HLA-B新等位基因B*9536和B*4612的测序分析和确认

目的 研究人类白细胞抗原(human leukocyte antigen,HLA)新等位基因HLA_B*9536和B*4612的分子机制.方法 采用Invitrogen抽提试剂盒抽提标本DNA,利用单链特异性引物PCR方法扩增样本HLA-B基因第2～4外显子,对PCR产物直接进行HLA-B基因第2、3、4外显子双向测序分析.结果 先证者标本存在2个HLA-B等位基因,经HLA Blast验证均为新的等位基因,新的等位基因序列已递交GenBank(EU081878和EU081879),经世界卫生组织HLA命名委员会正式命名为HLA-B*9536和HLA-B*4612.HLA-B*9536第2～4外显子序列与最接近的B*1505相比,在第3外显子存在一个碱基的不同,即第544位G→A改变,导致第158位氨基酸Ala→Thr;HLA-B*4612第2～4外显子序列与最接近的B*4601相比,在第3外显子存在一个碱基的不同,即第363位G→C,导致第97位氨基酸Arg→Ser.结论 在同一标本中发现两个新的HLA-B等位基因,并被世界卫生组织HLA命名委员会正式命名.     

HLA-A新等位基因HLA-A*2468的核苷酸序列分析

人类白细胞抗原(HIA)系统是目前所知最为复杂的人类遗传多态性系统,其复合体定位于6号染色体的短臂上,包括多个基因座位,每一个座位上有多个等位基因,目前发现的HLA等位基因已超过2799个[1].     

儿科凝固酶阴性葡萄球菌体外耐药性和生物膜产物的监测与分析

目的通过了解儿科感染血浆凝固酶阴性葡萄球菌(coagulase negative staphylococci,CNS)体外药敏及生物膜产物等情况,为临床治疗CNS感染的合理应用抗菌药物提供依据。方法应用VITEK32全自动微生物分析仪和配套GPI、GPS卡对临床分离的142株CNS进行细菌鉴定、药敏试验。用刚果红平板法检测生物膜产物。结果142株CNS中,MRCNS有124株(87.32%),β-内酰胺酶阳性率为95.07%,生物膜产物阳性率为5.63%。MRCNS对阿莫西林/棒酸、氨苄西林/舒巴坦、青霉素G、头孢唑啉为高度耐药(>99%);红霉素耐药率为86.29%;对庆大霉素、环丙沙星、复方新诺明、克林霉素和四环素的耐药率较低(47.58-30.56%);对莫西沙星、左旋氧氟沙星和利福平的耐药率极低(8.87-1.14%);未发现耐呋喃妥因、万古霉素和力奈唑烷菌株。MRCNS对阿莫西林/棒酸、氨苄西林/舒巴坦、青霉素G、头孢唑啉、庆大霉素和红霉素耐药率显著高于MSCNS(P<0.05)。结论儿科临床分离的CNS以MRCNS为主,而MRCNS往往呈多重耐药。CNS生物膜产物检出率很低,儿科临床CNS检测生物膜产物的意义不大。     

一例白血病患者HLA位点杂合性丢失的分析

目的:分析1例白血病患者人类白细胞抗原(human leukocyte antigen,HLA)杂合性丢失情况。方法:采用聚合酶链反应序列特异性寡核苷酸探针法和聚合酶链反应测序方法对患者移植后外周血、头发毛囊、口腔黏膜拭子及其父母外周血进行HLA分型。采用23位点短串联重复序列(short tandem repeat,...     

AllType NGS11位点测序试剂在HLA-DPB1基因分型中的模棱两可结果分析

目的 统计分析AllType NGS 11位点测序试剂在Ion Torrent S5和Illumina Miseq 2种二代测序平台对HLA-DPB1基因进行分型检测时的模棱两可结果情况。方法 采用One Lambda公司AllType NGS 11位点测序试剂盒检测434个患者或供者标本的HLA-DPB1基因,其中在Ion Torrent S5测序平台上检测了336个标本,在Illumina Miseq测序平台上检测了98个标本;并同步对434份标本采用PCR-SSO流式磁珠法复核HLA-DPB1基因。对HLA-DPB1^*13∶01∶01/107∶01模棱两可等位基因,采用Sanger测序法检测区分。使用TypeStream Visual专业软件指定NGS法的HLA-DPB1基因分型结果,直接计数法统计分析模棱两可组合比例。结果 NGS法以HLA-DPB1命名*后第3区域数字作为高分辨结果进行统计,434个标本中共有357个标本出现模棱两可结果,占82.3%(357/434);其中Ion Torrent S5测序平台336个标本有275个标本存在模棱两可结果,占...     

