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猪源致病性沙门氏菌四环素耐药基因tetC的PCR扩增及序列分析 总被引:4,自引:2,他引:4
本研究对16株猪致病性沙门氏菌的四环素耐药性进行了检测,结果表明,沙门氏菌对四环素类抗生素产生了广泛的耐药性,耐药率达100%。对四环素耐药基因tetC进行PCR扩增,结果在12株沙门氏菌的质粒上扩增出特异性产物,与药敏试验结果阳性符合率75%,具有较高的检出率;序列分析结果表明tetC的核苷酸同源率较高,达97.7%~98.7%,建立tetC基因的PCR检测技术,为沙门氏菌对四环素耐药性的分子流行病学监测提供了有效的途径。 相似文献
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目的 了解2019年杭州市登革病毒分子特征和可能的传播来源。方法 收集登革热患者血清样本,分析登革热流行特征。分别采用ELISA和RT-PCR方法检测登革热抗体、登革病毒核酸及其型别,再对核酸阳性样本进行E基因扩增、序列测定和进化分析。结果 2019年杭州共检测登革热病例212例(输入性病例158例,本地病例54例),其中65例IgM抗体检测阳性,178例DENV通用型核酸检测阳性。输入性病例中4种血清型登革病毒均有检出,以DENV-1为主(占51.9%)。本地病例多由DENV-1基因I型(6/54)、IV型(26/54)和DENV-2 Cosmopolitan基因型(2/54)病毒引起,E基因序列分别与2019年广州和南昌流行株、2015年菲律宾株和2018年泰国株同源性较高。其中DENV-1基因IV型本地流行病毒的E基因序列高度同源,序列相似性高达99.9%~100%,推测为多起输入性病例引起的本地传播。结论 受东南亚登革热疫情影响,杭州2019年登革热病例数量增幅明显,呈型别多样化、本地病例溯源复杂的特点,需进一步加强DENV分子特征研究。 相似文献
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目的 了解杭州市儿童流感样病例人偏肺病毒(hMPV)的感染情况,并描述其流行病学特征.方法 选取2011年1月至2012年12月浙江大学医学院附属儿童医院门诊流感样病例的咽拭子样本共1164份.对样本进行hMPV核酸检测,阳性样本用RT-PCR法扩增hMPV融合蛋白(F)基因片段,取扩增阳性产物进行基因测序和序列分析.不同年龄组hMPV检出率比较采用x2检验.结果 在1164份儿童流感样病例的咽拭子样本中检出hMPV阳性73份,阳性率为6.27%;检出率最高的年龄组为>2 ~4岁组,为15.00%(33/220),不同年龄组检出率差异有统计学意义(x2 =40.69,P<0.05).hMPV在多数月份均有检出,但以冬春季检出率为高,检出率最高的月份为2012年12月,为25.53%(12/51).选取24份阳性样本进行基因序列分析,其中14份为B1亚型,2份为B2亚型,8份为A2亚型.2011年以B1型为主(10/12),2012年以A2型为主(8/12).24株hMPV之间的核苷酸同源性为81.6% ~ 100.0%.结论 杭州市儿童流感样病例中有一定比例的hMPV感染,以冬春季为高峰,>2 ~4岁组检出率最高,不同基因型的病毒株可能存在交替流行. 相似文献
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目的了解杭州地区人博卡病毒(HBoV)的流行情况和基因变异情况。方法对杭州地区160例儿童急性呼吸道感染患者咽拭子样本进行HBoV检测,并对阳性样本进行常见呼吸道病毒的检测,最终选取HBoV单一阳性的HZ1株和HZ2株进行VP1基因扩增,将获得的序列上传Genbank并与其他国家和地区的8株HBoV的VP1基因进行序列比对和分析。结果杭州地区HBoV的检出率为6.9%(11/160),与其他常见呼吸道病毒的合并感染率达到45.5%(5/11),HZ1株和HZ2株与其他国家和地区的8株HBoV的VP1基因相似性达到99%以上。结论研究证明杭州地区急性呼吸道感染患儿中存在HBoV的感染,与其他呼吸道病毒有较高的合并感染,从分离到的HZ1株和HZ2株来看,杭州地区流行的是ST2基因型,其外壳蛋白VP1基因变异很小。 相似文献
