乙型肝炎病毒YMDD突变室间质量评价调查品制备及应用

目的制备乙型肝炎病毒(HBV)YMDD突变室间质量评价(EQA)调查品,评估上海地区临床实验室检测HBV YMDD突变的能力。方法筛选HBV DNA5×104 IU/ML的临床样本,经稀释制成含HBV YMDD不同突变类型的样本盘。采用实时荧光聚合酶链反应(PCR)、高温连接酶反应(LDR)和测序法筛选EQA候选样本,并采用PCR评估样本均匀性和稳定性。2017年2次EQA各制备5份样本,要求参评实验室在规定时间内检测样本并上报检测结果。对回报结果进行分析。结果 2017年2次EQA分别收到12份和10份有效回报结果,66.67%的实验室检测结果完全正确。HBV YIDD、YVDD、YIDD+YVDD和YMDD不同突变样本的检测符合率分别为90.63%、86.36%、77.27%和88.24%。结论制备的调查品均匀、稳定,可用于EQA;部分临床实验室HBV YMDD突变检测能力尚需提高,应加强质量控制以保证检测结果的准确性。     

人乳头瘤病毒16和18型核酸检测用质控品制备及其应用

目的制备可模拟真实临床标本的HPV-16和HPV-18核酸检测用质控品,并用于上海地区临床实验室的室间质量评价。方法分别选择整合有HPV-16和HPV-18 L1基因的宫颈癌细胞系(Siha和Hela)进行培养,收集细胞后用HPV国际标准品定值并分装,对其均匀性和稳定性进行评价,然后将样本盘发送至参评实验室,对回报结果进行分析评价。结果均匀性评价结果显示质控品间均匀性良好,稳定性评价结果表明质控品检测结果随时间延长无明显趋势变化。参评实验室对高浓度样本的检测符合率较高,低浓度样本的检测符合率较低。对于不分型项目,26%参评实验室由于上报假阴性结果导致出错。对于分型项目,不同检测方法的结果间没有显著差异,样本检测出错主要是因为错检或漏检某一亚型所致。结论制备的核酸检测用质控品的均匀性和稳定性良好,可有效用于临床实验室室间质量评价。质评结果显示上海地区参评实验室HPV核酸检测质量整体较好,个别实验室检测能力尚需提高。     

CYP3 A5基因检测质控品制备及其应用研究

目的通过构建体外质粒DNA作为质控样品开展他克莫司代谢基因——细胞色素P450 3A5(CYP3A5)基因检测室间质量评价计划(简称室间质评),评估参评实验室检测能力及存在的问题,提高临床实验室CYP3A5基因的检测质量。方法利用基因工程技术体外构建含CYP3A5*3(rs776746)位点上、下游序列的重组质粒,筛选CYP3A5*3 AA和GG基因型分别作为野生型和突变型样品,两者等比例混合后作为杂合突变型样品,并制备质控样品盘开展室间质量评价。依据回报结果计算各实验室成绩,汇总不同样品的总体符合率,并分析不同检测方法的符合率和检测错误类型。结果体外构建的重组质粒经Sanger测序验证分别含CYP3A5*3位点野生型和突变型序列。2017年两次室间质评中成绩满分的实验室分别为93.33%(14/15)和100%(17/17)。两次室间质评中,样品检测的总体符合率分别为96%(72/75)和100%(85/85)。荧光分子杂交法检测的样品符合率均为100%; Sanger测序法检测样品符合率为90%(27/30)和100%(40/40)。结论制备的质控样品能够有效监测试剂检测性能,具有良好的适用性。各实验室在CYP3A5*3基因位点检测总体准确率较高,但个别实验室检测能力有待提高。室间质评计划能帮助实验室发现检测中存在的问题,提高检测质量。     

上海地区BRAF基因突变检测室间质量评价

目的通过开展B-rapidly accelerated fibrosarcoma(BRAF)基因突变检测项目室间质量评价(external quality assessment,EQA),分析和探讨临床实验室存在的问题,并提出改进措施。 方法上海市临床检验中心(以下简称"中心")2017年发送两次EQA样品盘至45家实验室,每次均包含5份样本,要求各参评实验室在1周内将检测结果上传至中心数据库。然后,中心依据回报结果汇总各实验室EQA成绩,并计算每份检测样本的符合率。 结果2017年两次BRAF基因突变检测EQA活动分别收到42和41家实验室的有效回报结果,两次10份样本检测总符合率为76.2%~100%,其中：野生型、p.V600K、p.V600R和p.V600E样本符合率分别为99.2%(123/124份),79.8%(67/84份),87.8%(36/41份)和95.2%(119/125份)。分别有73.8%(31/42家)和75.6%(31/41家)的实验室检测结果完全正确;其中：使用注册试剂检测结果完全正确的实验室分别为79.8%(27/34家)和81.3%(26/32家),使用实验室自建方法(laboratory-developed tests,LDTs)结果完全正确的实验室分别为50%(4/8家)和55.6%(5/9家)。 结论上海市临床实验室BRAF基因突变检测项目EQA总符合率较高,商品化试剂检测结果符合率高于LDTs;部分实验室检测能力有待提高,应加强BRAF基因突变检测项目质量控制,以确保检测结果的准确性。     

