基于蛋白质相互作用网络对滑膜肉瘤生物学通路探索

目的 滑膜肉瘤(synovial sarcoma,SS)是一种来源不明的软组织恶性肿瘤,临床上较少见.随着分子生物学的不断发展,从分子层面了解滑膜肉瘤并发现其相关生物学通路,以此寻找其治疗靶点成为目前研究的热点.本研究通过建立蛋白质相互作用网络预测滑膜肉瘤的生物学通路,以期发现其相关作用靶点.方法 通过在线人类孟德尔遗传数据库筛选出滑膜肉瘤相关基因,采用 Cytoscape 软件和插件 Agilent Literature Search进行文本挖掘并建立滑膜肉瘤的蛋白质相互作用网络;采用插件 Clusterviz,发现网络中可能包含的分子复合物;基于DAVID富集分子复合物的生物学通路.结果 通过人类孟德尔遗传数据库筛选出滑膜肉瘤相关基因有67个;采用 Cytoscape 软件挖掘出滑膜肉瘤相关蛋白质相互作用网络包含 489个节点(蛋白质)和1 414条边(相互作用关系);Clusterviz插件发现其可能包含6个分子复合物;通过DAVID对这6个分子复合物进行富集,获得其相关生物学通路,以错误发现率(false discovery rate,FDR)<1为差异有统计学意义,最终获得分子复合物1有7条通路,分子复合物2有45条通路.分子复合物3、4、5和6的细胞通路FDR值均>1,差异无统计学意义.结论 分子复合物1主要与p53信号通路及细胞因子调节有关,且与膀胱癌有相关性;分子复合物2涉及通路较多,说明滑膜肉瘤的发生是一个受多种细胞通路、多基因构成的网络协同调控的复杂过程.     

基于蛋白质相互作用网络探讨天花粉蛋白对乳腺癌MCF-7/PTX细胞的耐药逆转作用

目的:构建人乳腺癌MCF-7/PTX细胞的蛋白质相互作用网络,预测细胞关键靶点,从凋亡耐药途径观察天花粉蛋白对MCF-7/PTX细胞的耐药逆转作用。方法:通过在线基因银行数(GenBank)筛选获得MCF-7/PTX细胞相关基因;使用STRING进行文本挖掘并构建蛋白质相互作用网络;应用插件Centiscape 2.2实现拓扑分析;基于拓扑分析所得的关键因子,选取Bcl-2基因为研究指标;MTT法检测TCS对MCF-7/PTX细胞的增殖抑制作用,Western Blot检测TCS对MCF-7/PTX细胞Bcl-2蛋白表达的影响。结果:通过"GenBank"筛选获得MCF-7/PTX细胞相关基因134个,软件STRING挖掘出MCF-7/PTX细胞的蛋白质相互作用网络包含1194个节点(蛋白质)、19733条边(相互作用关系);插件Centiscape 2.2分析得出关键节点Bcl-2。实验表明TCS对MCF-7/PTX细胞有明显的增殖抑制作用,且随着药物浓度的升高和作用时间的延长,对细胞的增殖抑制率升高,具有时间-剂量依赖性。不同浓度TCS作用于MCF-7/PTX细胞72 h,Bcl-2蛋白的表达下调,且呈剂量依赖性。结论:TCS通过下调MCF-7/PTX细胞Bcl-2蛋白的表达来发挥耐药逆转作用。     

姜黄素抑制肺癌细胞血管拟态形成机制探讨

目的观察姜黄素对肺癌细胞A549血管拟态生成及细胞内Wnt/β-catenin信号通路相关基因表达的影响,探讨姜黄素抑制肿瘤血管形成的机制。方法体外培养A549细胞株,0、2.5、5、10、20和40μmol/L姜黄素处理细胞24h,应用MTT法检测姜黄素对细胞增殖的影响,体外血管生成拟态实验检测各组细胞形成血管拟态能力,RT-PCR法检测细胞内β-catenin基因mRNA的转录水平;选取Wnt/β-catenin特异性抑制剂XAV939,蛋白质印迹法检测对照组、姜黄素组和XAV939组血管生成基因VE-cadherin蛋白的表达。结果姜黄素对肺癌A549细胞株有抑制作用,并呈剂量依赖性,IC50值约为17.5μmol/L。与对照组相比,姜黄素含药组血管拟态形成数目减少,呈剂量依赖性;随着姜黄素浓度增加,β-catenin基因mRNA表达水平显著降低,差异有统计学意义,P值均<0.05。蛋白质印迹法结果示,与对照组相比,姜黄素组VE-cadherin蛋白表达减少,P=0.047;与XAV939组相比差异无统计学意义,P=0.087。结论姜黄素可抑制肺癌细胞的血管拟态形成能力,其机制可能是通过抑制Wnt/β-catenin信号通路活性实现的,这将为临床治疗肺癌提供新的思路。