基于网络药理学及分子对接技术探讨小白菊内酯治疗肺癌的分子机制

目的 基于网络药理学和分子对接技术探究小白菊内酯治疗肺癌的分子机制。方法 从Swiss Target Prediction、SuperPred和HERB数据库筛选小白菊内酯的作用靶基因。通过GeneCards、OMIM、PharmGkb、TTD、DrugBank和DisGeNET数据库收集肺癌的疾病靶基因。使用Cytoscape软件构建“药物–靶基因–疾病”网络,利用STRING数据库构建蛋白互作网络（PPI）;通过Bioconductor平台进行基因本体（GO）功能和京都基因与基因组百科全书（KEGG）富集分析,利用分子对接技术确定小白菊内酯与核心靶基因结合作用。结果 小白菊内酯靶基因共88个,肺癌相关基因8 814个,取交集得到小白菊内酯–肺癌共同靶基因68个。在PPI网络中,组蛋白去乙酰化酶2(HDAC2)、细胞色素P450(CYP)2D6、CYP3A4、CYP2A6、前列腺素内过氧化物酶2(PTGS2)、Toll样受体4(TLR4)、溴结构域包含蛋白（BRD）2、BRD4、单胺氧化酶A(MAOA)、无嘌呤/无嘧啶核酸内切酶-1(APEX1)是小白菊内酯作用于肺癌的10个核心基因...     

基于网络药理学与GEO差异基因芯片数据分析小白菊内酯治疗宫颈癌的分子机制

目的 利用网络药理学结合GEO基因芯片分析的方法以及细胞实验研究小白菊内酯治疗宫颈癌的分子机制。方法首先利用GEO数据库获取宫颈癌芯片数据,再通过R软件获得其差异基因,同时绘制火山图。利用Swiss Target Prediction、SuperPred和HERB数据库收集小白菊内酯的作用靶点。通过GEO差异基因、Malacards、PharmGkb、CTD、DrugBank和DisGeNET数据库收集宫颈癌的疾病靶基因,利用Cytoscape 3.7.2软件制作药物–活性成分–靶点–疾病网络图,通过String数据库和Cytoscape3.7.2软件对交集基因进行蛋白相互作用（PPI）网络富集分析。利用R语言的clusterfiler程序包对小白菊内酯治疗宫颈癌的潜在作用靶标进行基因本体（GO）富集分析和京都基因与基因组百科全书（KEGG）信号通路富集分析。最后,通过人宫颈癌He La细胞模型验证小白菊内酯的作用机制。结果 获取88个小白菊内酯靶基因,8 167个宫颈癌的疾病靶点,26个差异基因,3个在宫颈癌中表达上调,23个在宫颈癌中表达下调。PPI网络以及拓扑分析结果显示,Tol...     

2010-2014年度国家自然科学基金“医学病原与感染”领域项目申请与资助情况及分析

“医学病原与感染”学科是基础医学和临床医学的重要组成部分,研究领域涉及微生物学、寄生虫学、感染病学、免疫学、生物化学与分子生物学、病理学、药理学、生物信息学、流行病学等诸多学科。随着自然环境的不断变化、社会经济活动的日趋活跃、全球性人员与物资交流的越来越多,人类病原体的传播与扩散日趋快速而广泛,可感染人类的新病原不断被发现;同时,由于病原体自身不断变异与进化,老的病原引发的疾病也给人类带来越来越多的挑战;另外,共享宿主的不同病原体（尤其是病毒）基因重组事件的不断发生,也不时会有新的病原产生,造成严重的公共卫生事件;还有,一些原来认为不属于感染性的疾病如消化道溃疡、T细胞白血病等,随着技术进步被发现与病原微生物感染有关。近30年来,全球约出现新发传染病40多种,包括严重急性呼吸系统综合征（ SARS ）、禽流感等;2014年4月起始于西非的埃博拉疫情,截止2014年10月底,已发现超万例感染,当地死亡率达50％。可以预见的是,随着全球气候变化和现行经济模式下的经济社会不断前行,新老感染性疾病甚至是烈性传染病的暴发流行会越来越频繁,对人类健康和社会安全的威胁越来越大,应该引起广大科学家和各级政府的充分重视。