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HLA-B新等位基因B*9536和B*4612的测序分析和确认 总被引:1,自引:0,他引:1
目的 研究人类白细胞抗原(human leukocyte antigen,HLA)新等位基因HLA_B*9536和B*4612的分子机制.方法 采用Invitrogen抽提试剂盒抽提标本DNA,利用单链特异性引物PCR方法扩增样本HLA-B基因第2~4外显子,对PCR产物直接进行HLA-B基因第2、3、4外显子双向测序分析.结果 先证者标本存在2个HLA-B等位基因,经HLA Blast验证均为新的等位基因,新的等位基因序列已递交GenBank(EU081878和EU081879),经世界卫生组织HLA命名委员会正式命名为HLA-B*9536和HLA-B*4612.HLA-B*9536第2~4外显子序列与最接近的B*1505相比,在第3外显子存在一个碱基的不同,即第544位G→A改变,导致第158位氨基酸Ala→Thr;HLA-B*4612第2~4外显子序列与最接近的B*4601相比,在第3外显子存在一个碱基的不同,即第363位G→C,导致第97位氨基酸Arg→Ser.结论 在同一标本中发现两个新的HLA-B等位基因,并被世界卫生组织HLA命名委员会正式命名. 相似文献
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人类白细胞抗原(HIA)系统是目前所知最为复杂的人类遗传多态性系统,其复合体定位于6号染色体的短臂上,包括多个基因座位,每一个座位上有多个等位基因,目前发现的HLA等位基因已超过2799个[1]. 相似文献
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目的通过了解儿科感染血浆凝固酶阴性葡萄球菌(coagulase negative staphylococci,CNS)体外药敏及生物膜产物等情况,为临床治疗CNS感染的合理应用抗菌药物提供依据。方法应用VITEK32全自动微生物分析仪和配套GPI、GPS卡对临床分离的142株CNS进行细菌鉴定、药敏试验。用刚果红平板法检测生物膜产物。结果142株CNS中,MRCNS有124株(87.32%),β-内酰胺酶阳性率为95.07%,生物膜产物阳性率为5.63%。MRCNS对阿莫西林/棒酸、氨苄西林/舒巴坦、青霉素G、头孢唑啉为高度耐药(>99%);红霉素耐药率为86.29%;对庆大霉素、环丙沙星、复方新诺明、克林霉素和四环素的耐药率较低(47.58-30.56%);对莫西沙星、左旋氧氟沙星和利福平的耐药率极低(8.87-1.14%);未发现耐呋喃妥因、万古霉素和力奈唑烷菌株。MRCNS对阿莫西林/棒酸、氨苄西林/舒巴坦、青霉素G、头孢唑啉、庆大霉素和红霉素耐药率显著高于MSCNS(P<0.05)。结论儿科临床分离的CNS以MRCNS为主,而MRCNS往往呈多重耐药。CNS生物膜产物检出率很低,儿科临床CNS检测生物膜产物的意义不大。 相似文献
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目的 统计分析AllType NGS 11位点测序试剂在Ion Torrent S5和Illumina Miseq 2种二代测序平台对HLA-DPB1基因进行分型检测时的模棱两可结果情况。方法 采用One Lambda公司AllType NGS 11位点测序试剂盒检测434个患者或供者标本的HLA-DPB1基因,其中在Ion Torrent S5测序平台上检测了336个标本,在Illumina Miseq测序平台上检测了98个标本;并同步对434份标本采用PCR-SSO流式磁珠法复核HLA-DPB1基因。对HLA-DPB1*13∶01∶01/107∶01模棱两可等位基因,采用Sanger测序法检测区分。使用TypeStream Visual专业软件指定NGS法的HLA-DPB1基因分型结果,直接计数法统计分析模棱两可组合比例。结果 NGS法以HLA-DPB1命名*后第3区域数字作为高分辨结果进行统计,434个标本中共有357个标本出现模棱两可结果,占82.3%(357/434);其中Ion Torrent S5测序平台336个标本有275个标本存在模棱两可结果,占... 相似文献
