基于网络药理学和分子对接的芪黄通秘软胶囊治疗便秘的作用机制研究

目的：通过网络药理学和分子对接技术,探讨芪黄通秘软胶囊治疗便秘的作用机制。方法：依托中药系统药理学数据库与分析平台、TCM Database@Taiwan等数据库,检索芪黄通秘软胶囊中11味中药的化学成分及其靶点,构建成分-靶点网络,通过DrugBank、GeneCards等数据库检索便秘相关靶点,依托STRING数据库构建蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络,并利用DAVID数据库对关键靶点进行基因本体(GO)功能富集分析和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析,使用R语言进行结果可视化,将药物关键化学成分与核心靶点导入AutoDockTools 1.5.7软件计算其结合能并进行分子对接。结果：共筛选出124个化学成分和113个疾病靶点,槲皮素、山柰酚等成分在网络中处于关键地位;PPI网络中度值排序居前3位的蛋白分别为蛋白激酶B1、肿瘤蛋白p53和表皮生长因子受体;GO功能富集分析结果显示,102个条目中,有55个涉及生物过程,31个涉及分子功能,16个涉及细胞组分;KEGG通路富集分析结果显示,115个通路主要集中在内分泌耐药、丝裂原激活的蛋白激酶信号通路上;分子对接结合...     

基于网络药理学和分子对接技术的银翘清热片治疗上呼吸道感染机制研究

摘要：目的:采用网络药理学和分子对接技术探讨银翘清热片治疗上呼吸道感染的作用机制。方法:依托TCMSP和SwissTargetPrediction数据库检索银翘清热片的化合物和作用靶点,利用GeneCards、OMIM、DisGeNet数据库检索上呼吸道感染的疾病靶点,取药物和疾病的交集靶点作为潜在靶点。通过STRING数据库和Cytoscape软件构建潜在靶点的蛋白质-蛋白质相互作用（PPI）网络,利用R包“clusterProfiler”进行基因本体（GO）功能富集分析和京都基因与基因组百科全书（KEGG）信号通路分析。采用Cytoscape软件构建“药物-化合物-靶点-通路”网络,选择关键化合物和靶点通过Autodock Tool软件进行分子对接。结果:筛选出银翘清热片的化合物494个,作用靶点1 259个。PPI网络显示,肿瘤坏死因子（TNF）、白细胞介素6（IL-6）、丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶（AKT1）、白蛋白（Alb）、表皮生长因子受体（EGFR）等为核心靶点。KEGG富集分析显示,C型凝集素受体信号通路、Toll样受体信号通路、甲型流感、新型冠状病毒肺炎（COVID-19）、人类巨细胞病毒感染等为显著富集的通路。分子对接结果显示,共14组化合物与靶蛋白对接效果良好。结论:本研究初步揭示了银翘清热片治疗上呼吸道感染的作用机制,可为后续实验研究和临床应用提供理论基础。     

基于网络药理学和分子对接的艾迪注射液治疗肝细胞癌作用机制研究

摘要：目的:探讨艾迪注射液治疗肝细胞癌的潜在活性成分及可能的作用机制。方法:通过检索文献查找药物化学成分,TCMSP、SwissTargetPrediction、STITCH获得药物化学成分靶点,TTD、DrugBank、DisgeNET获得疾病相关靶点,采用UniProt等查询靶点对应的基因,取药物与疾病交集靶点导入STRING中进行蛋白互作分析,运用Cytoscape构建药物-化合物-靶点网络、蛋白互作网络以及药物-化合物-靶点-通路图。采用DAVID数据库对关键靶点进行基因本体（GO）功能富集分析和基因组百科全书（KEGG）通路富集分析。运用AutoDockTools对关键活性成分和其潜在靶点进行分子对接。结果:筛选得到艾迪注射液的活性化合物23个,化合物预测靶点178个,疾病相关靶点184个,化合物和疾病相关共同靶点24个,其中艾迪注射液治疗肝细胞癌的关键活性成分有：芒柄花素、异嗪皮啶、黄芪皂苷Ⅰ、乙酰黄芪皂苷Ⅰ、斑蝥素等;艾迪注射液治疗肝细胞癌的关键靶点有：周期素蛋白依赖性激酶1（CDK1）、基质金属蛋白酶2（MMP-2）、原癌基因丝氨酸蛋白激酶（RAF1）、前列腺素内过氧化物合酶2（PTGS2）、激酶插入域受体（KDR）等。富集分析结果最终得到24个富集GO条目和19条KEGG通路信号通路,包括癌症中蛋白多糖、癌症中的microRNA、人类乳头瘤病毒感染、表皮生长因子受体（EGFR）酪氨酸激酶抑制剂的耐药性等信号通路。分子对接结果表明核心化合物与对应靶点均具有较强的结合活性。结论:艾迪注射液治疗肝细胞癌具有多成分、多靶点、多通路的作用机制,为进一步实验研究提供了良好的理论依据。     

基于网络药理学的金藤清痹颗粒治疗类风湿关节炎的作用机制研究

目的：探讨金藤清痹颗粒治疗类风湿关节炎的活性成分及可能的作用机制。方法：通过中药系统药理学数据库与分析平台、DisGeNET及GeneCards等数据库获取金藤清痹颗粒中的化学成分和类风湿关节炎相关靶点。将二者交集靶点导入STRING数据库进行分析,接着使用Cytoscape软件绘制蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络图、金藤清痹颗粒成分靶点网络图及药物-成分-靶点-通路网络图等。通过R软件对关键靶点进行基因本体(GO)功能富集分析和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析。使用AutoDockTools软件对金藤清痹颗粒中的活性成分与其对应的关键靶点进行分子对接验证。结果：筛选得到金藤清痹颗粒中153个化合物,399个化合物相关靶点,131个交集靶点。根据网络拓扑学参数筛选得到关键靶点,分别为蛋白激酶B1(Akt1)、胱天蛋白酶3(CASP3)、表皮生长因子受体(EGFR)、白细胞介素6(IL-6)、肉瘤基因(SRC)、雌激素受体1(ESR1)、缺氧诱导因子1(HIF1)和氨基末端蛋白激酶(JUN)。对PPI网络分析得到151条KEGG通路和2 567条GO功能条目;GO条目...     

