肠球菌菌种鉴定方法的探索

目的 选择一种能将肠球菌属鉴定到种水平的快速准确的方法.方法 分别使用生化鉴定方法、16SrRNA基因测序技术、rpoA基因测序技术、基因组杂交技术(DNA-DNA hybridization,DDH)和平均核苷酸相似度(Average nucleotide identity,ANI)对12株肠球菌进行种水平鉴定,并比...     

IGF2BP3基因表达水平在急性髓系白血病患者中的预后价值

目的:探寻IGF2BP3基因表达水平与急性髓系白血病(AML)患者预后的关系。方法:通过对本中心27例AML患者骨髓原代白血病细胞进行转录组高通量测序,分析IGF2BP3基因表达水平与患者临床特征之间的关系,并在初治AML患者及难治AML(Refractory AML)患者样本中验证。分析20例健康对照者和26例AML患者中IGF2BP3基因表达水平的差异。采用RT-qPCR、Western blot检测两种蒽环类耐药细胞系(HL60/ADR、K562/ADR)中IGF2BP3表达水平,比较其与敏感细胞(HL60、K562)的表达差异。通过3个数据集,分析IGF2BP3在AML患者中的表达水平及与预后的关系,进一步使用Cox生存分析IGF2BP3在AML中的预后价值。结果:在本中心27例AML患者骨髓原代白血病细胞中,难治性AML患者的IGF2BP3表达量明显高于化疗敏感的患者(P=0.0343),白血病细胞髓外浸润(extramedullary infiltration, EMI)患者的IGF2BP3表达量明显高于无髓外浸润的AML患者(P=0.0049)。与健康人比较,IGF2BP...     

t(8;21)急性髓系白血病中RNA N6-甲基腺嘌呤（m6A）的修饰特征

目的 研究（t8;21）急性髓系白血病（AML）中AML1-ETO（AE）融合基因与细胞内N6-甲基腺嘌呤（m6A）修饰的关系。方 法 利用RNA-蛋白免疫共沉淀和高通量测序技术（MeRIP-Seq）在AE（+）和敲除AE的AML细胞系中进行RNA m6A测序,分析整个转录组m6A修饰的变化。利用高通量测序技术进行转录组测序（RNA-seq）。进一步通过GO分析、KEGG通路富集分析对差异修饰的 mRNA 进行功能注释。实时荧光定量PCR检测m6A相关酶表达量变化。结果 RNA m6A甲基化测序在敲除AE和表达AE的AML细胞系中共检测到26 441个基因,包含了72 036个m6A peak。AE敲除后细胞内m6A peak的数目由37 042个变成34 994个,其中有1278个m6A peak升高,1225个下降。AE敲除后新出现了1316个m6A修饰的基因,1830个基因失去了m6A修饰。差异的peak主要在癌症、人类T淋巴细胞白血病病毒Ⅰ等通路中富集。RNA-seq结果显示,AE敲除后有2483个基因表达上调,3913个基因表达下调。MeRIP-Seq和RNA-Seq联合分析结果显示,与非m6A修饰的基因相比,m6A所修饰的基因表达水平均相对较高（SKNO-1:0.6116±1.263 vs 2.010±1.655,P<0.0001;SKNO-1 siAE:0.5528 ±1.257 vs 2.067± 1.686,P<0.0001）。m6A修饰位于3'UTR或5'UTR的基因较位于外显子区的基因表达量更高（SKNO-1:2.177±1.633 vs 1.333± 1.470 vs 2.449±1.651,P<0.0001;SKNO-1 siAE:2.304±1.671 vs 1.336±1.522 vs 2.394±1.649,P<0.05）。RNA-seq结果显示,有3 种m6A相关酶METTL14、WTAP、ALKBH5的mRNA表达升高（WTAP:5.36±0.5657 vs 13.19±0.3253,METTL14:2.850±0.1556vs 8.815±1.761,ALKBH5:13.70±0.4596 vs 39.84±6.067,P<0.05）。实时荧光定量PCR检测METTL14、WTAP、ALKBH5的表达量变化发现敲除AE后WTAP、ALKBH5的表达量升高,而METTL14的表达量降低（P<0.05）。结论 AE敲除造成m6A相关酶差异,推测AE融合基因或许可以调控一种或多种m6A相关酶的表达控制细胞内的甲基化水平,影响m6A修饰模式。