随机森林滑动窗法探查类风湿疾病单核苷酸多态性及在上位显性交互研究中的应用

背景:类风湿性关节炎是一种复杂的多基因遗传疾病.很多传统的遗传学方法难以分析高通量的类风湿病数据,从而挖掘出与疾病相关的遗传标记.目的:采用数据挖掘方法,提取与类风湿病关联的新的致病"靶点".方法:采用随机森林滑动窗方法探查类风湿疾病的单核苷酸多态性,先将全部单核苷酸多态性按照它们的基尼指数进行排序.然后通过滑动窗,每增加1个单核苷酸多态性,就将这些单核苷酸多态性作为分类变量计算袋外样本的分类错误率,将分类错误率达到最低时的单核苷酸多态性作为特征单核苷酸多态性.还采用多态性互作算法研究了特征单核苷酸多态性的上位显性交互及三向交互.结果与结论:结果发现由该方法识别的特征单核苷酸多态性有不少都得到了文献的验证,证实和疾病有关.同时,特征单核苷酸多态性的交互作用分析为疾病的研究提供了理论依据.     

随机森林滑动窗法探查类风湿疾病单核苷酸多态性及在上位显性交互研究中的应用

背景：类风湿性关节炎是一种复杂的多基因遗传疾病。很多传统的遗传学方法难以分析高通量的类风湿病数据,从而挖掘出与疾病相关的遗传标记。 目的：采用数据挖掘方法,提取与类风湿病关联的新的致病“靶点”。 方法：采用随机森林滑动窗方法探查类风湿疾病的单核苷酸多态性,先将全部单核苷酸多态性按照它们的基尼指数进行排序。然后通过滑动窗,每增加1个单核苷酸多态性,就将这些单核苷酸多态性作为分类变量计算袋外样本的分类错误率,将分类错误率达到最低时的单核苷酸多态性作为特征单核苷酸多态性。还采用多态性互作算法研究了特征单核苷酸多态性的上位显性交互及三向交互。 结果与结论：结果发现由该方法识别的特征单核苷酸多态性有不少都得到了文献的验证,证实和疾病有关。同时,特征单核苷酸多态性的交互作用分析为疾病的研究提供了理论依据。     

结合功能预测值与Variable Threshold检验法研究非同义SNP

背景：目前,随着全基因组关联分析的开展,成千上万的SNP基因型测序已经使遗传流行病学的研究进入一个新的阶段。通常,识别疾病相关的遗传位点依赖于DNA序列的单个碱基改变,而其中的一些改变可能影响蛋白质的结构和功能。因此出现在编码区域并导致氨基酸替代或插入的非同义SNP由于改变了氨基酸序列,更倾向于影响与复杂疾病易感性相关的蛋白质功能。 目的：结合非同义SNP的功能预测分数和Variable Threshold (VT)检验提高复杂疾病易感基因识别的准确率。 方法：文中首先对非同义SNP,计算它们的SIFT分数值和Polyphen-2分数值。然后筛选了35个疾病基因,对这些基因采用加权的VT检验进行分析,并与传统的关联分析进行了比较。 结果与结论：结果显示结合了SNP功能预测分数的VT检验,检验效能要高于传统的关联分析,提高了风险基因识别的准确率。     

随机森林滑动窗法探查类风湿疾病单核苷酸多态性及在上位显性交互研究中的应用

背景：类风湿性关节炎是一种复杂的多基因遗传疾病。很多传统的遗传学方法难以分析高通量的类风湿病数据，从而挖掘出与疾病相关的遗传标记。 目的：采用数据挖掘方法，提取与类风湿病关联的新的致病“靶点”。 方法：采用随机森林滑动窗方法探查类风湿疾病的单核苷酸多态性，先将全部单核苷酸多态性按照它们的基尼指数进行排序。然后通过滑动窗，每增加1个单核苷酸多态性，就将这些单核苷酸多态性作为分类变量计算袋外样本的分类错误率，将分类错误率达到最低时的单核苷酸多态性作为特征单核苷酸多态性。还采用多态性互作算法研究了特征单核苷酸多态性的上位显性交互及三向交互。 结果与结论：结果发现由该方法识别的特征单核苷酸多态性有不少都得到了文献的验证，证实和疾病有关。同时，特征单核苷酸多态性的交互作用分析为疾病的研究提供了理论依据。     

