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目的: 筛选甲基丙烯酸环氧丙酯(GMA)诱导人支气管上皮16HBE细胞恶性转化过程中不同时期差异表达的LncRNA并以此为基础构建ceRNA调控网络,分析相关信号通路和生物学功能。方法: 收集用GMA和溶剂DMSO分别处理的16HBE细胞。采用LncRNA芯片检测并分析两组细胞中LncRNA表达量的差异,运用TargetScan和MiRanda数据库筛选出关键的差异表达LncRNA,使用Cytoscape构建以差异表达LncRNA为核心的ceRNA调控网络,之后对差异表达LncRNA的靶基因和通路进行分析预测,通过实时荧光定量PCR (qPCR)对上述LncRNA相对表达量进行检测验证。结果: 芯片筛选结果发现,与DMSO对照组相比,GMA处理组共16个LncRNA在细胞恶性转化过程中表达上调。在此基础上筛选构建了由3个LncRNA,32个mRNA和204个miRNA组成的LncRNA相关ceRNA调控网络,其中有3个调控轴(LncRNA G013234-hsa-miR-378b-TMEM129、LncRNA CTA-384D8.35-hsa-miR-486-3p-LYPD、LncRNA G087116-miR-29b-3p-NAV1)与GMA诱导16HBE细胞恶性转化过程相关(P<0.05),提示这3个调控轴是与此恶性转化过程关联较为密切的ceRNA三元组。qPCR验证结果表明在细胞恶性转化过程的不同时期LncRNA G013234,CTA-384D8.35和G087116的相对表达水平变化趋势与LncRNA芯片结果一致。结论: 在GMA诱导16HBE细胞发生恶性转化过程中,LncRNA G013234、CTA-384D8.35、G087116在恶性转化不同时期均发生上调,以此为基础构建的ceRNA调控网络及预测得到细胞恶性转化相关的关键mRNA,为GMA诱导16HBE细胞恶性转化机制研究提供了支持数据。 相似文献
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目的:探讨LncRNA EMX2OS在甲基丙烯酸环氧丙酯(GMA)诱导的16HBE恶性转化细胞中的表达变化及意义。方法:取GMA诱导的第30代16HBE恶性转化细胞及DMSO对照组细胞,采用高通量LncRNA芯片比较两组样本表达谱的差异,并用生物信息学方法筛选出LncRNA EMX2OS及其靶向基因EMX2,采用实时荧光定量PCR(qPCR)分析16HBE恶性转化细胞中LncRNA EMX2OS和EMX2 mRNA的表达水平,并与对照组细胞比较。结果:LncRNA芯片结果显示,与DMSO对照组细胞相比,GMA诱导的16HBE恶性转化细胞中LncRNA EMX2OS上调6.01倍;qPCR结果显示,相对于对照细胞,16HBE恶性转化细胞中LncRNA EMX2OS表达上调3.37倍,EMX2 mRNA上调1.88倍(P < 0.05)。EMX2 mRNA和LncRNA EMX2OS表达的变化趋势一致。结论:GMA可以诱导16HBE细胞LncRNA EMX2OS表达上调,LncRNA EMX2OS可作为GMA诱导的16HBE恶性转化细胞中相关特异分子标志之一。 相似文献
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