食管鳞状细胞癌差异表达基因的筛选及功能分析

目的 通过生物信息学方法分析食管鳞状细胞癌组织与癌旁正常组织之间的差异表达基因及关键基因。方法 自基因表达综合（GEO）数据库下载的基因芯片数据集GSE38129、GSE17351、GSE92396中筛选出食管鳞状细胞癌与癌旁正常组织之间的差异基因,通过DAVID数据库对差异基因行功能富集分析,通过京都基因与基因组百科全书（KEGG）数据库对差异基因进行相关通路分析,通过Cytoscape构建蛋白-蛋白互作网络并从中找出关键基因,应用UALCAN数据库对关键基因进行表达分析。结果 本研究共筛选出食管鳞状细胞癌与癌旁正常组织中共同表达差异且差异有统计学意义的基因250个。差异基因主要作为细胞组件（CC）中的细胞-细胞黏附连接、细胞外环境等参与生物学途径（BP）中的核糖核酸聚合酶Ⅰ启动子转录的正调控、氧化还原反应、细胞黏附等作用,参与的分子功能（MF）有蛋白质结合、钙离子结合、细胞间黏附等功能。后从250个基因中筛选出13个关键基因,13个基因在食管鳞状细胞癌组织与正常食管组织中的表达情况比较,差异均有统计学意义（P﹤0.05）。结论 通过生物信息学的方法对差异基因和关键基因进行分析,探寻...     

miR-27a-3p对肝癌细胞化疗敏感性的影响及机制探讨

背景与目的：肝细胞肝癌是一种临床上常见的恶性肿瘤,由于其对化疗药物的耐受,常导致预后较差。microRNA（miRNA,miR）是一类长链非编码小RNA,参与肿瘤的多种生物学功能。miR-27a-3p作为代谢相关的miRNA被广泛地研究,而与化疗敏感性之间关系的报道较少。通过探讨miR-27a-3p参与肝癌化疗敏感性及其可能机制,为肝癌化疗提供新的理论依据。方法：应用癌症基因组图谱（The Cancer Genome Atlas,TCGA）数据库分析miR-27a-3p在肝细胞肝癌患者癌组织与癌旁组织中的表达。采用Lipofectamine ^TM 3000脂质体瞬时转染方法,将miR-27a-3p过表达质粒和阴性对照质粒（miR-control）转染肝癌细胞株HepG2,将敲低质粒miR-inhibitor-27a-3p和阴性对照质粒（miR-inhibitor-control）转染PLC细胞,分别加入不同浓度的顺铂（cisplatin,DDP）处理48 h,采用四甲基偶氮唑蓝（methyl thiazolyl tetrazolium,MTT）法检测细胞增殖情况;采用流式细胞术检测细胞凋亡;蛋白［质］印迹法（Western blot）技术检测磷脂酰肌醇3激酶和蛋白激酶B（phosphoinosmde-3-kinase/protein kinase B,PI3K/AKT）信号通路相关的蛋白表达。结果：miR-27a-3p在肝癌组织中的表达明显低于癌旁组织（P＜0.05）;在HepG2过表达细胞中,MTT结果显示,实验组miR-27a+DDP细胞对DDP的半数抑制浓度（IC ⁵⁰ ）为（1.02±0.03）μg/mL,较对照组miR-control+DDP（1.27±0.08）μg/mL、空白对照组+DDP（1.73±0.08）μg/mL均降低（P＜0.05）;细胞凋亡分析结果显示,实验组miR-27a+DDP的凋亡率［（31.03±0.20）%］显著高于对照组+DDP［（18.51±2.96）%］和空白对照组+DDP［（8.73±1.58）%］（P<0.05）;Western blot检测结果显示,miR-27a+DDP组的PI3K表达水平（0.28±0.01）较DDP组［（0.43±0.01）］、miR-27a组（0.57±0.11）及miR-control组（0.72±0.01）降低（P<0.05）;miR-27a+DDP组的p-AKT的表达水平（0.29±0.01）与DDP组（0.46±0.05）、miR-27a组（0.67±0.01）及miR-control组（0.10±0.01）相比明显降低（P<0.05）;而miR-27a+DDP组的C-caspase的表达水平（0.69±0.01）则高于DDP组（0.51±0.01）、miR-27a组（0.35±0.01）及miR-control组（0.18±0.01）,差异有统计学意义（P<0.05）。进一步将miR-27a-3p在PLC细胞中敲低,并于DDP中刺激培养,MTT、细胞凋亡和Western blot实验结果显示,与HepG2过表达细胞的结果趋势相反,差异均有统计学意义（P<0.05）。结论：miR-27a-3p可能通过调节PI3K/AKT信号通路调控肝癌细胞株对DDP的化疗敏感性,有望成为增强肝癌DDP化疗敏感性的潜在治疗靶点。     