基于网络药理学的丹白颗粒治疗盆腔炎性疾病作用机制研究

目的：探讨丹白颗粒治疗盆腔炎性疾病的活性成分及其作用机制。方法：从中国知网、PubMed、中药系统药理学数据库与分析平台和GeneCards等数据库查询丹白颗粒中药物的化学成分及对应靶点和盆腔炎性疾病的相关靶点。取化学成分靶点与疾病靶点交集使用STRING数据库分析,上述分析结果采用Cytoscape软件绘制丹白颗粒成分-靶点图、蛋白质-蛋白质相互作用网络图等。通过R语言对交集靶点进行基因本体(GO)功能富集分析和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析。最后通过AutoDockTools软件进行分子对接的验证。结果：通过筛选获得丹白颗粒中70个化合物与377个化合物靶点,240个化合物与疾病交集靶点。根据相关参数进一步筛选得到关键靶点磷脂酰肌醇3激酶催化亚单位α异构体(PIK3CA)、肉瘤基因(SRC)、肿瘤蛋白53(TP53)、热休克蛋白90α(HSP90AA)、蛋白激酶B1(Akt1)、丝裂原活化蛋白激酶3(MAPK3)、丝裂原活化蛋白激酶1(MAPK1)、雌激素受体1(ESR1)、表皮生长因子受体(EGFR)、肿瘤坏死因子α(TNF-α)、v-rel网状内皮细胞过多症病...     

基于网络药理学及分子对接技术探讨天麻眩晕宁颗粒治疗梅尼埃病的作用机制

摘要：目的:基于网络药理学及分子对接技术探讨天麻眩晕宁颗粒治疗梅尼埃病的机制。方法:通过中药系统药理学数据库与分析平台（TCMSP）、台湾中医药数据库收集天麻眩晕宁颗粒的活性成分及作用靶点,通过OMIM、DisGeNET、TTD和DrugBank数据库检索梅尼埃病疾病靶点。利用Cytoscape 3.9.0构建“药物-成分-预测靶点”网络、“药物-成分-潜在靶点”网络、梅尼埃病的蛋白质-蛋白质相互作用（PPI）网络、“药物-成分-靶点-通路”网络。利用R软件RStudio对潜在靶点进行基因本体功能富集分析（GO）和京都基因与基因组百科全书（KEGG）通路富集分析。应用Autodock对筛选出的有效成分和关键靶点进行分子对接。结果:筛选得到天麻眩晕宁颗粒的活性成分191种,以及梅尼埃病潜在靶点117个。GO分析过程涉及2 263条生物过程、108条细胞组分和196条分子功能。KEGG富集分析得到人类巨细胞病毒感染、钙离子信号通路、C型凝集素受体信号通路和甲状腺激素信号通路等158条通路。分子对接结果显示关键成分与相关靶点之间结合能较低,亲和力较好。结论:本研究验证和预测了天麻眩晕宁颗粒中的活性成分谷甾醇、泽泻醇C和去氢钩藤碱等能作用于多个靶点,调控多条通路实现对梅尼埃病的治疗,为其作用机制的研究与临床应用提供思路。     

基于网络药理学的普济痔疮栓治疗痔疮作用机制研究

摘要：目的:本研究旨在探讨普济痔疮栓治疗痔疮的潜在活性成分以及可能的作用机制。方法:通过TCMID、Swiss Target Prediction、DisGeNET等数据库获取普济痔疮栓中的活性成分和痔疮的相关靶点。取两者交集导入STRING数据库中进行蛋白质相互作用（PPI）网络分析,将分析结果导入Cytoscape软件构建蛋白相互作用网络图。同时使用该软件构建普济痔疮栓化学成分-靶点网络图、成分-靶点-疾病网络图、药物-成分-靶点-通路网络图。通过R软件对关键靶点进行基因本体（GO）富集分析和京都基因与基因组百科全书（KEGG）通路富集分析。采用AutoDock Tools软件对关键靶点与普济痔疮栓的与其相对应的活性成分进行分子对接验证。结果:筛选得到普济痔疮栓中的28个化合物、393个化合物相关靶点、183个化合物与疾病交集靶点。进一步筛选得到普济痔疮栓治疗痔疮的关键基因丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶1（AKT1）、Src、肿瘤坏死因子α（TNF-α）、白细胞介素6（IL-6）、表皮生长因子受体（EGFR）、胱天蛋白酶3（CASP3）、雌激素受体1（ESR1）、表皮生长因子受体2（ERBB2）、细胞周期蛋白D1（CCND1）、雷帕霉素靶蛋白（MTOR）、基质金属蛋白酶9（MMP9）。对PPI富集分析得到2 894条GO功能条目与144条KEGG通路。在GO功能条目中,包括2 510条生物过程（BP）相关条目,146条细胞成分（CC）相关条目和240条分子功能（MF）相关条目。分子对接结果表明积雪草酸（asiatic acid）、鹅去氧胆酸（chenodeoxycholic acid）、熊去氧胆酸（ursodeoxycholic acid）等化合物与AKT1、IL-6、EGFR、MMP9等有较好的结合活性。结论:普济痔疮栓治疗痔疮是基于多成分、多靶点、多通路的机制,本研究为下一步相关机制的实验研究提供了理论基础。