2017-2019年贵州省BV系流感病毒的分子特征分析北大核心CSCD

目的了解贵州省BV系流感暴发疫情和重症病例毒株的分子特征,探讨其特异性分子靶标,为流感的防控提供依据。方法选取贵州省2017-2019年BV系流感暴发疫情、重症病例和普通流行毒株,经基因组的提取、HA和NA基因的扩增与测序,与参考株一起进行分子特征分析。结果贵州省所有毒株HA和NA基因进化树拓扑结构类似,整体上毒株处于3个分支,2017年的毒株聚集为一簇,2018年的分散存在,2019年的处于两个分支且相对较远,绝大部分暴发疫情毒株和重症病例毒株均处于分支1。贵州省所有毒株同疫苗株B/Colorado/06/2017 HA和NA基因同源性最高,分别为98.6%~99.3%和98.9%~99.4%;2017年BV系毒株间HA和NA基因同源性分别为99.9%和99.9%~100%,2018年分别为98.4%~99.3%和98.7%~99.1%,2019年分别为97.7%~100%和98.4%~99.9%,其中2019年分支2中的毒株间同源性分别为99.4%~100%和99.6%~99.9%,分支1中的分别为99.5%~100%和99.3%~99.9%,所有暴发疫情、重症病例毒株同当年度普通流行毒株之间同源性均高于99.4%;与疫苗株B/Colorado/06/2017相比所有毒株HA基因均存在S14N、G144D、V195I、K513R的突变,NA基因均存在Q371K、D490N的突变;2019年分支1中的毒株HA基因存在G148R、K151E和T563A以及NA基因存在A395T的特异性位点突变;分支2中的毒株HA基因存在V394I和NA基因存在V71A、K343E、A395V和V401I的特异性位点突变。同时,分支1中的毒株HA基因与疫苗株B/Brisbane/60/2008相比存在179-181KND的特异性缺失突变,与B/Colorado/06/2017相比存在181D的特异性缺失突变和150环的抗原位点突变。结论贵州省BV系暴发疫情毒株之间存在一定的差距,但暴发疫情毒株与普通流行毒株之间亲缘关系和同源性较高,2019年存在两个分支群系毒株的流行,且暴发疫情、重症病例毒株主要以分支1中的毒株流行为主;贵州省暴发疫情、重症病例毒株存在多个位点的特异性突变和缺失突变,应进一步加强分子特征的实时监测和致病力相关的特异性分子靶标研究。     

2012-2014年贵州省流感监测分析

摘要:目的　了解2012-2014年贵州省流行性感冒（流感）流行特征,为流感防制提供参考依据。方法　收集2012 -2014年贵州省流感样病例（ILI）监测数据和病原学监测数据,分析ILI占门诊就诊病例百分比（ILI%）、流感病毒各亚型的变化规律。结果　哨点医院共报告ILI 229694例,ILI%平均为5.91%。网络实验室共检测哨点医院采集的流感样病例标本32111份,阳性率12.12%。其中病原构成为季节性流感H3亚型占41.00%,次为BY型占27.47%,甲型H1N1占26.54%,混合型占0.96%。结论　2012年以来贵州省流行的流感病毒多种,但主要是季节性流感H3亚型、BY型,以及甲型H1N1亚型;流感监测网络的建立,对发现新发、不明原因疾病起着重要的作用。     

贵州省2013—2016年B型流感病毒流行特征分析

目的了解贵州省B型流感病毒的流行特征和规律,为其预防与控制提供依据。方法采用描述性方法对贵州省2013年4月1日—2016年3月31日B型流感病毒RT PCR检测结果进行统计。结果贵州省2013—2016年3个监测年度B型流感病毒RT PCR检测阳性1 904份,其中By系1 215份、Bv系642份,2013年4月—2014年3月、2014年4月—2015年3月2个监测年度B型流感的优势流行株都是By系,而2015年4月—2016年3月是Bv和By系共同流行,流行季节主要在冬春季;B型流感病毒男性检出所占比率较高,占56.83%;15岁以下低年龄组人群B型流感病毒检出数最高（70.80%）,而Bv系在0~岁年龄组最高（42.37%）,By系在5~岁年龄组最高（35.56%）;混合感染病原组合构成主要以By+Bv为主,占67.65%,与B型有关的混合感染数占95.59%。结论贵州省B型流感病毒存在By和Bv两种系别的流行,流行季节为冬春季,男性感染病例多于女性,发病以15岁以下人群为主,加强低年龄群体流感疫苗的接种和监测具有重要意义。     

