曼地亚红豆杉NPR1基因家族鉴定及表达模式分析

目的 通过鉴定曼地亚红豆杉Taxus×media中病程相关基因非表达子1(non-expressor of pathogenesis-related genes1,NPR1)家族基因,分析并比较其蛋白结构以及基因表达等差异,为利用NPR1基因提高红豆杉紫杉醇含量奠定理论基础。方法 利用本地化blast对曼地亚红豆杉NPR1基因进行鉴定,通过CD-search、MEGA X、DNAMAN以及MEME在线网站等生物信息学技术进行保守结构域、进化树构建、多序列比对以及基序分析,利用blast比对转录组数据,预测所获得的NPR1基因在不同组织以及激素和低温处理后的表达模式。结果 在曼地亚红豆杉中共鉴定出3个NPR1家族基因,命名为TmNPR1～TmNPR3。研究发现,3个NPR1家族成员均含有BTB＿POZ保守结构域,并分成2个亚家族。TmNPR1/2与AtNPR3/4聚在一起,TmNPR3与AtNPR5/6亲缘关系较近。Tm NPR1/2与AtNPR3/4相似,均含有EAR基序（VDLNETP）。表达模式分析发现3个NPR1基因在不同组织中的表达有所差异,TmNPR1/2在针叶组织中的表达水...     

南方红豆杉转录组SSR位点分析及其分子标记开发

目的 基于赤霉素（gibberellin A₃,GA₃）处理下的南方红豆杉Taxus chinensis var. mairei转录组数据鉴定和分析SSR位点,开发可用于南方红豆杉种质资源鉴定和遗传多样性分析的SSR标记。方法 使用MISA软件对南方红豆杉转录组数据进行SSR分析,搜索SSR位点。可搜索单核苷酸、二核苷酸、三核苷酸、四核苷酸、五核苷酸和六核苷酸,最小重复数分别设置为10、6、5、5、5、5次。采用Primer 3（2.3.5版,默认参数）进行SSR引物设计。通过毛细管荧光电泳检测,最终选定多态性好,扩增成功率高的SSR引物用于后续数据分析;通过MEGA进行UPGMA聚类分析,构建聚类树。结果 转录组测序共获得202 361条Unigene,采用MISA软件搜索出12 008个SSR位点,分布在10 894条Unigenes上,发生频率为5.38%,平均距离为1/7.64 kb。单核苷酸重复类型最丰富,占总SSR位点的51.74%,其次为三核苷酸（20.92%）和二核苷酸重复类型（20.88%）。A/T、AG/CT是优势重复基序,分别占总SSR重复类型的49.60%和10.93%。随机抽选96对SSR引物,以4个地区12份南方红豆杉种质进行引物有效性和多态性验证,筛选出13对具多态性的SSR引物,多态性引物比率为13.54%。13对引物在东北红豆杉Taxus cuspidata扩增效率高达100%,但在曼地亚红豆杉Taxus × media扩增效率仅为23.08%。聚类分析表明太行山地区南方红豆杉聚为一类,浙江、福建和湖南等南方来源的南方红豆杉聚为一类,后三者彼此之间遗传距离更近。结论 南方红豆杉转录组测序产生的Unigene信息可以用来开发SSR分子标记,开发的13个标记将有助于南方红豆杉物种遗传多样性、分子育种、资源保护等方面的研究。