人参TCP转录因子家族生物信息学分析与功能预测

人参Panax ginseng长寿机制与其极强的分生能力相关.该文利用生物信息学的方法,在全基因组范围内鉴定人参TCP基因家族成员,分析其序列特征,并利用实时荧光定量PCR分析了含有分生组织表达相关元件的TCP基因在人参主根、须根、茎、根茎、叶中的相对表达量,为进一步探究人参组织分生表达特异性、解释人参长寿机制奠定基础...     

盐胁迫蜜环菌Real-time PCR内参microRNA的筛选

目的:在利用实时荧光定量聚合酶链式反应(Real-time PCR)进行microRNA(miRNA)表达分析的过程中,选择合适的内参miRNA对数据标准化起到重要作用。方法:该文挑选了13个蜜环菌候选miRNA对其前体进行生物信息分析,PMRD预测其前体相似序列,并用RNAfold对候选miRNA前体及其相似序列进行二级结构预测。利用Real-time PCR检测在受盐胁迫前后两种基因型蜜环菌(基因型A,基因型B)miRNA的表达量,并结合geNorm,NormFinder,BestKeeper软件分析其表达稳定性,筛选合适的内参。结果:对候选miRNA的9条前体进行二级结构预测以及特征分析,证明预测的miRNA属于miR家族具有典型的茎-环结构且成熟的miRNA位于其前体的5'或是3'端;geNorm分析表明,基因型A蜜环菌可选择Novel-4*,Novel-9作为内参组合,基因型B可选择Novel-9,Novel-16作为内参组合;NormFinder分析结果显示,Novel-9在基因型A蜜环菌和基因型B蜜环菌中都有较好的稳定性;BestKeeper分析显示Novel-12*在基因型A蜜环菌中稳定性较好,Novel-2*在基因型B蜜环菌中稳定性较好。结论:稳定性最优的内参miRNA为Novel-9,为进一步开展蜜环菌miRNA调控机制研究奠定了基础。