基于网络药理学和生物信息学研究苍附导痰丸治疗多囊卵巢综合征的分子机制＊

目的 探讨苍附导痰丸治疗多囊卵巢综合征（Polycystic ovary syndrome，PCOS）的潜在机制。方法 通过检索中药系统药理学数据库和分析平台（Traditional Chinese Medicine Systems Pharmacology Database and Analysis Platform，TCMSP）中苍附导痰丸组成药物的成分数据，筛选其有效成分和作用靶点；检索Drug Bank、GeneCards、OMIM、PharmGKB及Uniprot疾病数据库中PCOS相关靶点；检索GEO数据库，选择多囊卵巢综合征的差异表达基因。构建苍附导痰丸和PCOS成分、靶点间的相互关系网络，利用筛选出的关键靶点，构建蛋白互作（Protein-protein interaction，PPI）网络；在GO功能和KEGG信号通路富集的基础上，得出苍附导痰丸治疗PCOS的作用机制，进一步用分子对接技术验证靶点之间结合的可靠性。结果 共筛选出活性成分单体46个，159个苍附导痰丸治疗PCOS的共同靶点。结论 苍附导痰丸治疗PCOS具有多成分、多靶点、多通路的特点，推测苍附导痰丸可能通过调节炎症微环境从而改善肥胖型PCOS患者胰岛素抵抗，通过调节雌激素信号通路改善卵巢功能，因而可以改善肥胖及卵巢排卵的临床症状，为后期研究苍附导痰丸治疗PCOS的作用机制提供了新的理论支撑。     

基于网络药理学及分子对接技术探讨追风透骨胶囊对类风湿关节炎和骨关节炎“异病同治”的潜在分子机制＊

目的 利用网络药理学方法及分子对接的方法预测追风透骨胶囊治疗类风湿关节炎（rheumatoid arthritis，RA）及骨关节炎（osteoarthritis，OA）的活性成分、作用靶点及相关生物学途径，丰富其异病同治的科学内涵。方法 利用TCMSP、BATMAN-TCM数据库筛选出追风透骨胶囊的活性成分及治疗类风湿性关节炎及骨关节炎的对应靶点，采用Cytoscape 3.7.0软件构建“药物-化合物-共有靶标”网络图，运用STRING平台构建靶蛋白相互作用（protein-protein interaction，PPI）网络，运用R语言数据包进行基因本体功能富集（gene ontology，GO）与京都基因与基因组百科全书（Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomics，KEGG）富集分析，预测其作用机制，最后对追风透骨胶囊中的关键活性化合物与PPI中的核心蛋白进行分子对接验证。结果 追风透骨胶囊共筛选有效活性成分276种，涉及共同靶标207个。“药物-化合物-共有靶标”网络图中筛选出关键活性化合物12个，其干预的PPI网络主要涉及STAT3、AKT1、APP等核心蛋白，共有靶标的GO及KEGG富集分析结果主要涉及代谢、炎性反应、肿瘤等相关通路及多种生物学途径。分子对接验证提示β-谷甾醇与核心靶蛋白结合情况最佳，HSP90AA1是追风透骨胶囊中关键化学成分结合活性最优的靶蛋白。结论 追风透骨胶囊中槲皮素、木犀草素、山奈酚等12种关键有效活性成分作用于STAT3、AKT1、APP等12种核心靶蛋白发挥干预OA、RA的药理作用并涉及多种生物学途径，阐释了追风透骨胶囊对OA以及RA异病同治的分子基础。     

基于网络药理学及分子对接技术研究疏风解毒胶囊治疗新型冠状病毒肺炎的潜在靶标及机制

目的:运用网络药理学及分子对接技术探究疏风解毒胶囊治疗新型冠状病毒肺炎(COVID-19)的潜在分子机制。方法:检索计算系统生物学实验室数据库和分析平台(TCMSP)获得疏风解毒胶囊所有有效活性成分的干预靶点,并与GeneCards数据库中的新型冠状病毒肺炎疾病基因靶标相映射得到交集靶标;通过Cytoscape3.7.0构建"药物-活性成分-靶标"网络;通过String得到交集靶标的PPI网络;运用数据包进行基因本体(GO)功能富集分析和基于京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析,预测其作用机制。将疏风解毒胶囊中关键有效成分化合物与PPI中核心蛋白进行分子对接。结果:"药物-活性成分-靶标"网络图中涉及交集靶标48个,关键性化合物主要包括槲皮素、木犀草素、山柰酚、汉黄芩素、刺槐黄素,关键靶点涉及CALM1、NOS2、PTGS2、DPP4、PTGS1等。GO富集分析包括1335条生物过程(biological process,BP)、34条细胞组分(cellular component,CC)以及86项分子功能(molecular unction,MF)。18条KEGG相关通路,涉及病毒蛋白与细胞因子和细胞因子受体的相互作用等。分子对接结果显示槲皮素、山柰酚、木犀草素等核心化合物与核心靶蛋白亲和力较高。结论:疏风解毒胶囊中的化学成分通过与关键靶蛋白IL-6、ALB、MAPK3等结合涉及多种生物学过程及通路治疗COVID-19。     

马钱子治疗骨关节炎的潜在药物靶标

目的 探讨马钱子能否作为治疗骨关节炎(OA)的潜在药物靶标.方法 在中药系统药理学技术平台(TCMSP)中根据口服生物利用度(OB)和类药性(DL)筛选出马钱子的化学成分及其相对应的靶基因;检索GeneCards、OMIM等数据库筛选OA疾病的相关靶点,应用Cytoscape3.7.2软件构建药物-活性成分-基因-疾病...     