首例HLA-B新等位基因HLA-B＊15：124的核苷酸序列分析

本研究探讨人类白细胞抗原（human leukocyte antigen,HLA）新等位基因HLA-B＊15：124的核苷酸序列及其分子机制。采用商用试剂盒抽提标本基因组DNA,利用HLA-B组特异性引物PCR扩增先证者HLA-B基因的第2,3和4外显子,经酶法纯化扩增产物后进行第2,3和4外显子双向测序分析。结果表明：先证者标本组特异性引物扩增测序得到2个等位基因,其中1个等位基因为B＊40：03,另1个为新发现的等位基因,与最接近的B＊15：52等位基因序列相比,新的等位基因在第3外显子上有2个核苷酸不同,第499位A→T和第512位G→T,这导致氨基酸第143位Thr→Ser和第147位Trp→Leu。结论：新的等位基因在第3外显子上有2个核苷酸不同。该等位基因序列已递交GenBank（EF187276）,并作为1个首次发现的HLA-B位点的等位基因,已经被世界卫生组织HLA因子命名委员会正式命名为HLA-B＊15：124。     

HLA-DRB1*12:01:01G和HLA-DRB1*14:01:01G组内等位基因频率的统计分析

目的 区分并计算人类白细胞抗原(human leukocyte antigen,HLA) HLA-DRB1* 12:01:01G(HLA-DRB1* 12:01:01/12:06/12:10/12:17)和HLA-DRB1* 14:01:01G(DRB1* 14:01:01/14:54)组内等位基因及其相对频率,并分析其与HLA-DRB3和HLA-DQB1的连锁情况.方法 收集115例HLA-DRB1*12:01:01G组和108例HLA-DRB1*14:01:01G组标本,采用单核苷酸序列分析(polymerase chain reaction-sequence based typing,PCR-SBT)方法检测HLA-DRB1* 12:01:01G组等位基因的第1～3外显子序列和HLA-DRB1* 14:01:01G组的第2、3外显子序列.HLA-DRB3和HLA-DQB1基因分型采用PCR-SBT方法.结果 115例HLA-DRB1* 12:01:01G组标本中,101例(87.8％)为HLA-DRB1* 12:01:01,14例(12.2％)为HLA-DRB1* 12:10,未发现HLA-DRB1* 12:06和HLA-DRB1* 12:17. 108例HLA-DRB1*14:01:01G组标本全部为HLA-DRB1*14:54. HLA-DRB1*12:01:01与HLA-DRB3* 01:01:02和HLA-DQB1* 03:01连锁,HLA-DRB1* 12:10则与HLA-DRB3* 02:02:01和HLA-DQB1* 03:01连锁.HLA-DRB1* 14:54与HLA-DRB3* 02:02:01和HLA-DQB1* 05:02、*05:03连锁.结论 HLA-DRB1* 12:01:01G组中HLA-DRB1* 12:01:01频率最高,而HLA-DRB1* 14:01:01G组则以HLA-DRB1* 14:54频率最高.     

HLA—B新等位基因B＊51：02：03的确认和分析

人类白细胞抗原系统（HLA）在造血干细胞和器官移植中具有重要意义,供受者HLA相合程度与移植后移植物抗宿主病（GVHD）的发生率以及移植物的存活率等密切相关,目前已有多个国家建立造血干细胞捐献者资料库,作为临床患者造血干细胞移植的供者来源。笔者近期在常规的造血干细胞捐献者标本分型中,     

人类白细胞抗原HLA-C04:01:01G组的区分鉴别

本研究旨在区分人类白细胞抗原（HLA）-C＊04：01：01G组内等位基因,并分析其与HLA-A、-B的连锁情况。通过收集HLA．C＊04：01：01G组标本,采用多聚酶链反应序列分型法（PCR-SBT）分析HLA-c座位第2-7外显子序列,采用PCR-SBT方法对HLA-A、-B、-DRBl和-DQB1基因进行分型。结果表明：在189例HLA-C＊04：01：01G组标本中,178例（94．2％）为HLA-C女04：01,11例（5．8％）为C＊04：82;共检出HLA-C＊04：01：01和C＊04：82相关单体型72条,频率大于0．0050的单体型为26条;连锁分析显示HLA-C＊04：01：0l与A＊02：03,A＊02：07,A＊11：01,A＊33：03,B＊13：01,B＊15：01,B＊15：05,B＊15：27,B＊0：01,B＊54：01关联,而HLA-C＊04：82与B＊40：01关联。结论：HLA-c＊04：01：01G组中存在HLA-C＊04：01：01和HLA-C＊04：82,在常规分型指定中应加以鉴别。