SYBR green Ⅰ实时荧光PCR结合熔解曲线检测HBV B和C基因型的研究

国内外研究表明HBV基因型与病毒的感染途径、基因突变、疾病进程、抗病毒药物疗效有一定的关系[1-3]引,了解HBV基因型分布,追溯感染源对判断预后、监测抗病毒用药疗效、选择个体化治疗方案等具有重要应用价值.目前根据全基因序列同源性>92%或S区基因序列同源性≥96%,HBV分为A～H 8个基因型,在亚洲主要是A～F[4],国内主要基因型为B和C型.     

18S rRNA基因序列分析在临床常见酵母样真菌鉴定中的应用

目的 应用18S rRNA基因序列分析技术对临床分离的常见酵母样真菌进行种的分类鉴定,且与传统方法比较,分析基因序列分析法鉴定临床常见酵母样真菌的可行性.方法 收集北京同仁医院微生物室菌库酵母样真菌115株,提取的DNA用18S rRNA通用引物进行PCR扩增,扩增产物直接测序,测序结果提交GenBank通过核酸序列比对对微生物种属进行鉴定,同时进行真菌显色培养基鉴定、Vitek 32 YBC鉴定,比较3种不同方法鉴定酵母样真菌的种鉴定准确率,阐明应用基因序列分析法鉴定临床酵母样真菌的可行性.结果 18S rRNA基因序列分析法与表型鉴定法相比较,有13株酵母样真菌鉴定结果存在差异:显色培养基仅鉴定出102株,与基因序列分析鉴定的符合率为89.2%(91/102),Vitek 32 YBC鉴定结果与基因序列分析鉴定的符合率为91.3%(105/115);显色培养基、Vitek 32 YBC和18S rRNA基因序列分析鉴定到种的比例分别为88.7%(102/115)、100%(115/115)、100%(115/115).结论 18S rRNA基因序列分析法呵对常见酵母样真菌进行准确分类.     

耐碳青霉烯类肺炎克雷伯菌对84消毒液抗性的试验研究

摘要 目的 研究临床分离出的耐碳青霉烯类肺炎克雷伯菌（CRKP）对84消毒液的抗性,为做好医院环境消毒提供参考。方法 通过基因测定和最小杀菌浓度测定方法,对某医院临床分离的CRKP抗消毒剂基因携带情况和84消毒液抗性进行观察。结果 从临床分离的77株CRKP检出84消毒液抗性株为8株,阳性率为10.4%;从70株普通肺炎克雷伯菌中检出84消毒液抗性株为3株,阳性率为4.3%。84消毒液抗性菌株中抗消毒剂基因qacEΔ1-sul1阳性率为54.5%,非抗性菌株中该基因阳性率为10.5%。结论 部分CRKP已对84消毒液产生了轻度的抗性。抗消毒剂基因qacEΔ1-sul1与84消毒液的抗性之间存在一定的相关性。     

LC-MS/MS检测血清万古霉素浓度方法的建立及评价

目的建立检测人血清中万古霉素浓度的液相色谱-串联质谱(LC-MS/MS)法,并与化学发光微粒子免疫法(CMIA)比较方法学性能。方法血清样品经过甲醇沉淀蛋白质,采用安捷伦Poroshell 120EC C18色谱柱(2.1 mm×50 mm,2.7μm)梯度洗脱分离,流动相为甲醇(0.1%甲酸)-水(0.1%甲酸),流速为0.5 m L/min,内标采用去甲万古霉素,质谱采用ESI正离子多反应监测扫描模式。用该方法定量检测112例临床服用万古霉素患者血清万古霉素含量,并与临床常用的CMIA所得结果进行比较。结果万古霉素在1~100μg/m L内线性关系良好(r2=0.996 4);方法日内日间精密度、准确度均满足药物定量检测要求,且无基质效应和残留效应。Wilcoxon符号秩和检验结果显示,LC-MS/MS测定结果与CMIA结果比较,差异有统计学意义(P0.05);相关性检验结果显示,两者线性相关性良好,Y=1.06X-0.37(r=0.986)。结论 LC-MS/MS法性能较好,价格优廉,与CMIA法有较好的相关性,且检测在准确度、精密度上优势明显,可用于临床检测万古霉素的血清药物浓度。     

细菌rDNA分类鉴定的方法学研究

目的 研究细菌rDNA快速鉴定方法.方法 以细菌16S rDNA、16S-23S rDNA基因间隔区（ISR）和常见细菌耐药基因为对象,通过改进标本中细菌DNA提取方法,指纹分析、直接测序与多重聚合酶链反应（PCR）技术,建立快速细菌分子鉴定方法.结果 细菌属种不同表现出独特的16S-23S rDNA ISR指纹,在分析软件指导下进行初步细菌鉴定和亲缘关系研究;16S rDNA和16S-23SrDNA ISR序列可确定细菌种与型;序列分析与生化鉴定一致.多重PCR可解决葡萄球菌16S rDNA与mecA基因、产超广谱β内酰胺酶菌16S rDNA与TEM和SHV基因同步检测.结论 细菌rDNA分类方法,提高了非培养细菌的鉴定能力.     