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本研究探讨人类白细胞抗原(human leukocyte antigen,HLA)新等位基因HLA-B*15:124的核苷酸序列及其分子机制。采用商用试剂盒抽提标本基因组DNA,利用HLA-B组特异性引物PCR扩增先证者HLA-B基因的第2,3和4外显子,经酶法纯化扩增产物后进行第2,3和4外显子双向测序分析。结果表明:先证者标本组特异性引物扩增测序得到2个等位基因,其中1个等位基因为B*40:03,另1个为新发现的等位基因,与最接近的B*15:52等位基因序列相比,新的等位基因在第3外显子上有2个核苷酸不同,第499位A→T和第512位G→T,这导致氨基酸第143位Thr→Ser和第147位Trp→Leu。结论:新的等位基因在第3外显子上有2个核苷酸不同。该等位基因序列已递交GenBank(EF187276),并作为1个首次发现的HLA-B位点的等位基因,已经被世界卫生组织HLA因子命名委员会正式命名为HLA-B*15:124。 相似文献
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目的 区分并计算人类白细胞抗原(human leukocyte antigen,HLA) HLA-DRB1* 12:01:01G(HLA-DRB1* 12:01:01/12:06/12:10/12:17)和HLA-DRB1* 14:01:01G(DRB1* 14:01:01/14:54)组内等位基因及其相对频率,并分析其与HLA-DRB3和HLA-DQB1的连锁情况.方法 收集115例HLA-DRB1*12:01:01G组和108例HLA-DRB1*14:01:01G组标本,采用单核苷酸序列分析(polymerase chain reaction-sequence based typing,PCR-SBT)方法检测HLA-DRB1* 12:01:01G组等位基因的第1~3外显子序列和HLA-DRB1* 14:01:01G组的第2、3外显子序列.HLA-DRB3和HLA-DQB1基因分型采用PCR-SBT方法.结果 115例HLA-DRB1* 12:01:01G组标本中,101例(87.8%)为HLA-DRB1* 12:01:01,14例(12.2%)为HLA-DRB1* 12:10,未发现HLA-DRB1* 12:06和HLA-DRB1* 12:17. 108例HLA-DRB1*14:01:01G组标本全部为HLA-DRB1*14:54. HLA-DRB1*12:01:01与HLA-DRB3* 01:01:02和HLA-DQB1* 03:01连锁,HLA-DRB1* 12:10则与HLA-DRB3* 02:02:01和HLA-DQB1* 03:01连锁.HLA-DRB1* 14:54与HLA-DRB3* 02:02:01和HLA-DQB1* 05:02、*05:03连锁.结论 HLA-DRB1* 12:01:01G组中HLA-DRB1* 12:01:01频率最高,而HLA-DRB1* 14:01:01G组则以HLA-DRB1* 14:54频率最高. 相似文献
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本研究旨在区分人类白细胞抗原(HLA)-C*04:01:01G组内等位基因,并分析其与HLA-A、-B的连锁情况。通过收集HLA.C*04:01:01G组标本,采用多聚酶链反应序列分型法(PCR-SBT)分析HLA-c座位第2-7外显子序列,采用PCR-SBT方法对HLA-A、-B、-DRBl和-DQB1基因进行分型。结果表明:在189例HLA-C*04:01:01G组标本中,178例(94.2%)为HLA-C女04:01,11例(5.8%)为C*04:82;共检出HLA-C*04:01:01和C*04:82相关单体型72条,频率大于0.0050的单体型为26条;连锁分析显示HLA-C*04:01:0l与A*02:03,A*02:07,A*11:01,A*33:03,B*13:01,B*15:01,B*15:05,B*15:27,B*0:01,B*54:01关联,而HLA-C*04:82与B*40:01关联。结论:HLA-c*04:01:01G组中存在HLA-C*04:01:01和HLA-C*04:82,在常规分型指定中应加以鉴别。 相似文献