基于单细胞RNA-seq和Bulk RNA-seq数据构建巨噬细胞相关基因的肝癌预后风险预测模型

目的 识别肝癌巨噬细胞的相关基因(Macrophage-related genes, MRGs),并构建肝癌预后风险预测模型。方法 从GEO数据库中下载肝癌scRNA-seq数据,识别在巨噬细胞中特异性表达的基因作为MRGs。对MRGs进行GO和KEGG功能富集分析。在TCGA数据库的TCGA-LIHC数据集中,利用多次随机抽样的单因素Cox回归、LASSO回归、多因素Cox回归分析,鉴定用于肝癌预后预测的MRGs,并构建肝癌预后预测模型。结果 利用GEO数据库的scRNA-seq进行聚类获得8个含巨噬细胞的主要细胞类型。肝癌免疫微环境中的巨噬细胞比例明显高于正常组织(P=0.016),且高表达SPP1、RNASE1和MMP9等基因。嘌呤代谢、柠檬酸循环、药物代谢-细胞色素P450等多条代谢相关通路在肝癌相关巨噬细胞中被激活。本研究从肝癌scRNA-seq中识别出777个MRGs(LogFC>0.25,P<0.05),它们主要参与肌动蛋白结合、调节免疫受体活性等过程。从169个预后相关基因(P<0.05)中筛选出ATP1B3、ATP6V0B、HBEGF、KLF2、NR...     

基于转录组数据识别代谢综合征与结直肠癌的共同基因特征和分子机制

目的：识别代谢综合征（metabolic syndrome,MetS）与结直肠癌（colorectal cancer,CRC）共同的基因特征和生物学通路,并筛选与MetS相关的CRC预后生物标志物。方法：对MetS、CRC和相应的对照样本进行差异分析,以识别表达差异的基因作为与疾病相关的基因。根据这些基因的表达特征进行功能富集分析,以识别受调控的生物学功能。利用单因素Cox回归鉴定与CRC预后相关的MetS基因,并使用LASSO和多因素Cox回归分析构建CRC的预后预测模型。基于汇总数据的孟德尔随机化分析（Summary-data-based Mendelian Randomization,SMR）进一步确认MetS基因与CRC预后的因果关系。结果：325个基因在MetS和CRC中表达上调,281个基因表达下调。研究还发现,Apelin信号和胞吐等通路在2种疾病中被抑制,而核酸修复通路则被激活。其中,有60个与MetS和CRC共享的基因与CRC的预后相关。18个基因被用于构建预测模型,在TCGA数据库的CRC队列中,模型在1～5年的曲线下面积（area under the curve,...