药效团技术在抗感染新药研究中的应用

药效团（pharmacophore）是指药物分子中对活性起重要作用的“药效特征元素”及其空间排列形式。药效团技术作为1种发展迅速的计算机辅助药物设计方法,已广泛应用于虚拟筛选、全新药物设计、先导化合物优化和ADMET预测等新药的设计和研发过程中,可提高药物研发的成功率,降低研发成本,缩短研发周期。近年来,禽流感、甲流感及超级细菌等新型传染性疾病的出现,为抗感染新药研发提出了新的挑战,为此,综述近年来国内、外发表的有关药效团模建技术的研究进展及其在抗感染新药研发中应用的文献以促进计算机辅助药物设计手段在抗感染新药研发中的应用。     

VIM型金属β-内酰胺酶及抑制剂研究进展

VIM金属β-内酰胺酶是1种能水解几乎所有(除氨曲南等单环外)的β-内酰胺类抗生素,也是已报道蛋白质中与新德里金属β-内酰胺酶(NDM-1)序列相似性最高的一类获得性金属β-内酰胺酶。VIM-1与NDM-1相似,前者基因易于在细菌间传播和扩散,迄今还未发现临床有效的抑制剂,所以研发新型有效的抑制剂迫在眉睫。综述了近年来VIM序列、结构特点、耐药机制及相关抑制剂的最新研究进展,为设计、筛选、开发新型VIM-1抑制剂奠定基础,亦可为深入了解NDM-1设计开发其抑制剂提供帮助。     

“超级细菌”NDM-1的发现及研究进展

近日,“超级细菌”掀起了即甲型H1N1流感后全球的又一新“浪潮”,引起人们的一阵恐慌.“超级细菌”是具有多重耐药性细菌的总称,NDM-1是细菌携带的一种抗性基因,具有极强的耐药性,能水解几乎所有的β-内酰胺类抗生素,该细菌属一种新型的“超级细菌”.目前临床治疗受到极大的威胁,新型抗生素的研发迫在眉睫.本文就其发现、特点...     

基于结构的香农熵及其在金属β-内酰胺酶结构分析中的应用研究

目的:探讨金属β-内酰胺酶残基在结构上的变化程度。方法:对各亚类MBLs结构进行叠合,计算残基间RMSD值,根据RMSD值差异引入基于结构的香农熵,并将基于结构的香农熵映射到1DD6结构上。结果:结构上的变化主要集中在活性位点附近靠外的区域,而活性位点内部则相对变化较小。结论:在活性位点附近loop区残基结构在不同MBLs中变化较大,是决定各亚类MBLs水解活性和特异性的主要因素。这一发现对于指导计算机辅助MBLs抑制剂的设计有着重要的指导作用。