KEGG数据库的进展及其在生物信息学中的应用

KEGG(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes)数据库作为整合了基因、酶、化合物及代谢网络信息的综合性数据库,在生物信息学研究中提供了非常重要的平台。首先,人工获得实验数据并将其组织为计算格式,构建成一个系统功能知识体系:包括KEGG通路图,BRITE等级分类以及KEGG modules。其次,建立并完善跨物种注释步骤KO,把基因组同分子网络联系起来。文章主要介绍KEGG数据库的最新进展以及KEGG在生物信息学中的应用。KEGG特有的图形代谢通路以及KO注释,对于重构代谢网络以及跨物种的代谢网络分析提供了很好的信息,KEGG数据库在生物合成以及药物设计方面将会得到越来越广泛的应用。     

生物信息学方法在判断DNA结合蛋白质和预测结合位点中的应用

综述生物信息学方法在判断DNA结合蛋白质和预测结合位点中的应用研究进展。蛋白质与DNA间的相互作用是基因表达调控的分子生物学基础,因此DNA结合蛋白的判断以及DNA与蛋白质间作用位点的预测一直以来都是分子生物学和生物信息学的前沿领域。采用生物信息学方法进行这类判断和预测,具有省时、省力的特点,近年来吸引了众多科学家的关注。     

RNAProbeDesigner:mRNA探针特异性序列搜索方法

mRNA不仅是生物体内蛋白质合成的"图纸",还参与生命活动的很多调节过程。随着分子影像技术的发展,mRNA探针在医药领域的应用越来越广泛。探针的特异性是衡量探针效果的重要指标。本文基于BLAST的序列搜索方法,根据目标mRNA中的每个片段与细胞中其他RNA的相似程度,筛选可用于特异性识别mRNA的寡核苷酸片段,并将该方法编写为一套自动化的mRNA探针特异性序列的搜索程序——RNAProbeDesigner。选取4种蛋白的mRNA对该程序进行测试,结果显示,该程序搜索出的片段中,有部分结果在以往的文献中已被报道用于相应探针的设计,从而证明了该方法的可靠性。