人参皂苷Rg3立体异构体差异抑制糖尿病调控基因蛋白-PXR机制的分子动力学研究

目的：为进一步了解Rg3对映体的立体化学选择性,对PXR配体结合结构域（PXR ligand-binding domain,PXR-LBD）中20（R/S）-Rg3的结合模式进行建模。方法：使用计算对接,分子动力学（molecular dynamics,MD）和基本动力学分析（essential dynamics analysis,EDA）等技术手段进行建模。结果：PXR中20（S）-Rg3的MM / PB-SA估计结合能大于20（R）-Rg3。两种配合物的RMSFs表明,20（S）-Rg3结合的LBD的迁移率比20（R）型对映体的迁移率降低得多。EDA预测和两个复合物的叠加三维结构都表明20（S）-Rg3在PXR中的结合比20（R）-Rg3更可能与生物学结果一致。结论：以上结果表明,基于目前的模拟结果,PXR中20（S）-Rg3的结合模式比20（R）-Rg3更有可能与生物实验结果吻合。