三种统计分析方法在基因表达谱数据中的比较研究

目的比较SCAD-支持向量机、支持向量机和弹性网三种方法对基因表达谱数据的变量筛选和预测判别能力。方法根据设置的参数生成不同条件的基因表达谱模拟数据和实际数据,利用FDR、一致性错误率和ROC曲线下面积(AUC值)从三个方面评价三种方法的变量筛选和预测判别能力。结果模拟实验显示在差异变量数不变的情况下,随着差异变量间相关系数的增加,三种方法建立模型的变量筛选和预测判别能力均提高;当差异变量间相关系数不变时,随着差异变量数目的增加,SCAD-支持向量机和弹性网方法的变量筛选和预测判别能力均呈下降趋势,而支持向量机呈现提高趋势。结论 SCAD-支持向量机不仅改善了支持向量机不能直接进行变量筛选的不足同时提高了模型的精度以及判别的准确性。综合来看SCAD-支持向量机的变量筛选和预测判别能力更优,处理变量间有高度相关性的基因表达谱数据时可以获得更高的预测精度和更稳定的模型估计。     

随机森林的并行运算方法及适用条件

目的探讨随机森林并行运算的实现方法及其适用条件,为基因组学数据分析提供科学参考.方法 基于R foreach包编写随机森林并行运算程序,并利用SNPs模拟数据探究其表现.结果 在SNPs位点数量为100,500,1000时,随工作站所占用CPU数量的增多,随机森林并行运算方法的提速效果呈非线性趋势,且位点数量相同但ntree数量不同时速度的提升效果亦不相同;当SNPs位点数量达到5000时,该方法提速效果较差,10核环境下ntree为500和1000时几乎无提速效果,即使ntree达到5000或10000时提速效果也不超过2倍.结论 基于R foreach包的随机森林并行运算方法在SNPs位点数量不是很多(如<1000)的情况下其提速效果尚可;但由于共享内存等产生的通信开销的问题的存在,当SNPs位点数较多(超过5000)时,该方法提速效果很差,此时可考虑选择其他分析工具如随机丛林(RJ,Random Jungle ).     

三种SNPs数据仿真方法的效能比较

目的 比较HAPGEN2、gs 2.0和GWAsimulator2三种方法在仿真单核苷酸多态性(SNPs)数据时的效能差异,为以后使用SNPs数据仿真方法提供指导。 方法 以真实人群SNPs数据作为原始数据,利用三种方法分别生成仿真数据,通过连锁不平衡模式和最小等位基因频率评价仿真效能,并通过χ²差异位点评价致病位点的设置效能。 结果 HAPGEN2仿真连锁不平衡模式的能力优于gs 2.0和GWAsimulator2,gs 2.0和GWAsimulator2仿真最小等位基因频率的能力近似且均优于HAPGEN2,三种方法均能良好的设置单致病位点。 结论 三种SNPs数据仿真方法均有优劣,用户可根据实际需求选择合适的仿真方法。     

培元解毒通络汤治疗原发性肝癌经肝动脉化疗栓塞术术后综合征临床研究

目的 观察培元解毒通络汤治疗原发性肝癌经肝动脉化疗栓塞术(TACE)术后综合征的临床疗效。方法 将92例原发性肝癌TACE术后综合征患者采用随机数字表法等分抽取分为2组，对照组46例予以西医常规对症治疗，治疗组46例在对照组治疗基础上加培元解毒通络汤，2组均治疗7天后统计疗效。比较2组治疗后发热、恶心呕吐、肝区疼痛阳性率，治疗前后Kamofsky功能状态(KPS)评分及肝功能指标丙氨酸氨基转移酶(ALT)、天冬氨酸氨基转移酶(AST)、总胆红素(TBiL)、γ-谷氨酰转移酶(GGT)水平。结果 治疗组治疗后临床症状阳性率为4.35%(2/46),低于对照组的17.39%(8/46)(P<0.05)。治疗后，2组KPS评分均较本组治疗前升高(P<0.05),且治疗组高于对照组(P<0.05)。治疗后，2组肝功能指标AST、ALT、TBiL及GGT水平均较本组治疗前降低(P<0.05),且治疗组均低于对照组(P<0.05)。治疗组总有效率95.65%(44/46),高于对照组的78.26%(36/46)(P<0.05)。结论 培元解毒通络汤治疗原发性肝癌...     

自拟培元解毒通络汤治疗原发性肝癌TACE术后栓塞综合征的效果及对炎性细胞因子的影响

目的 探讨原发性肝癌肝动脉化疗栓塞术(TACE)术后栓塞综合征应用自拟培元解毒通络汤后在炎性细胞因子、临床效果中的价值。方法 选取2019年9月至2021年10月收治的原发性肝癌TACE术后栓塞综合征患者92例，随机数字表法分为对照组和研究组，每组46例，采用常规治疗方案治疗者(n=46)为对照组，自拟培元解毒通络汤和常规治疗方案联用者(n=46)为研究组，分析2组治疗情况。结果 2组治疗前主要症状变化积分差异无统计学意义(P>0.05);研究组治疗后的主要症状变化积分小于对照组(P<0.05)。2组治疗前炎性细胞因子水平差异无统计学意义(P>0.05);研究组治疗后的炎性细胞因子水平小于对照组(P<0.05)。2组治疗前免疫功能水平无显著差异(P>0.05);研究组治疗后的免疫功能水平高于对照组(P<0.05)。研究组的疗效略高于对照组，但差异无统计学意义(P>0.05)。结论 原发性肝癌TACE术后栓塞综合征的临床治疗方案中，自拟培元解毒通络汤的应用，可对患者临床症状改善，调整患者炎性细胞、免疫功能水平变化，促进患者临床中医疗效提升，具有一...     

培元解毒通络汤对原发性肝癌经肝动脉化疗栓塞术术后综合征患者肝功能指标及甲胎蛋白水平的影响

目的 观察培元解毒通络汤对原发性肝癌经肝动脉化疗栓塞术(TACE)术后综合征患者肝功能指标及甲胎蛋白(AFP)水平的影响。方法 将92例原发性肝癌TACE术后综合征患者按照随机数字表法分为2组，对照组46例予西医常规治疗，治疗组46例在对照组基础上加用培元解毒通络汤治疗。2组均治疗2周，比较2组治疗后发热、恶心呕吐、便秘、肝区疼痛症状消失时间情况，比较2组治疗前后肝功能指标丙氨酸氨基转移酶(ALT)、天冬氨酸氨基转移酶(AST)、总胆红素(TBiL)及γ-谷氨酰转移酶(GGT)水平变化情况，比较2组治疗前及治疗1、2周血清肿瘤标记物AFP水平变化情况。结果 2组治疗后发热、恶心呕吐、便秘、肝区疼痛症状消失时间组间比较差异均有统计学意义(P<0.05),治疗组治疗后发热、恶心呕吐、便秘、肝区疼痛症状消失时间均短于对照组。与本组治疗前比较，2组治疗后肝功能指标ALT、AST、TBiL及GGT水平均降低(P<0.05),且治疗组治疗后ALT、AST、TBiL及GGT水平均低于对照组(P<0.05)。与本组治疗前比较，2组治疗1、2周血清AFP水平均降低(P<0.05)...