微生物基因分类鉴定的方法学进展

分子生物学理论与技术的迅速发展给传统微生物分类鉴定带来了巨大的革新。当代微生物分类学利用遗传学原理和方法分析微生物种、属间的亲缘关系。遗传分类法是根据核酸分析得到的遗传相关性 (genecticrelatedness)所做的分类。因为这种分类方法是以决定生物表型特征的遗传物质—核酸作为比较的准绳 ,所以它是一种客观和可信度较高的分类方法[1] 。1　DNA(G +C)mol%值DNA(G +C)mol%值是微生物 (除少数以RNA为遗传物质的病毒 )的一个基本遗传特征 ,通常以DNA中鸟嘌呤 (G)加胞嘧啶 (C)的摩尔数 (mol)的百分比 ,即 (G +C)mol%来表示 :(…     

18S rRNA基因序列分析在临床常见酵母样真菌鉴定中的应用

目的 应用18S rRNA基因序列分析技术对临床分离的常见酵母样真菌进行种的分类鉴定,且与传统方法比较,分析基因序列分析法鉴定临床常见酵母样真菌的可行性.方法 收集北京同仁医院微生物室菌库酵母样真菌115株,提取的DNA用18S rRNA通用引物进行PCR扩增,扩增产物直接测序,测序结果提交GenBank通过核酸序列比对对微生物种属进行鉴定,同时进行真菌显色培养基鉴定、Vitek 32 YBC鉴定,比较3种不同方法鉴定酵母样真菌的种鉴定准确率,阐明应用基因序列分析法鉴定临床酵母样真菌的可行性.结果 18S rRNA基因序列分析法与表型鉴定法相比较,有13株酵母样真菌鉴定结果存在差异:显色培养基仅鉴定出102株,与基因序列分析鉴定的符合率为89.2%(91/102),Vitek 32 YBC鉴定结果与基因序列分析鉴定的符合率为91.3%(105/115);显色培养基、Vitek 32 YBC和18S rRNA基因序列分析鉴定到种的比例分别为88.7%(102/115)、100%(115/115)、100%(115/115).结论 18S rRNA基因序列分析法呵对常见酵母样真菌进行准确分类.     

一种快速检测耐甲氧西林金黄色葡萄球菌方法的评价

目的评价胶体金法检测耐甲氧西林金黄色葡萄球菌(MRSA)和耐甲氧西林凝固酶阴性葡萄球菌(MRCNS)临床应用价值。方法采用头孢西丁纸片扩散法、PCR扩增mecA基因和胶体金法对临床分离的150株金黄色葡萄球菌(100株MRSA和50株MSSA)、68株溶血葡萄球菌(58株MRSH和10株MSSH)、135株表皮葡萄球菌(97株MRSE和38株MSSE)进行检测并作比较。结果 MRSA、MSSA、MRSE、MSSE、MSSH三种方法检测结果一致。58株MRSH中6株胶体金法检测阴性。结论胶体金法可作为MRSA简便而准确的检测方法,同时也可分析MRCNS。     

ITS序列鉴定真菌性鼻窦炎病原的方法评价

目的 建立ITS(包括ITSI-5.8 rRNA-ITS2)测序鉴定真菌性鼻窦炎病原的方法.方法 收集北京同仁医院2006-2008年,经临床与CT诊断为真菌性鼻窦炎,并行鼻内镜手术切除的组织标本270份.所有标本分别进行组织病理检查、压片直接镜检、真菌培养鉴定和核糖体RNA转录间隔区测序分析,通过方法比较,评价序列分析直接鉴定病原真菌的可行性,同时分析真菌性鼻窦炎病原学特征.结果 在270份标本中,组织病理阳性率为80.0%(216/270),压片阳性率为80.0%(216/270),真菌培养阳性率为53.0%(143/270),ITS测序阳性率为63.0%(170/270).经培养得到22个种,6个属.ITS测序鉴定32个种.培养与ITS序列种水平符合率为76.1%(102/143).结论 ITS测序可成为真菌鉴定的辅助工具.     

18S rRNA基因序列分析在临床常见酵母样真菌鉴定中的应用

目的 应用18S rRNA基因序列分析技术对临床分离的常见酵母样真菌进行种的分类鉴定,且与传统方法比较,分析基因序列分析法鉴定临床常见酵母样真菌的可行性.方法 收集北京同仁医院微生物室菌库酵母样真菌115株,提取的DNA用18S rRNA通用引物进行PCR扩增,扩增产物直接测序,测序结果提交GenBank通过核酸序列比对对微生物种属进行鉴定,同时进行真菌显色培养基鉴定、Vitek 32 YBC鉴定,比较3种不同方法鉴定酵母样真菌的种鉴定准确率,阐明应用基因序列分析法鉴定临床酵母样真菌的可行性.结果 18S rRNA基因序列分析法与表型鉴定法相比较,有13株酵母样真菌鉴定结果存在差异:显色培养基仅鉴定出102株,与基因序列分析鉴定的符合率为89.2%(91/102),Vitek 32 YBC鉴定结果与基因序列分析鉴定的符合率为91.3%(105/115);显色培养基、Vitek 32 YBC和18S rRNA基因序列分析鉴定到种的比例分别为88.7%(102/115)、100%(115/115)、100%(115/115).结论 18S rRNA基因序列分析法呵对常见酵母样真菌进行准确分类.