基于网络药理学及高通量分子对接研究金花清感颗粒中结合SARS-CoV-2特定靶蛋白的活性化合物干预COVID-19的潜在分子机制＊

目的 运用网络药理学及高通量分子对接技术,筛选金花清感颗粒中与人类新型冠状病毒3CL水解酶及ACE2受体蛋白结合活性较好的有效化合物,并对其干预COVID-19的机制进行预测。方法 本研究利用TCMSP数据库及高通量分子对接技术筛选金花清感颗粒中与人类新型冠状病毒3CL水解酶及ACE2受体对接活性较高的的活性化合物,并获取其对应靶标,利用STRING数据库进行靶标的蛋白网络互作,运用数据包进行京都基因与基因组百科全书（KEGG）通路富集分析,预测其作用机制。结果 金花清感颗粒共筛选有效活性化合物276种,涉及靶标基因325个。“药物-活性化合物-靶标”网络图中筛选出关键化合物11个,高通量分子对接筛选得到与人类新型冠状病毒3CL水解酶及ACE2受体结合活性较好的8个化合物,其靶基因的PPI网络主要涉及AKTI、HSP90AA1、RELA等核心靶蛋白。KEGG富集分析获得94条相关通路,主要包括卡波西肉瘤相关疱疹病毒感染、丙型肝炎、麻疹、人巨细胞病毒感染、EB病毒感染等病毒相关通路以及IL-17通路、TNF通路、AGE-RAGE等途径。结论 金花清感颗粒中3-甲氧基光甘草定、粗毛甘草素C、甘草查尔酮B等活性成分与人类新型冠状病毒3CL水解酶及ACE2受体酶结合活性较强,并且通过多种生物学途径及通路发挥干预COVID-19的作用。     

基于Citespace解析网络药理学在中医药领域的研究热点及可视化分析

目的 可视化分析网络药理学（NP）为中医药领域的研究热点，梳理该领域的研究进展，为后续该研究方向及思路提供参考。方法 本研究纳入2020年5月前发表在中国知网数据库（CNKI）以及科学引文索引数据库（WOS）中与中医药领域相关的NP文献，运用EndNote X9.1进行文献管理，应用CitesPace 5.6.R5软件对该领域的发文数量、关键词、研究机构、作者以及共被引情况进行知识图谱形式分析。结果 本研究最终纳入中文文献1 331篇，英文文献313篇。中医药相关领域的NP研究发文数量自2017年后增长显著。国内以王博龙、秦雪梅以及吴嘉瑞为核心团队在中文期刊发文量最多，王永华团队在英文文献发文中处于领先地位。国内相关文献呈现中医药院校及附属机构合作密切的特点，英文文献则跨区域合作较为频繁。文献关键词分析显示目前NP在中医药领域的研究热点主要集中在恶性肿瘤、冠状动脉粥样硬化性心脏病、糖尿病以及骨质疏松症等疾病，NP在中医药领域的研究对象呈现单药、药对、复方以及类方的递进趋势。共被引可视化结果显示该领域高引用文献多集中在NP中医药研究的数据库及方法原理上。结论 NP在中医药领域的研究数量呈...     

重型与普通型COVID-19患者康复期胸部CT图像对比观察

目的 比较重型和普通型新型冠状病毒肺炎(COVID-19)患者康复期胸部CT图像，以了解不同类型CO-VID-19患者康复期病情演变规律。方法 对重型COVID-19患者(重型组)和普通型COVID-19患者(普通型组)病情进展期(T0)及康复期[康复出院后第3(T1)、9(T2)、15(T3)、21(T4)、27(T5)个月]的胸部CT影像资料作回顾性分析。结果 T1、T2、T3、T4、T5时，重型组分别有29、28、24、15、13例患者胸部CT存在异常；普通型组分别有4、2、2、1、1例胸部CT存在异常，两组比较，P<0.05。重型组T0与T1～T5病变占比差值[同一患者进展期(T0)胸部CT病变占比(病变体积/全肺总体积)减去某一随访节点(T_x)胸部CT病变占比，T_0～1、T_0～2、T_0～3、T_0～4、T_0～5)分别为15.43%±9.66%、29.53%±12.28%、44.38%±14.03%、54.07%±11.87%、56.43%±1...     

基于网络药理学和生物信息学研究丹参治疗骨关节炎的分子机制

目的 通过网络药理学和生物信息学方法探讨丹参治疗骨关节炎(O A)的潜在活性成分及作用机制.方法 通过检索中药系统药理学数据库和分析平台(TCMSP)中丹参成分,筛选丹参活性成分和作用靶点;检索DisGeNET、Drug bank、OMIM、TTD、Gene Cards、GAD、HPO、PharmGKB、Uniprot...