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目的 建立一种适用于低起始量血浆样本的高通量(96样本/批次)、自动化miRNA文库构建方法,并系统评估该方法的可靠性与跨批次一致性。方法 基于PerkinElmer公司的NEXTFLEX? small RNA-seq试剂盒和Sciclone? NGSx液体工作站,建立自动化miRNA文库构建方法。制备3类血浆参考物质(分别来自健康男性、健康女性和糖尿病患者)模拟临床血浆样本,并使用自动化建库方法进行4个批次文库构建实验。从miRNA检出种类、绝对定量、不同样本间相对定量及差异表达分析等层面评估方法性能及跨批次一致性。结果 miRNA检出种类一致性:批次内和批次间并交比(Jaccard index)分别为0.61和0.62;miRNA表达水平绝对定量一致性:批次内和批次间Pearson相关系数平均值均为0.96;两个不同样本间相对定量水平在不同批次间的相关系数平均值为0.74,且超过60%的差异表达miRNA可在多个批次中检出。结论 本研究建立了一种高通量自动化血浆miRNA文库构建方法,具有良好的批次内性能和跨批次一致性,可用于大型队列血浆miRNA文库构建实验。 相似文献
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以组蛋白去乙酰化酶为靶标的抗癌药物研发进展 总被引:5,自引:0,他引:5
基因表达的精确控制是细胞增殖分化和器官正常生长和发育的基础。基因转录和激活程序依赖于组蛋白乙酰化酶(histone acetylase,HAT)和组蛋白去乙酰化酶(histone deacetylase,HDAC)的协同作用。当HDAC过度表达并被转录因子募集,就会导致特定基因的不正常抑制,从而导致癌症及其他疾病。目前以HDAC作为抗癌靶点的研究方兴未艾,现综述HDAC类似蛋白(HDLP)的晶体结构和当前存在的HDAC抑制剂的作用机制、结构种类、研发状况和构效关系,以及新的HDAC抑制剂CS055的研发策略。 相似文献
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现代药物创新过程中产生大量实验数据,如基因序列信息、化学结构数据、生物活性指纹数据、基于基因或蛋白质等的微阵列(microarray)表达谱数据等.这些数据来源不同,类型不一,数量庞大,如何从中获取对药物研发人员有指导价值的信息是当前生物信息学和化学信息学工作者面临的难题之一.虽然生物学信息和化学信息有各自不同的特点,但它们之间可能存在某些相关性,只有将两类数据综合分析,才有可能发掘更多有价值的信息.生化信息学研究的是生物信息学与化学信息学的整合.本文讨论药物创新过程中如何整合并分析生物学数据和化学数据,为药物创新研究提供全面的信息学支持. 相似文献
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导读:针对含马兜铃酸中药的致癌风险,本刊协同上海交通大学医学院邀请不同专业领域的学者发表各自的学术观点,并进行了文献标引。鉴于对马兜铃酸致癌性的关注度较高,上海交通大学医学院同时整理了2018年8月召开专题讨论会上,围绕生物信息学分析、含马兜铃酸中药的物质基础研究和监管、马兜铃酸致癌毒性机制研究以及临床不良反应监测4个议题的发言。在此刊出,以期为含马兜铃酸中药的风险防控提供新的思路与模式。 相似文献
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