冠状病毒感染对造血系统影响及潜在干预药物的生物信息学分析及其对新型冠状病毒肺炎的意义

目的:分析预测冠状病毒感染对造血系统影响及潜在干预药物,探索其对新型冠状病毒肺炎(COVID-19)的意义.方法:利用基因表达数据库(GEO),筛选冠状病毒感染相关的全基因组表达数据,使用R语言包对数据进行差异表达分析及KEGG和GO富集分析.使用STRING在线分析网站进行PPI网络分析,筛选出核心基因.再应用自主研...     

基于代谢相关基因的多发性骨髓瘤预后模型的构建

目的：筛选多发性骨髓瘤（MM）患者代谢相关基因预后生物标志物,构建MM患者代谢基因生存预后模型。方法：检索MM患者相关的组学数据库。选择具有完整临床信息的病例和健康对照组数据进行分析。从HPA与MMRF数据库收集整理MM患者与健康对照骨髓组织二代测序数据与临床信息。利用Perl语言从分子签名数据库（MSig DB）提取代谢相关通路基因集。利用差异分析、单因素Cox风险回归分析和LASSO回归分析筛选MM代谢相关预后生物标志物并构建风险预后模型及列线图,利用风险曲线与生存曲线验证模型分组效果。利用基因集富集分析（GSEA）研究高、低风险组之间生物学通路富集的差异。利用多因素Cox风险回归分析验证风险评分的独立预后预测能力。结果：共筛选获取8个与MM患者生存预后显著相关的m RNA(P<0.01),作为分子标签可将MM患者分为高风险组与低风险组。生存曲线与风险曲线显示低风险组患者的总生存期显著优于高风险组（P<0.001）。GSEA富集分析表明,基础代谢相关通路、细胞分化和细胞周期等信号通路在高风险组中显著富集,核糖体与N-聚糖生物合成等相关通路则更多的在低风险组中富集。多因素...     

多发性骨髓瘤铁死亡相关组学分析及预后模型的建立

目的:通过TCGA及FerrDb数据库探讨铁死亡相关基因在多发性骨髓瘤(MM)中的作用,并构建MM相关铁死亡基因预后模型。方法:利用包含764例MM患者临床信息及基因表达谱数据的TCGA数据库与包括铁死亡相关基因的Ferr Db数据库,通过wilcox. test函数筛选其中的差异表达铁死亡相关基因。应用Lasso回归建立铁死亡相关基因预后模型,并绘制Kaplan-Meier生存曲线。使用COX回归分析筛选独立预后因素。筛选不同风险患者组间的差异基因,并通过富集分析探究MM铁死亡与预后相关的组学机制。结果:通过对764例MM患者骨髓样本及4例正常人骨髓样本进行差异分析,共筛选出铁死亡相关差异基因36个,其中上调基因12个,下调基因24个。使用Lasso回归筛选出6个预后相关基因(GCLM、GLS2、SLC7A11、AIFM2、ACO1、G6PD)并建立了MM铁死亡相关基因预后模型; Kaplan-Meier生存曲线分析结果显示,不同风险患者组间生存率具有显著统计学差异(P <0.01)。单因素COX回归分析结果显示,年龄、性别、ISS分期和风险评分与MM患者总生存期(OS)显著相...     

糖尿病合并冠心病的发病机制与治疗对策研究进展

在临床中,糖尿病和冠心病均为慢性多发性疾病.随着我国老龄化加剧,糖尿病合并冠心病的发病率呈逐年升高趋势.既往研究表明,糖尿病和冠心病在发生、发展过程中具有密切相关性.本文就糖尿病合并冠心病的发病机制、治疗对策以及生物信息学指导下的精准诊治进行综述,以期为临床治疗此类疾病提供理论基础.     

