TRAF6和OTUD5在结直肠癌中的表达情况及其临床意义

［摘要］　目的　探讨肿瘤坏死因子受体相关因子6（TRAF6）和卵巢肿瘤结构域蛋白去泛素化酶5（OTUD5）在结直肠癌（CRC）中的表达情况及其在CRC发生、发展中的机制作用。方法　收集2017年3月至2018年3月在广西医科大学第一附属医院接受手术治疗的50例CRC患者的临床病理资料。选取患者肿瘤的CRC组织及其对应的癌旁组织（距离肿瘤边缘>10 cm）,采用免疫组织化学染色法检测TRAF6和OTUD5的表达情况,并分析其与患者临床病理特征的关联性。采用实时荧光定量聚合酶链式反应（RT-qPCR）法检测TRAF6 mRNA和OTUD5 mRNA在人正常结肠上皮细胞株NCM460和CRC细胞株HT29的表达水平。构建过表达TRAF6的HT29细胞系,分析TRAF6与OTUD5的相关性。结果　CRC组织的TRAF6阳性表达率显著高于癌旁组织（84.00% vs 28.00%; χ²=31.818,P=0.000）,OTUD5阳性表达率显著低于癌旁组织（32.00% vs 54.00%; χ²=4.937,P=0.026）。TRAF6阴性组远处转移发生率显著高于TRAF6阳性组（P<0.05）。OTUD5阴性组TNM分期为Ⅲ～Ⅳ期的人数比例大于OTUD5阳性组,且淋巴结转移和远处转移发生率高于OTUD5阳性组,差异有统计学意义（P<0.05）。HT29细胞的TRAF6 mRNA表达水平显著高于NCM460细胞（t=6.960,P=0.000）,OTUD5 mRNA表达水平显著低于NCM460细胞（t=13.840,P=0.000）。过表达TRAF6的HT29细胞的OTUD5 mRNA表达水平显著低于正常HT29细胞（t=32.555,P=0.000）。结论　TRAF6可能通过抑制OTUD5基因的表达调控CRC的发生、发展和转移。     

CLCA1在结直肠癌中的表达及其基因集富集分析

目的 探讨钙激活的氯离子通道辅助蛋白1(CLCA1)在结直肠癌(CRC)中的表达及其与临床病理特征和预后的关系,分析其基因集富集情况.方法 通过肿瘤基因组图谱(TCGA)数据库下载CLCA1 mRNA表达数据,应用GSEA软件进行CLCA1不同表型的基因集富集分析.分析CLCA1 mRNA在CRC组织与癌旁组织中的差异...     

基于生物信息学方法筛选结直肠癌转移的相关基因

目的：　应用生物信息学对基因芯片数据进行分析,探讨结直肠癌的转移机制,寻找潜在的转移及预后标记物。方法：　从GEO数据库选取GSE41568、GSE68468进行分析,使用R语言limma包筛选结直肠原发癌与转移瘤之间的差异基因,获得2个数据集的共同差异基因;运用clusterProfiler包进行功能富集分析并进行可视化;通过STRING数据库、Cytoscape软件进行蛋白质互作网络分析及关键模块的筛选;使用TCGA数据库的结直肠癌数据对差异基因进行表达分析和生存分析。结果：　共筛选出108个共同差异基因;通过基因富集分析发现,差异基因主要富集在补体及凝血级联等通路及生物学过程中;通过蛋白质互作网络分析发现3个关键模块;基于TCGA数据对共同差异基因分析发现,CLCA1、COLEC11、FCGBP、PDZD2、SERPINA1、SPINK4共6个基因在Ⅰ-Ⅱ和Ⅲ-Ⅳ期结直肠癌的表达有显著差异（P<0.05）,并且与结直肠癌的预后显著相关（P<0.05）。结论：　通过生物信息学筛选出108个共同差异基因及3个关键模块,并得到6个预后相关基因,为研究结直肠癌的转移机制及预后、靶向治疗提供了一定的理论支持。     

FTO、GSDMD在胃癌组织中的表达及其作用机制研究

［摘要］　目的　探讨肥胖相关蛋白（FTO）与消皮素D（GSDMD）在胃癌（GC）组织中的表达及其作用机制。方法　通过TIMER 2.0数据库分析FTO及GSDMD在GC组织中的差异表达。收集2022年1月至2023年3月广西医科大学第二附属医院手术切取的GC组织及其对应癌旁组织(距离肿瘤边缘3～5 cm)各45例,并收集患者的临床病理资料。采用免疫组织化学染色法检测组织中FTO、GSDMD的表达情况,分析其与患者临床病理特征的关联性。通过转染低表达FTO慢病毒构建低表达FTO的AGS细胞（FTO低表达组）,并以转染空载体慢病毒的细胞作为对照组。采用实时荧光定量聚合酶链式反应（RT-PCR）法检测两组细胞FTO mRNA、GSDMD mRNA的表达水平;采用细胞划痕实验及细胞迁移实验分析两组细胞迁移能力。结果　基于TIMER 2.0数据库的分析结果及免疫组织化学染色结果显示,FTO、GSDMD在GC组织中呈高表达（P<0.05）。FTO和GSDMD高表达均与肿瘤侵犯深度、淋巴结转移密切相关（P<0.05）。细胞实验结果显示,FTO低表达组的GSDMD mRNA表达水平显著低于对照组（P<0.05）,划痕愈合率更低,细胞迁移数更少,差异均有统计学意义（P<0.05）。结论　FTO可能通过调控GSDMD表达促进GC细胞转移。