新疆地区5577例原发性肝癌的流行病学特点分析

目的分析新疆地区原发性肝癌（PHC）的临床流行病学特点,为制定合适的防治措施提供参考。方法收集整理2002年1月至2014年12月新疆医科大学第一附属医院诊疗的5577例PHC患者的临床资料,对其性别、族别、发病年龄、户口分布、肝炎病毒阳性率进行回顾性分析。结果5577例PHC患者中,男女之比为3．45：1;汉族、维吾尔族、哈萨克族、回族及其他民族（锡伯族、满族、蒙古族）所占的比例分别为79．67％、9．86％、4．55％、3-31％、2．61％,且维吾尔族与汉族的构成比差异有统计学意义（P〈0．05）。4232例患者进行了乙型肝炎表面抗原（HBsAg）检测,3833例患者进行了丙型肝炎抗体（HCV—Ab）检测。HBsAg呈阳性者2560例（60．49％）,HCV．Ab呈阳性者490例（12．78％）;维吾尔族的乙型肝炎病毒检测阳性率为35．52％,哈萨克族的乙型肝炎病毒检测阳性率为40．00％,均低于汉族（65．68％,P〈0．05）。PHC患者中城市人口与农村人口分别为3589例（64．35％）和1988例（35．65％）。结论PHC患者易患人群为肝炎病毒阳性患者,新疆地区维吾尔族与哈萨克族PHC患者中的乙型肝炎病毒阳性率明显低于汉族,在临床上应采取相应的防治措施。     

DCTPP1基因在乳腺癌中的表达及其生物信息学分析

目的 利用肿瘤数据库挖掘数据分析DCTPP1基因在乳腺癌组织中的表达及与患者预后的相关性,探讨DCTPP1基因的生物学作用及功能.方法 利用ualcan数据库分析乳腺癌组织中的DCTPP1基因mRNA表达水平,利用Human Protein Reference Database数据库分析不同病理类型乳腺癌组织中DCTPP1蛋白表达水平,采用GEPIA乳腺癌数据分析DCTPP1基因的表达水平与乳腺癌患者预后的相关性.在gene-mania和WebGestalt数据库对与DCTPP1基因表达相关基因及其功能进行生物信息学分析,探讨基因功能.结果 与正常乳腺组织比较,乳腺癌组织中DCTPP1基因mRNA呈高表达(P<0.05).不同病理类型、不同肿瘤分期的乳腺癌组织中DCTPP1基因均呈高表达(P<0.05).乳腺癌组织中DCTPP1蛋白表达水平高于正常乳腺组织.与低表达比较,DCTPP1基因高表达明显降低乳腺癌患者总体生存时间(HR=1.9,P<0.05).基因功能分析提示与DCTPP1表达相关的20个基因主要位于细胞质、细胞核及细胞膜性结构中,参与细胞的代谢、生物调节、细胞生长等过程,在结合蛋白、酶活性、结合核酸等过程中发挥着作用.结论 DCTPP1基因在乳腺癌中明显高表达,与乳腺癌患者不良预后相关,参与多种生物过程,可能成为乳腺癌治疗干预的新靶点.     

GOLM1在肺腺癌组织中的表达及对A549细胞增殖、迁移和侵袭能力的影响

目的:探讨高尔基磷蛋白2(Golgi phosphoprotein 2,GOLPH2,又称为GP73或GOLM1)在肺腺癌组织中的表达及对A549细胞增殖、迁移、侵袭能力的影响.方法:从GEPIA数据库分析肺腺癌组织中GOLM1 mRNA表达情况及与肺腺癌患者预后的相关性;利用慢病毒siRNA技术下调人肺腺癌A549细...     

