肺腺癌差异基因的生物信息学研究

目的 通过生物信息学筛选出肺腺癌中的差异基因,为肺腺癌分子生物研究和生物标志物筛选提供理论依据.方法 从GEO数据库中选择编号为GSE118370及GSE116959的基因芯片,在TCGA数据库中选择肺腺癌的转录组数据,分别通过R语言下载、整理并筛选出差异表达基因(Differentially expressed ge...     

着丝粒蛋白T在乳腺癌中表达及其启动子区变异的研究

目的：研究着丝粒蛋白T(CENP-T)在乳腺癌中的表达及生物学功能,并分析其基因启动子序列突变及甲基化程度。方法：用免疫组化法检测26对乳腺癌组织及癌旁正常乳腺组织中CENP-T蛋白的表达;同时提取组织基因组DNA,测序分析CENP-T启动子区突变,及亚硫酸氢盐修饰后测序检测其启动子区CpG岛甲基化水平。另采用Western blot法检测MCF10A、MCF7和MDAMB-231细胞系中 CENP-T蛋白的表达。构建 CENP-T siRNA瞬时转染的 MCF7细胞系,Western blot法评价干扰的效果。敲减CENP-T的表达后,采用 MTT法和平板集落形成实验检测 MCF7细胞增殖能力,流式细胞术检测细胞周期分布及细胞凋亡的变化。结果：乳腺癌组织中CENP-T蛋白表达水平低于癌旁正常乳腺组织,差异具有统计学意义(P<0.01)。乳腺癌组织中CENP-T启动子区检测出 C1417T、C1545T、C1628G共 3种突变,且启动子区甲基化水平增加 49.5%。细胞系中敲减 CENP-T基因表达后,MCF7细胞的增殖活性增强(P<0.05),集落形成能力增强(P<0.01),G2/M期细胞所占比例明显增加(P<0.01),细胞凋亡率下降(P<0.01)。结论：CENP-T蛋白水平表达下调促进乳腺癌细胞增殖且与启动子区序列突变及甲基化水平增加相关。此结果提示CENP-T表达下调与乳腺癌风险相关。     

GST-pull down技术检测R-Ras活化蛋白抑制MCF7细胞迁移

目的运用GST-pull down技术检测真核细胞中R-Ras活化蛋白的表达,用以分析R-Ras活化蛋白影响细胞迁移的体外实验。方法筛选稳定表达pcDNA3.1、pcDNA3.1R-Ras和pcDNA3.1R-Ras38V的MCF7细胞系;同时构建pGEX6p1的融合蛋白表达载体,并使其在大肠杆菌BL21中大量表达用于GST-pull down实验。进一步用Western Blot检测MCF7细胞中活化的R-Ras蛋白的表达;然后用基底膜侵袭实验进一步分析稳转后R-Ras活化蛋白对细胞迁移的影响。结果成功获得融合蛋白的表达,用GST-Pull down和Western Blot技术检测出MCF7细胞中过表达活化的R-Ras蛋白。Transwell实验显示pcDNA3.1R-Ras38V组穿膜细胞数减少,与pcDNA3.1组和pcDNA3.1R-Ras组比较差异有统计学意义(P=0.000 7、0.006 5)。结论过表达活化的R-Ras蛋白抑制细胞的迁移,GST-pull down技术可以检测R-Ras的蛋白活化形式,为进一步深入研究R-Ras在真核细胞中的体外功能实验提供了保障。     

肺腺癌中CDK1的生物信息学分析

目的:分析基于生物信息学对CDK1在肺腺癌(LUAD)中的表达和临床意义。方法:通过GEPIA分析CDK1的表达,在UALCAN数据库中分析肺腺癌分期、淋巴结转移等临床特征与CDK1表达的关系,GEPIA分析CDK1表达与肺腺癌预后的关系,Oncomine数据库挖掘CDK1的共表达基因,WebGestalt对共表达基因进行G0和KEGG通路富集分析。String数据库整合基因蛋白互作网络(PPI),并进行Cytoscape可视化分析,CytoHubba挑选核心基因。Kaplan-Meier plotter和GEPIA数据库对筛选出的hub基因进行了更多的分析和验证。结果:在肺腺癌中,CDK1表达明显高出正常组织(P<0.01)。UALCAN数据库分析表明肺腺癌患者的分期、性别等临床特征与CDK1的表达没有显著相关性。GEPIA分析显示,与CDK1高表达的肺腺癌患者相比,CDK1低表达患者的总生存率增加(P<0.05)。Oncomine数据库筛选出CDK1的共表达基因有TOP2A、MCM4等18个基因。GO分析显示,CDK1共表达基因主要与染色体定位、染色体凝集、ATP酶活性...