膀胱癌免疫细胞浸润模式及其与预后的相关性

目的研究膀胱癌中免疫细胞的浸润模式, 并探讨免疫细胞浸润与膀胱癌预后的关系。方法从GEO数据库中下载膀胱癌的相关基因芯片数据GSE13507及相关临床数据, 通过CIBERSORT软件利用反卷积法计算膀胱癌中22种免疫细胞的浸润情况, 并利用R软件Survival包进行生存分析, 分析每种免疫细胞与膀胱癌生存预后的关系。结果从GEO数据库下载GSE13507芯片中得到正常膀胱组织(68例)和膀胱癌组织(165例), 采用反卷积法计算免疫细胞浸润比例, 得到正常膀胱组织13例, 膀胱癌组织15例, 膀胱癌组织中浸润水平较高的免疫细胞为:M0巨噬细胞[(13.18±12.53)%]、M2巨噬细胞[(12.12±10.27)%]、活化的树突状细胞[(7.77±7.84)%]和调节性T细胞[(7.37±5.99)%]。正常膀胱组织和膀胱癌组织的记忆性B细胞、滤泡辅助性T细胞、中性粒细胞浸润水平比较, 差异有统计学意义(P=0.004、0.019、0.012)。与膀胱癌具有相关性的免疫细胞包括:活化的肥大细胞与活化的树突状细胞(r=0.75)、中性粒细胞与嗜酸性粒细胞(r=0.72)、活化的树突...     

基于基因芯片的肾母细胞瘤生物信息学分析

目的:整合并利用生物信息学分析肾母细胞瘤基因表达谱芯片,挖掘肾母细胞瘤发生的关键基因。方法:利用GEO2R在线分析工具对GEO数据库肾母细胞瘤基因芯片数据GSE2712进行差异表达基因筛选,使用R软件对差异表达基因进行火山图绘制,进一步结合DAVID和STRING在线生物信息学工具对差异表达基因进行调控网络分析并构建蛋白质-蛋白质相互作用(protein-protein interaction, PPI)网络,使用Cytoscape软件进行Hu b基因筛选。结果:共筛选出肾母细胞瘤差异表达基因955个,其中表达上调基因157个,表达下调基因798个。对差异表达基因进行GO富集分析和KEGG通路富集分析,利用在线生物信息学工具构建PPI网络,使用Cytoscape软件获取PPI网络中前10位Hub基因,分别是FN1,ALB,VEGFA,KDR,IGF1,PECAM1,FLT1,TEK,FGF1和ANGPT1。结论:应用生物信息学能有效分析基因芯片数据,获取肾母细胞瘤发生的关键基因,为肾母细胞瘤的治疗提供新的思路。     

基于TCGA和Oncomine数据库前列腺癌关键基因的筛选

目的利用癌症和肿瘤基因图谱（TCGA）和Oncomine数据库筛选前列腺癌（PCa）的关键基因。方法从TCGA数据库中下载PCa的RNA测序数据,包括PCa组织499例,癌旁正常组织52例。利用R软件筛选差异表达基因,采用DAVID、STRING数据库进行基因本体论（GO）和京都基因与基因组百科全书（KEGG）通路分析并构建蛋白质-蛋白质相互作用（PPI）网络;利用Cytoscape软件筛选PPI网络中连接程度前10位Hub基因,采用Oncomine数据库获取Hub基因与PCa相关数据,通过Meta分析获取关键基因。结果最终筛选出PCa差异表达基因919个,其中表达上调基因424个,表达下调基因495个。GO分析显示,差异表达基因生物学过程主要富集于突触传递、细胞间信号传导、跨膜转运和细胞分化,细胞组成主要富集于细胞外空间、细胞外区域、质膜的组成部分和质膜,分子功能主要富集于序列特异性DNA结合、钙离子结合和结构分子活性;KEGG通路分析显示,差异表达基因主要富集于神经活性配体-受体相互作用、药物代谢-细胞色素P450和细胞色素P450代谢异种生物。PPI网络中前10位Hub基因分别是CDC20、CCNA2、BUB1B、HJURP、AURKB、TTK、KIF4A、MKI67、CENPA、NCAPH。最终筛选出PCa关键基因4个,分别是HJURP、KIF4A、CENPA、NCAPH。结论基于TCGA和Oncomine数据库获取Pca关键基因4个,包括HJURP、KIF4A、CENPA、NCAPH。     

星点设计-效应面法优化超声提取丁香叶中紫丁香苷的工艺研究

目的：为探讨和优化超声提取丁香叶中紫丁香苷的超声提取工艺条件。方法：使用超声波机器提取丁香叶中的紫丁香苷,以紫丁香苷的提取率为指标,研究提取时间、提取温度、料液比等单因素对提取结果的影响,并利用星点设计-效应面法进行三因素五水平的效应面分析,对提取条件进行优化。结果：超声提取丁香叶中紫丁香苷的最优工艺为：提取时间75 min、提取温度52.74℃、料液比56.84：1（mL·g^-1）,在此条件下得到的紫丁香苷提取率为2.796 mg·g^-1。结论：本文利用星点设计-效应面法优化得到的工艺简单、有效,精确度较高,结果可靠。     

内分泌干扰物与隐睾症的关系研究进展

男性生殖功能障碍的发病率逐年上升,通常被认为与生殖系统发育异常有关。研究表明,在胎儿睾丸发育阶段接触内分泌干扰物会增加隐睾症的患病风险。本文就常见内分泌干扰物与隐睾症的关系的相关研究进行综述,以期为隐睾症流行病学研究和疾病预防提供参考。     

基于TCGA数据库的肾上腺皮质腺癌关键基因挖掘

目的基于TCGA数据库挖掘出肾上腺皮质腺癌(ACC)发病相关的关键基因, 为以后ACC相关的基础以及临床研究提供重要参考依据。方法从TCGA数据库获取150例ACC样本和3例癌旁正常组织样本, 利用R语言软件进行差异表达分析, 利用DAVID在线工具进行GO和KEGG PATHWAY功能富集分析, 最后应用STRING在线检索工具及Cytoscape软件构建蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络并筛选出前10位的hub基因。结果从TCGA数据库共挖掘出1 744个差异表达基因, 包括1 199个表达上调基因和545个表达下调基因, 对其进行GO和KEGG PATHWAY功能富集分析以及功能注释, 获取关键通路信息:差异表达基因(DEGs)主要富集于细胞黏附、膜的组成成分、网格蛋白结合及神经活性配体-受体相互作用, 最后构建PPI网络并筛选得到GNG2、GNG3、GNG4、GNG8、GNB3、BDKRB1、MCHR1、SAA1、ADCY2、LPAR3这10个关键基因。结论本研究发现10个与ACC发生发展相关的关键基因, 这10个关键基因与多种肿瘤的增殖与转移密切相关, 有望成为ACC早期诊...     

免疫相关LncRNA与肾透明细胞癌预后关系分析及预测评分模型建立

目的:探讨肾透明细胞癌(clear cell renal cell carcinoma,ccRCC)中免疫相关LncRNA表达与肿瘤预后的关系,并构建预后相关的预测评分模型.方法:从TCGA数据中下载537例ccRCC转录组测序数据及相应的临床预后信息,采用R软件和Perl软件利用生物信息学方法提取ccRCC免疫相关L...