载脂蛋白E基因分型检测室间质量评价计划制定与实施

目的 制定并实施载脂蛋白E(ApoE)基因分型检测室间质量评价计划（简称室间质评）,评估临床实验室该项目检测水平,提高临床实验室相关项目的检测质量。方法 针对ApoE基因的2个单核苷酸多态性（SNP）位点rs429358和rs7412检测制定室间质评（1年2次）计划。将5支室间质评物品随机编号,经冷链运送至各参评实验室,各参评实验室根据SNP检测结果报告ApoE分型结果。对回报结果进行统计分析。结果 2次室间质评回报结果全部正确的实验室分别占93.75%(30/32)和100.00%(31/31);室间质评物品检测的总体符合率分别为99.38%(318/320)和100.00%(310/310);基因分型总体符合率分别为97.5%(156/160)和100.00%(155/155)。回报错误结果中包括2例SNP检测错误和4例分型结果判定错误。结论 ApoE基因分型检测总体准确率较高,但实验室相关遗传学分析能力有待提高。     

上海市及其他地区临床实验室B 族链球菌核酸检测室间质量评价分析

目的 通过开展B 族链球菌（group B Streptococcus,GBS）核酸检测室间质量评价计划（简称室间质评）,评价参评实验室检测能力,分析存在的问题,提高检测质量。方法 2021 年GBS 核酸检测室间质评计划为一年两次,每次质评计划样本盘包含4 支由灭活的GBS 培养液稀释而成的不同浓度阳性样本和1 支阴性样本。样本冷链寄送至各参评实验室,并要求其在规定时间内按要求检测并回报结果,依据回报结果计算各实验室成绩,汇总不同样本的总体符合率。结果 2021 年两次室间质评分别有33 家实验室报名参加,收到有效报告31 份和32 份。所有实验室室间质评成绩均合格,两次结果完全正确的实验室分别有87.10%（27/31）和96.88%（31/32）,样本的总体符合率为97.42%（151/155）和99.38%(159/160)。结果汇总中共出现检测错误5 例,错误类型集中表现为假阴性。结论 各参评实验室GBS 核酸检测能力总体较高,个别实验室检测能力尤其是弱阳性样本检测能力有待提高。通过参加室间质评计划能帮助实验室及时发现问题并持续改进以提高检测质量。     

高通量测序技术在五类疾病分子诊断中的应用及质量管理策略

高通量测序技术(high-throughput sequencing)又称下一代测序(next generation sequencing, NGS)能一次并行对成千上万个基因进行测序,极大地提高了DNA测序效率并降低了成本。近年来,NGS在医学研究和临床诊断中的应用日益广泛,在无创产前筛查,肿瘤筛查、诊断和治疗,微生物病原体检测,遗传性疾病的筛查与诊断及器官移植排斥筛查等多个领域具有广泛的应用前景。NGS技术作为一项新兴技术,在相关临床应用中也存在诸多问题,其质量管理体系尚不完善,还面临许多挑战,需要医学实验室和相关部门共同努力,以促进NGS在临床诊断中规范开展。     

上海地区临床实验室HCV RNA检测正确度验证结果分析

目的 分析上海地区临床实验室2018年丙型肝炎病毒核糖核酸(HCV RNA)正确度验证结果,了解上海地区HCV RNA检测质量。方法 收集临床实验室检验剩余样本,制备低、高2个浓度样本。要求临床实验室在3个不同工作日对样本分别重复检测3次,通过网络回报结果。采用国家二级标准物质对样本进行赋值,分析不同试剂组的组内变异系数(CV)和偏移以及各临床实验室的室内CV和偏移。结果 通过赋值2个正确度样本的定值分别为3.02×10⁴和3.39×10⁵ IU/ml。此次调查共有16家实验室上报结果,低、高2个浓度样本不同试剂组组内CV为0.78%～8.53%和0.94%～6.21%,检测结果与靶值的偏移为-4.69%～13.17%和-3.44%～6.51%。2个样本实验室室内CV为0.47%～8.53%和0.58%～6.21%; 偏移为-0.89%～13.17%和-4.88%～6.51%。2个样本的符合率分别为87.50%(14/16)和100%(16/16)。结论 上海地区大部分临床实验室HCV RNA检测重复性较好,正确度水平符合要求。     

表皮生长因子受体（EGFR）基因突变检测质控品制备及应用

目的　制备模拟临床样本的表皮生长因子受体（epidermal growth factor receptor EGFR）基因突变检测质控品,评估其临床适用性。方法　选择含EGFR 不同突变位点和无EGFR 突变位点细胞,培养收集后制作成蜡卷。用三种临床常用试剂盒检测,并评估其均一性和稳定性。将含不同突变型5 份样本的样本盘,随机编码后发送至参评实验室,评价回报结果。结果　三种不同试剂检测样本盘结果一致。结果显示质控品均匀, 室温放置可稳定12 个月。28 家实验室5 个样本符合率分别为92.88%,96.43%,78.57%,96.43% 和100%,突变型样本和野生型样本的符合率分别为91.07%（102/112）和100%（28/28）。结论　研制的EGFR 基因突变质控品具有较好的临床适用性,可用于室内质量控制和室间质量评价。     

上海地区遗传性耳聋基因检测室间质量评价

目的通过开展遗传性耳聋基因检测室间质量评价(EQA),评估上海地区临床实验室遗传性耳聋基因检测能力,以提高检测质量。方法 2017年EQA共涉及4个耳聋相关基因的9个突变位点,样本盘包含5个样本,样本类型为干血斑。要求参评实验室收到样本后在规定时间内检测并上报检测结果。计算各实验室成绩、不同样本的总体符合率及不同检测方法的符合率,统计检测错误类型。结果共收到18份有效回报结果。77.78%的实验室回报结果完全正确,5.56%的实验室出现错误结果但总成绩合格,16.67%的实验室成绩不合格。阴性样本(野生型样本)的检测符合率为100%,阳性样本(突变型样本)的检测符合率为93.59%。共出现检测错误10个,错误类型集中表现为假阴性。结论上海地区临床实验室遗传性耳聋基因检测总体准确率较高,质量控制对于保证检测结果的准确性具有十分重要的作用。