2017—2019年贵州省H3N2亚型流感病毒流行特征及NA基因遗传特性分析

目的 分析2017—2019年贵州省H3N2亚型流感病毒流行特征及神经氨酸酶(Neuramini dase,NA)基因的遗传特性,为H3N2亚型流感病毒的防控提供科学依据。方法 采集2017—2019年贵州省13家国家级流感监测哨点医院的流感样病例(ILI)咽拭子标本,进行荧光定量PCR的检测,以自然年度为监测周期进行统计分析。H3N2亚型核酸阳性的标本进行狗肾胚细胞(MDCK)分离病毒,收集培养液提取病毒RNA,进行RT-PCR特异性NA基因扩增,扩增产物纯化后进行测序,用MAGE7.0软件和Clustal W2软件进行同源性、遗传进化和耐药位点分析。结果 2017-2019年,贵州省采集ILI咽拭子标本分别为15 553、15 164和15 348份,H3N2亚型阳性率分别为5.12%(797/15 553)、0.80%(122/15 164)和7.67%(1 177/15 348),呈交替流行趋势;高峰期主要出现在1-3月和10-12月。2017-2019年H3N2亚型NA基因核苷酸同源性为97.5%~100%,在进化树上主要分成2个分支,所有毒株NA基因关键位点均未发生突变。结论 贵州省H3N2亚型流感病毒呈年度周期性流行,多发于冬春季节,为更好防控流感,应及时掌握流行趋势,需加强监测并及时分析病毒基因特征变异情况。     

贵州省百日咳频发地区605份健康人血清百日咳抗体水平检测

目的了解贵州省百日咳病例频发地区健康人群抗体水平,评估真实发病水平和疾病风险,为其预防和控制提供依据。方法 2016年12月在贵州省钟山区和威宁县2个百日咳频发地区,采用分层抽样和随机抽样的方法采集健康人群的静脉血清3~5ml;通过酶联免疫吸附实验(ELISA)定量测定血清中百日咳鲍特菌总IgG含量;采用Microsoft Excel软件整理测定结果,通过SPSS 18.0,选用方差分析和卡方检验等统计方法进行数据分析。结果共检测钟山区和威宁县健康人群血清605份,百日咳鲍特菌总IgG阳性率为10.41%,其浓度几何均值为10.46IU/ml;男女性别间百日咳鲍特菌总IgG抗体阳性率(10.55%,10.00%)和抗体浓度(9.91IU/ml,10.95IU/ml)均无统计学差异(=0.049,P=0.893;F=2.957,P=0.355);4剂次无细胞百白破疫苗(DTa P)免疫人群与3剂次DTa P疫苗免疫人群间的百日咳鲍特菌总IgG浓度分别为2.96IU/ml、2.76IU/ml,二者间百日咳鲍特菌总IgG浓度差异无统计学意义(F=6.757,P=0.694);0-3岁人群百日咳鲍特菌总IgG浓度随接种时间推移而下降,末次接种疫苗后5个月内为3.61IU/ml,2-3年后降至2.19IU/ml(F=2.731,P=0.035);受百日咳感染影响,青少年和成人百日咳鲍特菌总IgG浓度有较明显的峰值,抗体水平随年龄增长呈波动性上升。结论贵州省百日咳频发的钟山区和威宁县健康人群血清中百日咳鲍特菌总IgG水平较低,可能存在接受疫苗免疫的人群仍然感染百日咳的现象,需进一步加强监测,优化免疫策略。     

2010 - 2016年度贵州省流感流行特征监测分析

了解贵州省2010 - 2016年流感流行特征,为流感防控提供科学依据。方法 采用流行病学描述性方法对2010年4月1日 - 2016年3月31日流感样病例(简称ILI)监测情况、病原学检测结果和流感病毒分离情况进行分析。结果 2010 - 2016年6个流感监测年度贵州省门急诊病例就诊总数在逐年增多,ILI比例平均为6.18%。0～15岁小年龄组ILI%明显高于其他年龄组人群,占91.20%。ILI病例共采集60 829份,检出阳性7 817份,阳性率平均为12.85%,流行株主要为季H3、新甲H1N1、Yamagata系和Victoria系;6个监测年度,优势流感病毒分别为A型流感、B型流感、季H3+新甲H1N1流感、新甲H1N1+Yamagata系流感、季H3流感、季H3+Victoria系+Yamagata系流感;共分离到1 652株流感病毒,季H3和By最多;0岁～年龄组分离到毒株670株,5岁～年龄组433株。结论 贵州省2010 - 2016年流感监测年度ILI比例较高,ILI病例以0～15岁小年龄群体为主;随年度优势流感呈单独流行或多种共同流行特点;各年龄组毒株分离情况与ILI年龄分布整体上一致,流感病毒的分离情况也能反映流感的流行情况。加强ILI病例病原学监测和小年龄人群疫情监测具有重要意义。     

肠杆菌及临近种属的多位点序列分析

目的 为建立适宜的分子分型方法,以弥补16S rDNA在肠杆菌种属聚类分析上的不足,为后续类似菌株鉴定提供参考。方法 以肠杆菌属内各个种的模式菌株为研究对象,选择16S rDNA及rpoB、infB、gyrB和atpD基因序列,采用CLUSTALX软件和BioEdit软件进行序列比对和拼接;16S rDNA的相似性通过EzBioCloud数据库在线比对,拼接后的序列经MegAlign软件分析相似性;采用MEGA 7.0软件对序列多态性及系统发育关系进行分析。结果 肠杆菌属部分种间的16S rDNA序列高度相似(>99%),且与Lelliottia、Klebsiella及Kosakonia等属的部分种也有98%以上的相似性,其系统发育树的聚类分析显示属内成员并没有完全聚于一簇;16S rDNA序列的变异位点占比为6.44%(74/1149),rpoB、infB、gyrB和atpD基因串联后的变异位点占比为14.44%(380/2630)。结论 在16S rDNA高度同源的部分种属间,多位点序列分析较清晰地将肠杆菌属与其临近种属区分开,更能真实、准确地反映其生物分类学地位。     