全反式维甲酸联合激素治疗阵发性睡眠性血红蛋白尿症短期疗效评估

背景 阵发性睡眠性血红蛋白尿症(paroxysmal nocturnal hemoglobinuria,PNH)是一种罕见的溶血性疾病,当前治疗PNH的手段单一,药物费用昂贵,亟需寻找可显著改善患者病情和生活质量的新型治疗药物或方案.目的 评估全反式维甲酸联合雄激素与糖皮质激素治疗PNH的有效性及安全性.方法 入组解放...     

免疫衰老影响老年人重型新型冠状病毒肺炎发病机制的研究进展

免疫衰老是免疫系统随年龄增长而发生最为显著的改变。免疫衰老与感染性疾病、自身免疫性疾病和恶性肿瘤等存在密切关系,且导致老年人在感染SARS冠状病毒（SARS-CoV-2）后,容易进展成为重型新型冠状病毒肺炎（COVID-19）。免疫衰老通过先天性免疫系统和适应性免疫系统,改变免疫细胞数量、表型及功能,造成免疫系统功能障碍和炎症反应失衡,增加老年患者的死亡风险和预后不良事件。通过分析免疫衰老与重型新型冠状病毒肺炎之间的关系,有助于发现老年重型COVID-19的有效治疗方法,改善老年患者的生存及预后。     

基于加权基因共表达网络分析筛选肝细胞癌预后相关生物标志物及潜在治疗药物

目的 筛选肝细胞癌(hepatocellular carcinoma, HCC)预后相关生物标志物,从分子水平探讨HCC可能的发病机制,并预测对HCC具有潜在治疗作用的候选药物。方法 下载TCGA数据库和GEO数据库中HCC的转录组数据及其临床记录信息。分别对其基因表达谱数据进行加权基因共表达网络分析(weighted gene co-expression network analysis, WGCNA)和差异表达基因分析,选取两个数据集中与疾病正相关性最高的模块基因与差异表达基因取交集作为关键基因。利用GO和KEGG对关键基因进行功能富集分析。利用STRING数据库构建PPI网络,使用Cytoscape软件对关键基因进行相关性分析,筛选核心基因。使用R语言程序包K-M进行生存分析明确核心基因与HCC患者预后关系。利用在线数据库DGIdb、DREMIT联合进行HCC潜在治疗药物的筛选,依据药物靶点匹配数量、优选得分、特异性得分对预测结果进行排序,选择排名靠前的药物作为可能的候选治疗药物。结果 最终共得到64个关键基因,主要富集于细胞周期与分裂、DNA复制和损伤修复、病毒感染、P53信号...     

新型冠状病毒感染致造血损伤及潜在治疗药物的生物信息学分析

目的分析预测新型冠状病毒(SARS-CoV-2)感染所致造血损伤及潜在的治疗药物,为临床救治SARS-CoV-2感染所致造血损伤提供理论依据。方法利用基因表达数据库(GEO)筛选SARS-CoV-2感染相关的全基因组表达数据,使用R语言包对数据进行差异分析以及基因本体论(GO)和京都基因与基因组百科全书(KEGG)富集分析。通过蛋白-蛋白相互作用数据库(STRING)在线分析网站进行蛋白互作(PPI)网络分析,筛选核心基因。应用自主研发的表观精准治疗预测平台(EpiMed)进行疾病、药物和关联靶基因分析。结果共筛选出差异基因222个,其中上调172个,下调50个。GO富集分析结果显示,差异基因主要与Ⅰ型干扰素反应、细胞周期调节、炎性细胞迁移、先天免疫反应、血液微粒和囊泡分泌、趋化因子及其受体等有关。KEGG富集分析结果显示,差异基因主要与病毒感染、心肌损伤、补体及凝血级联、细胞趋化、血小板活化、急性炎症、免疫反应、细胞信号转导等相关信号通路有关。PPI网络分析筛选得到STAT1、IL-6、IRF7、TNF、MX1、ISG15、IFIH1、IRF9、DDX58和GBP1等10个核心基因。...