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摘要:目的 对2015年1~9月季节性甲型H3N2 流感病毒的血凝素(犎犃) 基因变异情况进行遗传进化
特征及抗原漂变趋势进行分析,旨在发现流感疫苗对目前H3N2流感病毒是否完全适用。方法 对该时间
段内的病毒流行情况进行统计分析,并对随机选择的49 株代表性流行毒株进行犎犃基因序列的测定和分
析。结果 季节性H3N2亚型3C 系是当地的流行优势株,其支系正在从3C.3a向3C.2a逐步转变。流行
株的更替和病毒株的抗原漂变使得现用疫苗的免疫效果不断下降。正在流行的3C.2a支系流行株比例升
高,其对于当前疫苗株的免疫效果可能不佳。结论 本研究提示免疫策略急需调整,结果对指导下个流行
季季节性H3N2流感病毒流行的防控具有参考价值。
关键词:流感病毒;血凝素;H3N2亚型;抗原漂变
中图分类号:R181 文献标识码:A 文章编号:1009 6639 (2017)01 0001 05 相似文献
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目的 了解鼻病毒在婴幼儿疑似甲型H1N1重症病例及门诊流感样病例中的分布、分子进化特征,及与其他呼吸道病毒的合并感染情况。方法 样本有两种来源:疑似甲流重症病例样本246份为样本1组,门诊流感样病例样本68份为样本2组。扩增鼻病毒5’非编码区及VP2-VP4区,测序比对,构建进化树。对鼻病毒阳性样本检测其他常见呼吸道病毒。结果 样本1组中鼻病毒阳性率为8.54%(21/246)。样本2组中鼻病毒阳性率为16.2%(11/68)。样本1组和样本2组鼻病毒与其他呼吸道病毒的合并感染率分别为71.4%、9.09%,两者具有显著性差异(P<0.05)。对其中14份样本成功进行了测序,HRV-A、HRV-B、HRV-C基因型所占比例分别为64.3%、7.1%和28.6%。多序列比对分析表明鼻病毒3个基因型间的核苷酸序列一致性为55%~65%。结论 HRV在疑似甲型H1N1流感重症病例中主要是以合并感染为主。杭州地区婴幼儿疑似甲型H1N1流感重症病例及门诊流感样病例中鼻病毒感染主要是以HRV-A,HRV-C基因型为主,HRV各型别之间核苷酸变异较大。 相似文献
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多重实时荧光PCR检测金黄色葡萄球菌和蜡样芽胞杆菌 总被引:1,自引:0,他引:1
[目的]建立多重实时荧光PCR方法以检测金黄色葡萄球菌和蜡样芽胞杆菌.[方法]通过设计引物和探针,优化反应条件,建立多重实时PCR,检测金黄色葡萄球菌nuc基因、蜡样芽胞杆菌16S rRNA保守区基因及其ces基因(编码致呕毒素cereulide).该多重实时荧光PCR方法检测23株金黄色葡萄球菌、4株蜡样芽胞杆菌菌株和6株乳杆菌,比较其与菌株鉴定结果及ces基因普通PCR检测结果.[结果]多重实时荧光PCR方法检测23株金黄色葡萄球菌、4株蜡样芽胞杆菌菌株和6株乳杆菌,与菌株鉴定结果的符合率为100%.蜡样芽胞杆菌的ces基因检测结果也与普通PCR结果相符.[结论]建立了同时检测金黄色葡萄球菌nuc、蜡样芽胞杆菌168保守区基因及ces基因多重实时PCR方法,可应用于金黄色葡萄球菌和蜡样芽胞杆菌在种水平上的菌株鉴定、以及蜡样芽胞杆菌cereulide毒力菌株的鉴定. 相似文献
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