2015-2017年贵州省威宁13株H9N2亚型禽流感病毒HA基因序列分析

目的 了解2015-2017年贵州省威宁H9N2亚型禽流感病毒的分子特征,为禽流感病毒的研究与防控提供依据。方法 对选取的13株病毒进行核酸的提取、血凝素基因(hemagglutinin,HA)的扩增和测序,运用生物信息学软件对H9N2禽流感病毒(AIV)HA基因的同源性、遗传进化、受体结合关键位点、致病相关位点和糖基化位点变异情况进行分析。结果 13株H9N2AIV的HA基因核苷酸和氨基酸同源性分别为96.1%~99.9%和95.7%~100%,均属于DK/HK/Y280/97分支。HA基因与致病性高低相关的裂解位点区域2株为PSRSNR↓GLF,11株为PSRSSR↓GLF,均属于低致病性毒株。与传播感染相关的受体结合位点均发生E198T和Q234L的突变,具有人样受体结合特征。13株毒株HA均含7个与毒力相关的糖基化位点,218位点均存在一个糖基化位点缺失,313位点均存在一个糖基化位点的增加。结论 贵州省威宁县H9N2AIVs属于DK/HK/Y280/97系,均为低致病性禽流感病毒,存在人易感位点,病毒一直处于不断的变异之中,故应加强其监测与防控。     

贵州省2014-2017年H7N9禽流感病毒HA和NA基因特征分析

目的 分析2014－2017年贵州省H7N9禽流感病毒HA和NA基因的分子特征和感染风险。方法 对2014－2017年贵州省获取的18例确诊人感染H7N9病例和6份环境样本分离的H7N9病毒株的HA和NA基因进行扩增,运用生物信息学软件解析其变异和遗传进化。结果 2014－2015年贵州省2株毒株与WHO推荐的A/Shanghai/2/2013和A/Anhui/1/2013疫苗株HA和NA基因的同源性最高,分别为98.8%～99.2%和99.2%;2016年2株和2017年14株与A/Hunan/02650/2016疫苗株同源性最高,分别为98.2%～99.3%和97.6%～98.8%;2017年其余6株与A/Guangdong/17SF003/2016疫苗株同源性最高,为99.1%～99.4%和98.9%～99.3%。所有毒株均属于长江三角洲分支,但主要聚集为3个次分支。2017年贵州省西部有6株毒株（含2例人感染病例毒株）裂解位点存在插入突变为PEVPKRKRTAR↓GLF,具备高致病性禽流感病毒的分子特征;受体结合关键位点存在A134V、G186V和Q226L突变,NA蛋白颈区“QISNT”均缺失,毒株A/Guizhou-Danzhai/18980/2017发生耐药突变R294K,9株毒株NA蛋白糖基化位点发生NCS42NCT突变。结论 2014－2017年贵州省H7N9禽流感病毒HA和NA基因存在遗传差异,关键位点的变异增强了病毒对人体的易感性和毒力,部分毒株发生耐药突变,其感染与致病风险增加。     

贵州省2012-2019年度流感样病例监测结果分析

目的 分析贵州省2012-2019年流感监测结果,为全省流感防控提供依据。方法 通过中国疾病预防控制信息系统收集哨点医院流感样病例（ILI）监测数据,运用描述性流行病学方法对贵州省2012-2019年度流感监测结果进行分析。结果 贵州省2012-2019 年度哨点医院共报告ILI 728970 例, ILI 占门急诊就诊病例比例为6.49%（4.34%~7.25%）。儿内科急诊ILI%最高,为65.52%,ILI主要集中在15岁以下的儿童,占90%。随着年龄的增长,ILI 比例逐渐递减,60岁以上年龄组人群所占比重最低,为2.69%。ILI%呈现冬春季和夏季2个流行高峰。完成核酸检测流感样病例标本90380份,核酸阳性12090份,阳性率为13.38%（10%~20%）。核酸阳性时间和地区分布呈现交替升降,黔东南和黔西南每个年度核酸阳性率都高。2014-2015年度和2016-2017年度以季节H3流感为主要优势毒株,2013-2014年度和2017-2018年度以甲型H1N1流感和B型流感共同流行,2015-2016年度以季节H3流感和B型流感为优势株,2018-2019年度以季节H3型流感和甲型H1N1流感为主。结论 儿童和学生是重点防控对象,流感病毒流行优势株交替出现,应加强流感防控工作,及时做好流感监测和预测预报。