2020年宁夏新冠疫情期间SARS-CoV-2与常见发热呼吸道病原流行特征比较分析

目的 了解2020年宁夏新冠疫情期间SARS-CoV-2与常见6种发热呼吸道病原的检出情况、流行规律和感染特点,为新冠疫情常态化防控提供理论依据。方法 应用Real time RT-PCR技术对2020年1月20日至2020年2月16日期间宁夏疾病预防控制中心收检的COVID-19筛查样本进行SARS-CoV-2和Flu等常见发热呼吸道病原进行定性检测,并收集各病原阳性患者人口学特征资料。结果 529例COVID-19筛查样本中,SARS-CoV-2阳性检出率为13.23%（70/529）。对COVID-19筛查样本中180份符合条件的FRS病例样本进行6种其他呼吸道病毒病原检测,阳性检出率为12.78%（23/180）,其中检出率较高的病原为Flu和HRSV,阳性率分别为5.00%和2.78%。各时间段内SARS-CoV-2阳性检出率存在两个较为明显的峰值,其他呼吸道病毒总阳性检出率稳中有降。SARS-CoV-2阳性检出率男性和女性差异无统计学意义,41~ 60岁组及60岁以上组阳性率较高,分别为25.00%和24.39%,阳性病例在宁夏五市均有分布,银川市最多;其他呼吸道病原男性检出率显著高于女性,41~ 60岁组阳性率最高,其次为0~20岁组,阳性率分别为33.33%和12.20%,阳性主要集中于银川与中卫两市。结论 在常态下防控新冠疫情的背景下,应加强呼吸道传播病原快速筛查体系的建设以达到精准防控传染病的迫切需求。     

HIV-1核糖核酸病毒载量检测室内质量控制方法的建立和应用

目的通过自制1型艾滋病病毒(HIV-1)核糖核酸(RNA)质控品绘制Levey-Jennings(L-J)质控图,建立HIV-1RNA病毒载量检测室内质量控制方法,力求保证检测结果的准确性和有效性。方法用检测值为检测限以下和50 000拷贝/mL的血浆样品配制质控品。共配制三批次,运用单因素ANOVA分析三批次质控品间的差异。以第一批次10支质控品的检测值和Lg值为基线数据建立两个质控图,剩余质控品每次测定血浆样品时自带一支,最后将检测值绘制到质控图中,观察它们在质控图中的波动范围、计算可控率和变异系数,然后比较分析两个质控图的可行性。结果三批次自制质控品间无差异性,两两比较P均0.05。在以测定值建立的质控图中,20支质控品17支在控,3支失控,可控率为85.0%,变异系数(CV)为11.5%。以Lg值建立的质控图中18支在控,2支失控,可控率为90.0%,CV值为1.4%。结论通过自制质控品的Lg值绘制质控图,建立的HIV-1RNA病毒载量检测的室内质量控制方法可信、可行,能够及时发现检测中的无效值,保证检测结果准确、可靠。     

2022年宁夏回族自治区1株Ⅰ型疫苗衍生脊髓灰质炎病毒分离株的调查处置

目的 对宁夏回族自治区1株疫苗衍生脊髓灰质炎(脊灰)病毒(Vaccine derived poliovirus, VDPV)进行鉴定和应急处置。方法 对宁夏某区2022年9月1例急性弛缓性麻痹(Acute flaccid paralysis, AFP)病例和其同居住区的健康儿童开展流行病学调查，采集粪便标本分离脊灰病毒，对分离株进行核苷酸序列分析和鉴定；开展AFP病例主动搜索和脊灰疫苗接种率评估。结果 从1名健康儿童粪便标本中分离到1株Ⅰ型脊灰病毒，该分离株与Ⅰ型Sabin疫苗株相比VP1区发生13个核苷酸变异(1.43%),鉴定为VDPV。2021-2022年该区适龄儿童脊灰疫苗基础和加强免疫报告接种率均为100%。未发现该分离株在当地循环。结论 研究地区脊灰病毒分离株为健康携带者VDPV,未造成循环。宁夏需继续保持适龄儿童高水平脊灰疫苗接种率和高灵敏性的脊灰病原学监测。     

中国首例境外输入性新冠肺炎病例SARS-Co V-2全基因组序列分析

目的 分析宁夏发现的中国首例输入性新冠肺炎病例病毒全基因组序列与遗传特性。方法 病例咽拭子标本进行病毒核酸提取和实时荧光RT-PCR检测,通过高通量测序获取病毒全基因组序列;从NCBIGen-Bank数据库和国家生物信息中心（CNCB）获取77条新冠病毒全基因组序列进行基因特征和系统进化分析。结果 根据病例流行病学史,确定其为中国首例境外输入病例,通过高通量测序,获得了感染该病例SARSCoV-2的全基因组序列（29 903 bp）,同源性分析表明,该病毒具有3个与国内株均不一致的SNP位点（G11083T、T11244C和T11318C）,但为错义突变,不引起抗原变化;系统发育分析表明,该病毒与土耳其、巴基斯坦和缅甸等来源的毒株位列同一分支,处于LineageB.2进化分支,具有较近的亲缘关系,而与国内流行株（处于LineageB.1分支）处于不同的进化支,亲缘关系较远。结论 该病例为中国首例境外输入新冠肺炎感染病例,结合病例流行病学史和病毒基因组特征,证实该病例来源于伊朗,处于LineageB.2进化分支,需加强不同地区境外输入病例监测和病毒全基因组测序。     