安罗替尼单药与联合其他方案多线治疗老年消化道肿瘤患者的效果和安全性

目的 观察安罗替尼单药与联合其他方案多线治疗老年消化道肿瘤患者的临床效果和安全性。方法 收集2018年6月至2019年5月新疆医科大学附属肿瘤医院收治的老年消化道肿瘤患者(年龄≥60岁)50例,均接受安罗替尼单药或安罗替尼联合其他方案多线治疗,安罗替尼用法为12 mg/次,1次/d,连续用药2周,休息1周,3周为1个周期。记录患者相关临床信息、治疗方案、不良反应发生情况、近期疗效与远期生存情况。结果 50例患者中有30例为安罗替尼单药治疗(单药治疗组),20例采用安罗替尼联合治疗(联合治疗组)。联合治疗组高血压、疲劳、肝功能损害、高三酰甘油血症和恶心呕吐发生率均明显高于单药治疗组,差异均有统计学意义(均P<0.05)。治疗后,50例患者中部分缓解者占4.0%(2/50),稳定和进展者各占48.0%(24/50),客观缓解率和疾病控制率分别为4.0%(2/50)和52.0%(26/50)。截至2020年3月,50例患者随访1～20个月,中位随访时间为9.5个月,中位无进展生存期(PFS)为6.0个月,中位总生存期为10.8个月。联合治疗组PFS及总生存期均长于单药治疗组,差异均有统...     

肺腺癌中核黄素转运体2基因和蛋白表达及功能的生物信息学分析

目的 探讨核黄素转运体2(RFT2)在肺腺癌中的表达、预后意义及其生物学功能.方法 检索GEPIA数据库中有关肺腺癌的数据,分析肺腺癌组织与癌旁组织中RFT2 mRNA表达的差异.采用Kaplan-Meier方法分析RFT2高、低表达组肺腺癌患者总生存时间(OS)、无病进展生存时间(DFS)的差异.利用The Huma...     

细粒棘球绦虫表面抗原EpC1的生物信息学分析北大核心CSCD

目的采用生物信息学方法分析细粒棘球绦虫表面抗原EpC1的结构和功能等。方法从NCBI数据库中下载EpC1氨基酸序列,采用ProtParam预测蛋白的理化性质,SignalP-5预测信号肽,Euk-mPLoc 2.0进行亚细胞定位,ProtScale、SOSUI、DNASTAR预测其亲疏水性,SOMPA预测二级结构,NetPhos预测磷酸化位点,MotifScan预测修饰位点,Swissmodel预测三级结构,TMHMM分析跨膜区域;运用ABCpred、IEDB预测B细胞抗原表位,SYFPEITHI预测T细胞抗原表位。结果预测EpC1由174氨基酸序列组成,分子式为C_(884)H_(1403)N_(245)O_(268)S_(9),不稳定指数为46.27,为亲水蛋白,无信号肽和无跨膜区,且定位于细胞膜及细胞质中。二级结构中α螺旋占44.25%,β折叠占14.94%,β转角占5.75%,无规则卷曲占35.06%,EgEpC1具有能与HLA-A*02-01的结合能力,且能被HLA-DRB*0401(DR4Dw4)分子呈递。结论生物信息技术分析EpC1蛋白存在多个B、T细胞表位,含有钙结合结构域,可为该蛋白的基因克隆表达及细粒棘球绦虫感染的防治研究提供理论基础。     

细粒棘球绦虫表面抗原MKK1的生物信息学分析

目的 运用生物信息预测网站及相关工具分析细粒棘球绦虫表面抗原MKK1的理化性质、抗原性等。方法 EgMKK1氨基酸序列经NCBI数据库中下载,采用ProtParam分析蛋白的理化性质,SignalP-5分析信号肽,Euk-mPLoc 2.0进行亚细胞定位,ProtScale、SOSUI及DNASTAR分析亲疏水性,SOMPA分析二级结构,NetPhos分析磷酸化位点,MotifScan分析修饰位点,Swissmodel分析三级结构,TMHMM分析跨膜区域,ABCpred和IEDB预测B细胞抗原表位,SYFPEITHI预测T细胞抗原表位。结果 EgMKK1由338氨基酸序列组成,分子式为C₁₆₈₈H₂₆₈₇N₄₇₁O₄₉₇S₁₇,亲水指数为-0.167456,为亲水蛋白;无信号肽,含2个跨膜区,且定位于细胞质及细胞核中。二级结构中α螺旋占43.20%,β折叠占10.95%,β转角占4.14%,无规则卷曲占41.72%。EgMKK1能与HLA-A*02-01结合,且能被HLA-DR...