求。     

中国内地报告首起本地感染猴痘疫情的调查处置

目的 描述中国内地报告首起本土猴痘疫情处置过程及防控措施,探讨其中的经验和教训,以期对今后猴痘疫情处置有所启示。方法 依据《猴痘防控技术指南(2022年版)》(以下简称指南)对疫情开展流行病学调查、溯源和密切接触者排查管理。结果 此次疫情是我国内地报告首起本地猴痘疫情。指示病例由北京市疾病预防控制中心及中国疾病预防控制中心的实验室确证,同时由北京市卫生健康委员会组织专家会诊后确诊病例。通过对指示病例详细的流行病学和行程轨迹、支付记录等大数据搜索,溯源成功,并判定密切接触者5人,其中高危性伴2人,医务人员3人(接诊指示病例);一般接触者4人,为指示病例的同办公室同事。对密切接触者开展21 d医学观察,期间第0、7、14、21天进行咽拭子样本检测;一般接触者进行21 d健康监测。结论 本起疫情参照新型冠状感染疫情处置模式,在疾控和多个部门配合下溯源成功并追踪管理密切接触者,并依据指南对病例进行强制隔离治疗及医学观察,我国内地报告的首起猴痘疫情得到有效控制。     

2015-2020年北京市肾综合征出血热流行病学特征分析

目的 描述现住址为北京市的肾综合征出血热(HFRS)病例的流行病学特征.方法 使用WPS表格录入流行病学调查数据,进行病例个案信息数据整理后,使用SPSS 20.0软件进行统计学描述.结果 2015年至2020年北京市共报告HFRS病例46例.2015年至2020年HFRS病例数(年平均发病率)分别为11例(0.06/...     

环境样本新型冠状病毒核酸检测阳性结果评估及处置建议

核酸检测作为新型冠状病毒实验室检测的主要手段,在国内疫情防控中发挥了重大作用。随着国内本土病例的动态"清零"和对病毒经物品传播风险的深入认识,"人物同防"已成为当前我国疫情防控的重点,环境新型冠状病毒核酸监测成为常态化防控中不可或缺的环节之一。然而,由于新冠疫苗接种和相关科学研究的进行,新型冠状病毒核酸环境监测屡屡出现...