排序方式: 共有4条查询结果,搜索用时 0 毫秒
1
2.
目的:分析消化道癌症共享的功能模块及构建TF-mRNA调控网络并探究转录因子在消化道癌症中起到的重要作用。方法:对来自TCGA中消化道癌症RNAseq数据,差异分析应用DESeq2软件包进行分析,以|logFC|>1.5和P<0.05作为阈值筛选差异基因并选取共同差异表达的基因,并利用clusterProfiler软件包对共享差异基因功能富集分析及通路分析。通过STRING数据库获取蛋白互作信息,采用Cytoscape软件里的MCODE插件进行蛋白互作网络模块分解,并在igraph软件包进行模块子网的可视化,最终借助TRRUST数据库构建TF-mRNA调控关系网络。结果:本文识别741共享差异基因,发现重要的共享功能有肌肉收缩、肌肉系统过程、细胞外基质的组织、构建细胞外结构,并识别到重要的转录因子AR,CBX7,ETV4,WT1, PAX2及基因CDC6,NCAM1,AGTR1,MMP1,COL1A1。结论:AR,CBX7,ETV4,HOXC6及CDC6,AGTR1,MMP1,COL1A1是消化道癌症中重要的转录因子及基因。 相似文献
3.
目的:利用转录组数据识别与结直肠癌(Colorectal Cancer,CRC)相关的功能模块与核心基因,为CRC的早期诊断和治疗提供线索。方法:从基因表达综合数据库(Gene Expression Omnibus,GEO)下载了4套与CRC相关的表达谱数据:GSE44076(98病例+50对照)、GSE21815(132病例+9对照)、GSE9348(70病例+12对照)、GSE8671(32病例+32对照),使用在线工具GEO2R分别筛选差异表达基因(Differentially Expressed Genes,DEGs)并取交集,以此作为种子基因,通过蛋白质-蛋白质互作(Protein-Protein Interaction,PPI)知识扩充构建CRC特异性基因网络。然后,应用Newman网络分解算法提取CRC的功能模块及其核心基因。最后,对CRC功能模块进行了基于京都基因与基因组大百科全书(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes,KEGG)的通路富集分析,探讨这些功能模块的生物学意义。结果:共筛选出412个上调DEGs和231个下调DEGs,作为种子基因,通过PPI扩展为一个包含2261节点的CRC特异性基因网络。利用Newman算法提取了15个功能模块并识别了87个核心基因,包括已知的与CRC相关的基因(例如COL1A2、CDK1、MYC等)和尚未有报道的基因(例如PRKCB、ACTN1、KAT2B等)。KEGG富集结果显示,CRC功能模块主要与细胞周期(hsa04110)、DNA复制(hsa03030)、Wnt信号通路(hsa04310)、PI3K-AKT信号通路(hsa04151)等通路有关。结论:本研究识别了15个CRC特异性功能模块和87个模块的核心基因,为进一步揭示CRC的发病机制、发掘有效生物标志物和治疗靶标提供参考。 相似文献
4.
1