GEO芯片联合网络药理学探究六味地黄丸治疗系统性红斑狼疮作用机制及核心靶点分析

目的 运用网络药理学及生物信息学探究六味地黄丸治疗系统性红斑狼疮（SLE）的作用机制,并对核心靶点基因进行深入分析。方法 利用TCMSP、SwissTargetPrediction、本草组鉴（HERB）数据库检索六味地黄丸的主要活性成分及其相关靶点,通过R软件limma包对GEO数据库SLE数据集GSE49454进行差异分析。利用R软件VennDiagram包进行交集靶点分析,clusterProfiler包对交集靶点基因进行GO和KEGG通路富集分析。采用Cytoscape3.8.2软件进行活性成分-靶点-通路网络构建与分析。通过STRING平台构建蛋白相互作用网络并利用Cytoscape3.8.2软件筛选核心靶点基因。利用PyMOL软件对核心活性成分与核心靶点基因进行分子对接验证;通过临床数据与TRRUST数据库进行表达量、转录因子与免疫浸润分析。结果 共筛选出有效活性成分69个,相关靶点813个,基因芯片差异基因703个。KEGG通路富集分析显示,主要涉及NOD样受体等信号通路。筛选出5个核心成分（槲皮素、山柰酚、海风藤酮、玉兰脂素B、羟基芫花素）及5个核心靶点基因（TLR4、C...     

基于WGCNA联合网络药理学探究防己地黄汤治疗类风湿关节炎的作用机制

目的 利用网络药理学和加权基因共表达网络分析（WGCNA）方法探讨防己地黄汤治疗类风湿关节炎的分子机制。方法 利用TCMSP、SwissTargetPrediction、HERB数据平台及相关文献检索防己地黄汤的主要活性成分及其相关靶点,通过R软件limma包对GEO平台类风湿关节炎数据集GSE110169进行差异分析。基于WGCNA筛选与疾病相关的基因模块。利用R软件VennDiagram包进行交集靶点分析。通过Cytoscape的cytoHubba插件筛选核心靶点基因。采用Cytoscape软件进行“药物–活性成分–靶点–疾病”网络构建与分析。clusterProfiler包对交集靶点基因进行基因本体论（GO）功能富集分析和京都基因与基因组百科全书（KEGG）通路富集分析。通过PyMOL软件对核心活性成分与核心靶点基因进行分子对接验证;并运用CIBERSOTR进行核心靶点基因的免疫浸润分析。结果 共筛选出有效活性成分129个,相关靶点1 280个,基因芯片差异基因2 091个;筛选出3个与疾病相关的基因模块;获得药物与疾病共同靶点139个;KEGG通路分析显示,主要富集在T细胞受体...     

基于网络药理学联合加权基因共表达网络分析探究雷公藤治疗系统性红斑狼疮的免疫作用机制

目的 运用网络药理学联合加权基因共表达网络分析（WGCNA）探究雷公藤治疗系统性红斑狼疮（systemic lupus erythematosus,SLE）的潜在作用机制。方法 利用TCMSP数据库检索雷公藤的主要活性成分,并挖掘活性成分相关靶点,通过GEO平台下载SLE相关基因芯片GSE65391,使用R软件limma包进行差异分析,并运用WGCNA筛选出的模块基因作为疾病靶点基因。R软件Venn Diagram包进行交集分析并可视化。利用ADEx平台对交集靶点基因的表达情况进行Meta分析。采用R软件clusterProfiler包对交集靶点基因进行基因本体论（GO）功能富集和京都基因与基因组百科全书（KEGG）信号通路富集分析。采用Cytoscape软件进行“药物–活性成分–共同靶点”网络的构建与分析。将交集靶点基因上传至STRING数据库,把结果数据导入至Cytoscape软件构建蛋白相互作用（PPI）网络并筛选核心靶点基因。表达量分析、PPI分析、诊断效能分析被用于展示核心靶点基因的作用与临床价值。采用PyMOL软件对核心活性成分与核心靶点基因进行分子对接验证。利用R软件并通...