基于化学空间和分子对接探讨人参在治疗骨关节炎中发挥抗炎镇痛的可行性

目的 探讨人参在治疗骨关节炎（Osteoarthritis,OA）中发挥抗炎镇痛的可行性。方法 从中药系统药理数据库及分析平台（traditional Chinese medicine systems pharmacology database and analysis platform,TCMSP）中筛选人参中口服生物利用度≥30%和类药性≥0.18的成分,从活性化合物专家（https://www. selleck.cn/）中检索OA疼痛密切相关白细胞介素-1β（interleukin-1β,IL-1β）、白细胞介素-6（interleukin-6,IL-6）和肿瘤坏死因子-α（tumor necrosis factor-α,TNF-α）的抑制剂,在Discovery studio（DS）模拟平台,分别建立人参和抑制剂分子数据集;在定量构效关系（DS QSAR）模块下,计算和分析两分子数据集的化学空间,两数据集中的化合物在空间上距离越近,代表具有相似作用的可能性越大;以IL-1β、IL-6、TNF-α为OA抗炎镇痛的治疗靶点,从蛋白质数据库（RCSB PDB）中下载其与配体的复合物结构,代码分别为6Y8M、1ALU和2AZ5,在DS LigandFit中,研究人参分子数据集中化合物与抗炎镇痛靶点IL-1β、IL-6、TNF-α之间的相互作用,从中筛选出比蛋白与各自原配体作用的DOCK-SCORE高的化合物,视为人参抗炎镇痛的活性成分。结果 人参分子数据集含有化学成分22个,抑制剂分子数据集含有化学成分26个;在三维的化学空间中,人参和抑制剂分子数据集中化合物均聚集在后背部,且距离较近,具有相似的化学空间,意味着可能具有相似的作用;以IL-1β、IL-6和TNF-α与各自原配体的DOCK-SCORE为阈值,从人参中发现抗炎镇痛的潜在活性化合物有11个,分别为脱氧三尖杉酯碱（Deoxyharringtonine）、石竹胺（Dianthramine）、苏齐内酯（Suchilactone）、花生四烯酸（Arachidonate）、山柰酚（Kaempferol）、人参皂苷Rg5（Ginsenoside Rg5）、人参皂苷Rh2（Ginsenoside Rh2）、五味子酯乙（Gomisin B）、苯代南蛇碱（Celabenzine）、菊黄质（Chrysanthemaxanthin）和5-苯甲酰基-4-乙酰基锥序南蛇藤呋喃四醇（Malkangunin）。结论 综合分析人参的化学空间及其存在抗炎镇痛的活性成分,认为人参在治疗OA方面具有抗炎镇痛的作用,本研究可为健脾法在OA临床中的应用提供新依据。     

基于计算机模拟技术探讨当归活血和止痛作用的活性成分及其关联性

目的采用计算机模拟技术,从活性成分的角度探讨当归活血和止痛作用及其关联性。方法 (1)从中药系统药理学数据库及分析平台(TCMSP)中,检索当归的化学成分125个,以凝血酶(Thrombin)、血栓素A2受体(TXA2R)、纤溶酶原激活物抑制物1型(PAI-1)、凝血因子Ⅸa(FactorⅨa)为活血功效的靶点,以p38、肿瘤坏死因子α(TNF-α)、诱导型一氧化氮合酶(iNOS)、磷酸二酯酶4A(PDE4A)为止痛功效的靶点,在蛋白质数据库(RCSB PDB)中下载有配体结合的蛋白复合物结构,代码分别为1AWH、6IIV、7AQF、3LC3、1OUY、2AZ5、4NOS和3TVX;利用分子对接技术,筛选大于蛋白复合物结构中的原配体的DOCK-SCORE高的化合物,视为当归中活血功效和止痛功效的活性成分。(2)构建当归活血功效和止痛功效的活性成分数据集,提取其全局指纹,计算其Tanimoto相似系数来反映两活性成分数据集的化学结构特征相似度。当相似系数值为0时,表示两数据集间没有相同的分子结构片段;当系数为1时,则表示有相同的字节编码,也就表示有相同的分子结构片断,即系数越接近1,代表...     

