基于GEO数据库分析circRNAs在胃癌组织中的表达

目的 通过生物信息学分析环状RNA在胃癌中的作用及寻找新的肿瘤标志物。方法 从GEO数据库中检索并下载胃癌组织的芯片数据，利用GEO2R在线分析并筛选差异表达的环状RNA。通过数据对比，提取差异表达一致的环状RNA，然后利用miRanda 软件和 RNAhybrid 软件预测其与miRNAs之间的相互作用。通过TCGA数据库分析其亲本基因在胃癌组织中的表达。结果 通过对3个数据库进行合并分析，发现差异表达的环状RNA共有498个，上调的环状RNA共有125个，373个环状RNA下调，其中至少两个数据库都存在的环状RNA有31个，且2个环状RNA为三个数据库共同包含。通过TCGA数据库分析发现，RPL13、LPHN2和PGPEP1在胃腺癌组织中表达无明显意义。而PRKCI、LAPTM4A、PTK2和PDSS1在胃腺癌组织中表达却增高。结论 在胃癌组织中的异常表达环状RNA将可能成为胃癌新的标志物。     

P38MAPK在滑膜细胞表达炎性因子中的作用

目的:研究p38丝裂原活化蛋白激酶(mitogen activated protein kinase,MAPK)在脂多糖(LPS)诱导大鼠滑膜成纤维细胞(synovial fibroblast,SF)合成炎性因子IL-1β、MMP3中的作用.方法:采用酶消化法分离获得大鼠SF,体外培养并鉴定,分别作为空白对照组、与不同浓度LPS共培养、以SB203580预处理后与LPS共培养,24h后免疫化学染色、RT-PCR分别检测通路活化水平和炎性因子蛋白及mRNA表达量.结果:LPS可刺激SF使IL-1β、MMP3蛋白和mRNA表达上调,表达量随LPS浓度增高而增加(与对照组相比P＜0.05);且与LPS共培养后SF中p38 MAPK通路活化,阻断p38 MAPK后,炎性因子表达显著下调(P＜0.05).结论:LPS诱导SF高表达IL-1β、MMP3,p38 MAPK在其中发挥重要作用.     

养阴活血方干预ApoE-/-动脉粥样硬化小鼠DNA甲基化酶的研究

  目的  从DNA甲基化角度观察养阴活血方及其功效单元干预动脉粥样硬化(Atherosclerosis, AS)进程。  方法  ApoE-/-小鼠随机分为对照组、模型组、辛伐他汀组、养阴活血方组、养阴组、清热组和活血组。对照组小鼠给予普通饲料喂养, 其余组小鼠均给予高脂饲料喂养。分别于第10、12、14、16、18周, 对照组小鼠注射等体积无菌PBS, 其余组腹腔注射10 μg的LPS。灌胃给药与高脂饲料喂养同时进行, 第20周检测。油红O染色观测小鼠主动脉斑块面积; 生化试剂盒检测小鼠TC、TG、LDL-C、HDL-C、non-HDL-C水平; HE冠脉染色观测小鼠冠脉管腔狭窄情况和管腔面积; qPCR检测小鼠脾脏/主动脉DNA甲基化酶Tet1、Tet2、Tet3、Dnmt1、Dnmt3a、Dnmt3b mRNA表达; Western blot检测小鼠脾脏/主动脉DNA甲基化酶Dnmt1、Dnmt3a、Dnmt3b蛋白表达; ELISA检测细胞因子IL-6、IL-2、TGF-β1的变化。  结果  与模型组相比, 养阴活血方组能显著减少斑块面积并抑制冠脉狭窄(P < 0.01), 降低TG、LDL-C水平(P < 0.01), 升高HDL-C水平(P < 0.05), 降低脾脏Dnmt1和Dnmt3a蛋白表达(P < 0.05), 降低主动脉Dnmt1 mRNA、Dnmt3b mRNA(P < 0.05, P < 0.001)和主动脉Dnmt1、Dnmt3b蛋白表达(P < 0.05), 下调血清IL-6水平(P < 0.05), 上调TGF-β1水平(P < 0.05)。与模型组比较, 各功效单元组均不同程度减少斑块面积、调节血脂水平; 养阴组降低脾脏Dnmt3b mRNA表达(P < 0.05), 降低主动脉Dnmt3b mRNA(P < 0.001)和Dnmt3a蛋白(P < 0.05)表达, 升高TGF-β1水平(P < 0.05);清热组降低脾脏Dnmt1蛋白表达(P < 0.05), 主动脉Dnmt1和Dnmt3b mRNA(P < 0.05)和Dnmt1、Dnmt3a、Dnmt3b蛋白表达(P < 0.05), 降低IL-6水平(P < 0.05), 增加TGF-β1水平(P < 0.05);活血组降低主动脉Dnmt3a和Dnmt3b蛋白表达(P < 0.05), 降低IL-6水平(P < 0.05)。  结论  养阴活血方通过调节血脂, 降低DNA甲基化酶Dnmts的表达, 改善炎症水平, 从而有效减少高脂联合LPS注射诱发的ApoE-/-小鼠AS斑块的形成。      

GEO数据库分析环状RNA在乳腺癌组织中的表达

目的采用生物信息学方法探究环状RNA在乳腺癌侵袭转移中的作用。方法从GEO数据库中检索并下载乳腺癌组织的芯片数据,利用R软件对4对Luminal A型乳腺癌组织和4对三阴性乳腺癌组织进行差异分析,然后利用miRanda 软件和 RNAhybrid 软件对差异表达的环状RNA和miRNAs之间的相互作用进行预测。通过TCGA数据库分析环状RNA的亲本基因在乳腺癌组织中的表达。结果通过差异分析,发现共有27个环状RNA异常表达,其中6个环状RNA上调,21个环状RNA下调;通过软件预测构建了环状RNA／miRNAs相互作用网络;通过基因表达分析,hsa_circ_0000965、hsa_circ_0000523、hsa_circ_0044234、hsa_circ_0058451和hsa_circ_0091994可能正向调控其亲本基因的表达。结论在三阴性乳腺癌组织中的异常表达环状RNA将可能成为乳腺癌转移治疗的新靶点。     

FOXP3与乳腺癌病理特征和预后的相关性研究

目的 探讨FOXP3在乳腺癌组织中的生物学特点,寻找新的肿瘤标志物。方法 通过UALCAN、Kaplan-Meier plotter database、Tumor Immune Estimation Resource(TIMER)数据库分析FOXP3在乳腺癌组织中的表达情况;通过免疫组化分析FOXP3在乳腺癌组织中的特点及与免疫细胞标记因子之间的关系。结果 FOXP3在乳腺癌组织中表达高于癌旁组织;且在luminal型、HER2阳性型和三阴性3种不同乳腺癌的分子分型中,FOXP3在肿瘤组织的表达均高于癌旁组织,差异均有统计学意义(P<0.05)。相较于癌旁组织,FOXP3在淋巴结转移及远处转移的乳腺癌组织中表达升高,差异均有统计学意义(P<0.05)。相比于FOXP3低表达组,FOXP3高表达组的总生存率(OS)降低(HR:1.33,P=0.012),而不同乳腺癌亚型中,仅在HER2阳性型乳腺癌患者中FOXP3的高表达组OS降低,差异有统计学意义(P<0.05)。FOXP3与免疫浸润相关,且FOXP3+表达水平与CD3+,CD20+,CD68+有关。FOXP3+表达与...