重组毕赤酵母胸腺肽α1-人血清白蛋白基因工程菌高密度发酵及分离纯化

目的研究重组毕赤酵母胸腺肽α1-人血清白蛋白(Tα1-HSA)基因工程菌在30 L发酵罐中高密度发酵表达Tα1-HSA融合蛋白的发酵工艺及产物的分离纯化方法。方法采用两步发酵法进行重组毕赤酵母Tα1-HSA基因工程菌的高密度发酵。发酵液经超滤浓缩,阴离子交换色谱,亲和色谱,凝胶过滤色谱等步骤进行分离纯化。结果发酵结束后,菌体细胞湿重达到350 g/L,发酵液中蛋白产量达到2.0 g/L。发酵液经分离纯化后获得了纯度较高的重组Tα1-HSA融合蛋白,HPLC分析纯度达97.5%。结论重组毕赤酵母Tα1-HSA基因工程菌高密度发酵的成功及分离纯化方法的建立为Tα1-HSA的进一步研究和开发奠定了基础。     

链脲菌素制备2型糖尿病大鼠模型的研究

目的优化建立操作简便、条件稳定、成模率高、造模周期短、具有胰岛素抵抗的2型糖尿病模型。方法 6周龄大鼠以高糖高脂饲料喂养4周后,禁水禁食18 h,一次性腹腔注射1%链脲菌素(STZ)溶液35mg·kg-1,注射后继续禁水禁食1 h;对照组腹腔注射相同剂量柠檬酸-柠檬酸钠缓冲液。结果 STZ注射后14 d空腹血糖值稳定,口服葡萄糖耐量实验符合糖尿病标准,空腹胰岛素水平接近对照组,成模率93%,模型死亡率0%。结论成功制备了2型糖尿病模型,优化了2型糖尿病造模过程及提高了成模率。     

重组人血清白蛋白-胸腺肽融合蛋白的分子设计及活性测定

应用蛋白质工程原理对胸腺肽与人血清白蛋白进行不同方式融合的分子设计,应用Insight II软件包中的Hiopolylnet和Discover模块同源模建了胸腺肽Tα1、TP与人血清白蛋白融合前后的空间结构.并依据同源模建所得结果指导构建不同的重组融合蛋白毕赤酵母工程菌,表达的融合蛋白经分离纯化后进行生物活性分析,验证融合蛋白同源模建的结果.     

随机森林滑动窗法探查类风湿疾病单核苷酸多态性及在上位显性交互研究中的应用

背景：类风湿性关节炎是一种复杂的多基因遗传疾病。很多传统的遗传学方法难以分析高通量的类风湿病数据,从而挖掘出与疾病相关的遗传标记。目的：采用数据挖掘方法,提取与类风湿病关联的新的致病＂靶点＂。方法：采用随机森林滑动窗方法探查类风湿疾病的单核苷酸多态性,先将全部单核苷酸多态性按照它们的基尼指数进行排序。然后通过滑动窗,每增加1个单核苷酸多态性,就将这些单核苷酸多态性作为分类变量计算袋外样本的分类错误率,将分类错误率达到最低时的单核苷酸多态性作为特征单核苷酸多态性。还采用多态性互作算法研究了特征单核苷酸多态性的上位显性交互及三向交互。结果与结论：结果发现由该方法识别的特征单核苷酸多态性有不少都得到了文献的验证,证实和疾病有关。同时,特征单核苷酸多态性的交互作用分析为疾病的研究提供了理论依据。     

结合功能预测值与Variable Threshold检验法研究非同义SNP

背景:目前,随着全基因组关联分析的开展,成千上万的SNP基因型测序已经使遗传流行病学的研究进入一个新的阶段。通常,识别疾病相关的遗传位点依赖于DNA序列的单个碱基改变,而其中的一些改变可能影响蛋白质的结构和功能。因此出现在编码区域并导致氨基酸替代或插入的非同义SNP由于改变了氨基酸序列,更倾向于影响与复杂疾病易感性相关的蛋白质功能。目的:结合非同义SNP的功能预测分数和Variable Threshold(VT)检验提高复杂疾病易感基因识别的准确率。方法:文中首先对非同义SNP,计算它们的SIFT分数值和Polyphen-2分数值。然后筛选了35个疾病基因,对这些基因采用加权的VT检验进行分析,并与传统的关联分析进行了比较。结果与结论:结果显示结合了SNP功能预测分数的VT检验,检验效能要高于传统的关联分析,提高了风险基因识别的准确率。