透骨消痛胶囊调节Ras-Raf-MEK1/2-ERK1/2信号通路抑制骨关节炎炎症反应的机制研究

目的:探讨透骨消痛胶囊调节Ras-Raf-MEK1/2-ERK1/2信号通路抑制骨关节炎炎症反应的作用机制.方法:取4周龄SD雄性大鼠的双侧膝关节软骨,经Ⅱ型胶原酶消化法获得大鼠软骨细胞,并采用Ⅱ型胶原免疫组化法对所得细胞进行鉴定;取第2代软骨细胞分为空白组、模型组(10 ng/mL LPS干预8 h)、抑制剂组(10...     

基于化学空间和分子对接探讨人参在治疗骨关节炎中发挥抗炎镇痛作用的可行性

目的：探讨人参在治疗骨关节炎（OA）中发挥抗炎镇痛作用的可行性。方法：从中药系统药理数据库及分析平台（TCMSP）中筛选人参中口服生物利用度≥30%和类药性≥0.18的成分,从活性化合物专家网站中检索OA疼痛密切相关白细胞介素-1β（IL-1β）、白细胞介素-6(IL-6)和肿瘤坏死因子-α（TNF-α）的抑制剂,在Discovery studio(DS)模拟平台,分别建立人参和抑制剂分子数据集;在定量构效关系（DS QSAR）模块下,计算和分析两分子数据集的化学空间,两数据集中的化合物在空间上距离越近,代表具有相似作用的可能性越大。以IL-1β、IL-6、TNF-α为OA抗炎镇痛的治疗靶点,从蛋白质数据库（RCSB PDB）中下载其与配体的复合物结构,代码分别为6Y8M、1ALU和2AZ5,在DS LigandFit中,研究人参分子数据集中化合物与抗炎镇痛靶点IL-1β、IL-6、TNF-α之间的相互作用,从中筛选出比蛋白与各自原配体作用的DOCK-SCORE高的化合物,视为人参抗炎镇痛的活性成分。结果：人参分子数据集含有化学成分22个,抑制剂分子数据集含有化学成分26个;在三维化学...     

基于生物节律与骨代谢关系的研究探讨绝经后骨质疏松症的防治策略

绝经后骨质疏松症是一种以骨吸收和骨形成耦联失衡为基本发病机制的代谢性疾病。骨代谢受到生物节律的严格调控，包括激素分泌的节律性、骨细胞代谢的节律性及生物钟基因的协调表达等。对骨代谢相关生物节律调控机制的深入研究，能够阐明节律性骨重建的生理基础和绝经后骨质疏松症的部分发病机制，进而为探讨绝经后骨质疏松症的防治策略提供新思路。本文概述了生物节律与骨代谢的关系，对生物节律系统与骨代谢关系分子机制的研究进展进行了综述，并基于生物节律与骨代谢的关系探讨了绝经后骨质疏松症的防治策略。     

计算机模拟法探讨没药治疗骨肉瘤的作用机制

目的 探讨没药治疗骨肉瘤（OS）的作用及其机制。方法 以口服生物利用度≥30%和类药性≥0.18为阈值，从中药系统药理学数据库及分析平台，收集没药的潜在活性成分及其对应靶点，并通过中国知网数据库检索与骨肉瘤相关的已报道活性化合物，利用Discovery Studio(DS)模拟软件，分别构建没药潜在活性成分和已报道活性化合物的数据集，基于“Calculate Molecular Properties”模块，比较两数据集的化学空间；以已知活性化合物数据集为参照配体，基于“Find Similar Moleculars by Fingerprints”模块，从没药潜在活性成分数据集中找出相似的分子。在GEO、OMIM、PharmGkb、DrugBank与GeneCards数据库中收集OS疾病靶点，与没药成分对应靶点取交集，将交集靶点与活性成分导入Cytoscape 3.8.1软件中，构建没药活性成分-靶点网络；再将交集靶点导入STRING网站构建蛋白质-蛋白质作用网络（PPI网络），在Cytoscape 3.8.1软件中拓扑分析筛选出核心靶点；用DAVID在线数据库对交集靶点进行基因本体（...