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【目的】探讨在鼻咽癌群体中DNA修复基因与EB病毒的交互作用。【方法】选取广东地区以广东话为主要语言的人群建立匹配的鼻咽癌病例和健康对照(病例/对照=755/755),收集其临床流行病学资料、采集外周血样并进行EB病毒抗体检测和SNP基因型分型。利用决策森林方法,分析DNA修复通路104个基因中768个SNP位点和EB病毒在鼻咽癌中的交互作用。【结果】MDC1、ATM、GTF2H4、MLH1、RAD51L1、XPC、GTF2H1与EB病毒的交互作用达到Bonferroni多重检验校正的显著性水准(0.05)。P 值分别为7.62×10-5 、8.20×10-5、8.55×10-5、1.60×10-4、1.80×10-4、2.20×10-4、和2.42×10-4;其鼻咽癌患病风险比OR (95%CI)分别为15.97(4.17-61.11)、11.32(7.22-25.45)、15.94(4.17-64.01)、5.38(4.88-6.74)、151.47(53.79-380.39)、40.92(15.09-112.67)和142.38(53.38-377.5)。进一步生物信息学基因网络分析表明,这些基因可能通过影响EB病毒DNA复制过程等多种直接或间接的方式,改变广东人群鼻咽癌的易感性。【结论】EB病毒与修复基因的交互作用可能是鼻咽癌的另一重要的易感性机制。 相似文献
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目的 采用孟德尔随机化方法分析抑郁症与间质性肺病(ILD)之间的因果关系,为ILD的预防、治疗及预后评估提供新的思路。方法 利用大样本全基因关联研究汇总数据,选择与抑郁症密切相关的遗传位点作为工具变量,逆方差加权法为主,加权中位数法和MR-Egger回归为辅对数据进行两样本孟德尔随机化分析。以OR值评价抑郁症与ILD之间的因果关系,异质性检验、基因多效性检验和敏感性分析3种方法评估结果的稳定性和可靠性。结果 共纳入37个单核苷酸多态性(SNP)位点作为工具变量,逆方差加权法估计抑郁症患者患ILD的风险(OR)是健康人群的1.21倍(95%CI:1.075~1.361,P=0.002)。加权中位数法同样支持抑郁症和ILD之间存在因果效应(95%CI:1.118~1.564,P=0.001)。逆方差加权法和MR-Egger回归的异质性检验结果表明不存在异质性,MR-Egger回归截距项和MR-PRESSO方法检验表明结果受基因多效性影响的可能性较小,leave-one-out分析未发现非特异性SNP。结论 抑郁症与ILD之间可能存在正向因果关联。 相似文献
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寄生虫病严重危害人和动物的健康,有些寄生虫如血吸虫被认为是对人类危害最为严重的病原之一,但目前防治寄生虫病尚存在困难,随着科学的发展,运用生物技术手段来控制寄生虫病将成为可能,本文简要概述了生物信息学在寄生虫学中的应用进展。 相似文献
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在干旱期,饲喂次数对绵羊来说是很重要的,这主要取决于绵羊类型、饲料类型、饲槽和自喂器的利用率及容积、饲喂绵羊数、远牧还是近牧、袋鼠和鸟类的偷食以及天气条件等因素。牧场实验和观察表明,对干奶和成年绵羊,每周饲喂1—2次比每天饲喂效果好。但妊娠和产羔母羊以及断奶羔羊则需要较多的饲喂次数。每周饲喂一次的羊死亡率为12%;每天饲喂的羊则达30%。 相似文献
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目的探讨瘦素基因rs2167270、rs4731426和瘦素受体基因rs12405556单核苷酸多态性与中国南方汉族人群冠心病(Coronary Artery Disease,CAD)的遗传易感性的关系。方法应用SNPscan TM多重SNP分型试剂盒对中国南方汉族人的1 044例冠心病患者和1 349例健康对照样本进行SNP分型;等位基因关联分析采用卡方检验;基因型关联分析采用单因素和多因素非条件Logistic回归分析方法。结果等位基因和基因型关联分析未发现rs2167270、rs4731426和rs12405556与冠心病有关联(P=0.242~0.978);进一步按性别、是否患高血压、是否患2型糖尿病这3个混淆因素分层后,仍未发现3个SNP在各亚组与冠心病有关联(P=0.0938~0.997)。此外,也未发现这3个SNP与冠心病合并高血压/2型糖尿病存在显著关联(P=0.258~0.994)。结论本研究未发现瘦素基因rs2167270、rs4731426及瘦素受体基因rs12405556单核苷酸多态性与中国南方汉族人群的冠心病有关联。 相似文献
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【目的】提出基于知识融合策略构建基因网络方法,并应用于双相障碍相关的致病基因网络分析?【方法】将Wellcome Trust Case Control Consortium (WTCCC)提供的双相障碍全基因组单核苷酸多态(SNP)数据与人类蛋白质-蛋白质互作数据库对应的基因做交集?通过单体型全模型logistic回归模型检验获得经多重检验校正统计学显著的基因互作对子,并由此构建致病基因网络以及挖掘连通度显著高于理论分布的核心致病基因?【结果】采用知识融合的方法,将数据维度从482 248个SNP位点降至98 157?经统计模型检验获得3 841个互作基因用于构建双相障碍致病基因网络,并挖掘出115个核心致病基因?其中,在连通度高于30的29个核心基因中,有12个重复了以前的报道(PRKCA, EGFR, ESR1, ATXN1, FYN, CREBBP, TP53, AKT1, CSNK2A1, DLG1, PTN和LYN),另外17个未被报道过的基因从其生物功能以及致病分子机制上看,可能是新的双相障碍易感基因(SMAD3, SRC, GRB2, PIK3R1, ZBTB16, ABL1, APP, EP300, TGFBR1, SYK, YWHAZ, INSR, MAPK1, PRKCB, PRKCD, SMAD2和SVIL)?【结论】 本文提出的基于蛋白质-蛋白质互作知识引导的基因网络构建方法是一种可靠的系统性分析方法,有助于全面地了解复杂疾病的分子网络机制和确立核心风险基因? 相似文献
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