7种RNA沉默抑制子对植物病毒载体表达系统表达水平的影响

目的探索不同植物病毒RNA沉默抑制子对植物病毒载体表达系统重组蛋白表达水平的作用,为合理高效地利用这一新
型的外源基因表达平台奠定基础。方法构建了7种不同的RNA沉默抑制子瞬时表达载体,以农杆菌渗滤法,与马铃薯X病毒
表达载体PVXdt-GFP共侵染寄主植物本明烟,通过对报告基因绿色荧光蛋白（GFP）的荧光观察,并以Western blotting、ELISA
和RT-qPCR等测定GFP在烟草中的表达情况,分析不同RNA沉默抑制子对植物中外源基因表达水平的作用和特点。结果7
种病毒RNA沉默抑制子对外源基因GFP在烟草中表达水平的作用效果和持续时间存在差异,其中,番茄丛矮病毒的P19蛋白
的增效作用最好,作用时间也最长;非洲木薯花叶病毒的AC2蛋白和水稻黄斑驳病毒的P1蛋白无明显的增效作用。结论
RNA沉默抑制子可以通过抑制病毒诱导的RNA沉默来提高外源基因在植物中的表达水平和表达持续时间,但是不同的植物病
毒载体表达系统需要通过筛选获得其最佳的共表达沉默抑制子“伴侣”。
     

2021年银川市4株人呼吸道合胞病毒全基因组基因特征

 目的 分析2021年银川市人呼吸道合胞病毒(HRSV)全基因组的基因特征。 方法 收集2021年银川市2所流感监测哨点医院的流感样标本共1 100份,选择发热并伴有严重呼吸道感染症状的标本共669份,通过实时荧光定量逆转录聚合酶链反应(RT-PCR)法筛选出HRSV阳性标本,对其中符合测序要求的HRSV阳性标本进行全基因组测序。在GenBank数据库下载HRSV全球各基因型别代表株,使用MEGA7软件进行序列比对、亲缘关系进化树构建和遗传距离的计算分析,使用DNAStar软件中MegAlign分析HRSV测序株序列核苷酸(氨基酸)的同源性和氨基酸变异。 结果 669份全年龄段的鼻咽拭子标本,HRSV阳性标本60份,阳性率为8.97％。其中有4份HRSV阳性标本全基因组测序成功,亲缘关系进化树显示,2株HRSVA为ON1型,2株HRSVB为BA9型。2条HRSVA全长序列均与MN306029.1/USA/2019/ON1全长序列的核苷酸(氨基酸)同源性最高,2条HRSVB G蛋白基因序列均与MW160815.1/Australia/2017/BA9的G蛋白基因序列核苷酸(氨基酸)同源性最高。氨基酸变异分析结果表明,2条HRSVA在第113、131、178、257、258、266位均发生了突变,分别为T113I、V131D、N178G、E257K、H258Q、H266L,YinChuanRSVA-01在第134位发生K突变为R(K134R),2条HRSVB在第159位和第160位均出现氨基酸缺失,在G蛋白第二高变区的第254、270、276、290位均发生T突变为I(T254I、T270I、T276I、T290I)。 结论 2021年银川市HRSV出现了RSVA基因型和RSVB基因型的共同流行,以及多个氨基酸位点的变异。     

2012—2020年宁夏HIV-1感染者分子传播网络特征分析

目的 分析宁夏HIV-1感染者分子网络特征及传播网络的影响因素，为制定有效干预措施提供科学依据。方法 收集442份2012—2020年新报告的HIV-1感染者血清样本，通过巢式PCR扩增HIV-1pol区基因序列，根据pol基因序列进行病毒亚型分析，基于最适基因距离构建分子网络，分析分子传播网络特征及其影响因素。结果 共获得398条HIV-1pol区基因序列，发现6种HIV-1基因型，以CRF07＿BC和CRF01＿AE亚型为主，分别占60.05%和25.88%。CRF07＿BC、CRF01＿AE和CRF55＿01B逐年发现数量呈上升趋势（P<0.05）。有247条序列进入分子网络，入网率为62.06%（247/398）,共形成50个传播簇，簇内节点数为2～152个，其中有一个大簇，节点数为152个（61.54%,152/247）。入网率最高是CRF07＿BC亚型（73.22%）,其次是CRF55＿01B（72.73%）,测序时是否耐药和CD4⁺T淋巴细胞计数是入网率影响因素（P<0.05）。结论 宁夏HIV-1基因亚型多样，以CRF07-BC为主要优...