乙肝病毒核心蛋白序列特征的生物信息学分析北大核心CSCD

目的乙型肝炎病毒C基因编码的核心(HBc)蛋白抗原性强,也与持续性病毒感染有关。采用生物信息学方法分析HBc蛋白的结构和序列特征,有助于HBc蛋白的优化表达和纯化,并为乙肝患者的治疗以及疫苗的研制提供参考。方法乙肝病毒HBc序列的获取来源于NCBI网站GenBank数据库。运用Prot-Param和ProtScale工具在线预测乙肝病毒HBc的理化性质及其亲疏水性;通过在线软件SignalP 4.0Server和TMHMM分别分析该序列的信号肽特征,跨膜区域及磷酸化位点;利用SOPMA和SWISS-MODEL全自动在线软件预测其二级结构和三级结构模型;利用IEDB Analysis Resource,ABCpred和SYFPEITHI HLA-A;02:01预测该蛋白抗原表位,利用Venny2.1.0工具筛选该蛋白最佳表位形成位置等。结果HBc蛋白由212个氨基酸组成,分子式为C_(1086)H_(1710)N_(314)O_(300)S_(12),分子质量单位为24.35017ku,理论等电点为9.49。为不稳定亲水性蛋白质。该蛋白质具有信号肽,没有跨膜区域,具有40个潜在的磷酸化位点。预测其主要二级结构为α螺旋和无规卷曲,含量分别36.32%和41.04%。结合HBc蛋白序列的T、B细胞表面抗原、表面可及性、β转角、线性表位的预测结果,发现HBc蛋白具有T、B细胞抗原表位,并且存在4个潜在的优势抗原决定簇区域,分别为37-38、110、158-164、180-208位氨基酸。结论生物信息学方法预测HBc蛋白存在潜在的抗原表位区域,具有多个磷酸化位点。这有利于疫苗的研发与制备。     

弓形虫急性感染小鼠肺组织的转录组分析

目的 本研究旨在了解弓形虫感染小鼠肺组织转录组的变化.方法 取感染和未感染弓形虫的小鼠肺组织提取总RNA并制备cDNA文库,采用BGISEQ-500测序平台对文库进行高通量转录组测序.从测序结果中筛选差异表达基因(differentially expressed genes,DEGs),并随机筛选 10个差异表达基因利...     

病原生物学教学在成人教育的改革尝试

教师在教学过程中通过调整教学内容,改变教学方式,正确处理好能力培养与传授知识之间的关系,使学生的学习兴趣和效率以及知识综合应用能力明显提高.改革后的病原生物学教学更符合培养高素质实用性医学人才的需要.     

细粒棘球绦虫水通道蛋白9的多肽特征及免疫定位研究

目的 研制细粒棘球绦虫水通道蛋白9 (EgAQP9)的特异性多肽抗体,并用于检测其在棘球蚴囊壁、生发细胞及原头蚴中的组织分布情况。 方法 根据EgAQP9特异氨基酸序列设计合成B细胞抗原多肽,再用合成的多肽偶联KLH作为免疫原注射免疫新西兰兔以制备多克隆抗体。酶联免疫吸附试验(ELISA)方法检测多肽抗体滴度,蛋白免疫印迹法(Western blot)测定多肽抗体免疫活性,免疫荧光实验分析EgAQP9的亚细胞定位,免疫组化实验分析EgAQP9组织定位。 结果 免疫新西兰兔成功制备出多肽抗体;间接ELISA检测其多肽抗体效价高达1∶256 000;Western blot结果显示多肽抗体能够特异识别细粒棘球绦虫中36 kDa处的条带,与EgAQP9预测的相对分子量大小相符;免疫荧光实验结果显示EgAQP9分布于棘球蚴生发细胞的胞质、胞膜中;免疫组化实验显示该蛋白主要分布在原头蚴表面及棘球蚴囊泡生发层。结论 本研究以制备的EgAQP9兔源多克隆抗体定位了AQP9在棘球蚴生发细胞、原头蚴及棘球蚴囊壁中的分布状况。     

金诺芬通过促进自噬对弓形虫增殖的影响

目的：金诺芬对弓形虫速殖子的作用及对弓形虫感染小鼠的自噬初步探讨。方法：透射电子显微镜观察用药前后刚地弓形虫超微结构的变化;采用免疫荧光、免疫组化和免疫印迹法检测感染有弓形虫的脑组织中自噬蛋白LC3的变化。HE染色观察金诺芬作用前后小鼠脑部的弓形虫速殖子变化。结果：透射电镜显示10 ?滋g/mL组（B组）的弓形虫速殖子内部结构被破坏,虫体细胞膜破裂,细胞质均质样改变,20 ?滋g/mL组（C组）的虫体内容物溢出,线粒体及粗面内质网消失,核固缩,核膜断裂,细胞质出现许多空泡,严重者虫体崩解呈均质样改变。免疫荧光结果显示实验组（77.49±15.68）的LC3蛋白的表达量较对照组（53.81±15.24）明显增加（P=0.001）。免疫组化结果显示用药后（1 208.55±580.07）的LC3蛋白表达量比对照组（544.54±225.04）明显增高（P=0.000）。免疫印迹法检测结果显示用药后（41 738.52±0.00）的LC3蛋白表达量比对照组（25 383.88±607.34）明显增高（P=0.000）。用药后（218.80±21.17）寄生在小鼠脑部的弓形虫速殖子增殖数量明显少于对照组（495.40±31.91）（P=0.000）。结论：金诺芬在体外有破坏弓形虫速殖子的作用,同时金诺芬可以提高弓形虫感染小鼠的自噬水平从而抑制弓形虫增殖。     

肺孢子菌肺炎的致病因子纤维连接蛋白作为蛇毒胶原蛋白酶作用位点的预测

目的 分析和预测纤维连接蛋白与胶原蛋白具有功能相似性,从而预测蛇毒胶原蛋白酶可以水解破坏纤维连接蛋白。方法 利用NCBI,BLAST,ProtParam,ExPAsy,BioEdit,TMHMM,Signalp3.0,COILS,SWISS-MODEL等生物信息学软件对纤维连接蛋白的序列,理化性质,疏水性,跨膜区,空间结构等进行分析和预测。结果 纤维连接蛋白与胶原蛋白具有功能相似性,两者有共同的保守结构域。构成纤维连接蛋白的氨基酸中苏氨酸所占比例最高,而甲硫氨酸所含比例最低。纤维连接蛋白在0-50位氨基酸之间有一个疏水区,在2200-2300位氨基酸之间有一个亲水区。通过信号肽软件分析,预测纤维连接蛋白为分泌蛋白,存在信号肽,可能在跨膜运输中起信号识别作用,其分泌通路为s型。纤维连接蛋白的第231-270位氨基酸之间是个高度保守的结构功能域。结论 纤维连接蛋白和胶原蛋白的结构功能具有相似性,可以预测蛇毒胶原蛋白酶能够水解破坏纤维连接蛋白。