基于宏基因组学的新疆牧场牛潜在人兽共患病原菌调查

目的调查新疆牧场规模化养殖牛携带的细菌多样性以及潜在细菌性人兽共患病致病菌种类,为牛规模化养殖过程中人兽共患病的防治提供科学依据。 方法选取新疆地区规模化养殖牧场牛群,同时采集牛鼻咽拭子和牛肛拭子样品,提取全基因组DNA进行宏基因组分析。采用宏基因组二代测序,采用比对Minikrakenv2数据库及生物信息学方法,对该地区牛携带的微生物菌群及其潜在病原菌种类进行分析。 结果宏基因组检测结果显示,所有牛样品中微生物菌群均以细菌为主。不同类别牛样品比较发现,牛肛拭子样品和牛鼻咽拭子样品均以厚壁菌门、放线菌门、变形菌门和拟杆菌门占主导地位,但两种类别牛样品的优势菌属各不相同,两者共有的优势菌属为异壁放线菌菌属和芽孢杆菌属。样品中共发现蜡样芽孢杆菌、大肠杆菌、猪链球菌、肺炎链球菌、鲍曼不动杆菌、肺炎克雷伯氏菌、空肠弯曲杆菌、化脓性链球菌和多杀巴斯德杆菌等9种人兽共患病原菌,其中大部分都是食源性细菌性致病菌。PCoA和ANOSIM生物信息学分析结果表明,两组样品、两个地区牛携带的细菌群落多样性以及潜在的人兽共患病原菌之间的差异均具有统计学意义(P＜0.05)。 结论新疆地区规模化养殖牧场牛鼻咽拭子和牛肛拭子样品携带的细菌结构均呈现较丰富的多样性,并检出了以食源性传播为主的人兽共患病原菌,存在一定的食品安全和疾病传播隐患。     

基于宏基因组学的新疆牧场羊潜在人兽共患病原菌调查

目的探究新疆牧场羊携带微生物多样性及潜在人兽共患病原菌种类,为有效防治人兽共患病提供理论依据。方法选取新疆喀什和石河子市牧场羊群,同期采集羊口咽拭子和肛拭子样品,提取DNA,采用宏基因组二代测序,比对Minikrakenv2数据库,测序结果进行物种注释、多样性和差异性分析,了解两地区羊携带的细菌种类。结果共采集羊口咽拭子72份和肛拭子231份。门水平上,两样品占主导地位的微生物为变形菌门、拟杆菌门和厚壁菌门;属水平上,两样品的优势菌属均不相同,共检出10种主要以食源性传播为主的人兽共患病原菌:大肠弯曲杆菌、空肠弯曲杆菌、大肠杆菌、多杀性巴氏杆菌、鲍曼不动杆菌、沙门氏菌、铜绿假单胞菌、蜡样芽孢杆菌、化脓性链球菌和猪链球菌。经主坐标(PCoA)分析和相似性(ANOSIM)分析,两地区间羊携带细菌和潜在人兽共患病细菌的差异均有统计学意义(P＜0.05)。结论新疆地区牧场羊口咽部和肛门部菌群存在多样性及地区差异性,检出的人兽共患病原菌以食源性传播为主,存在食品安全和疾病传播风险。     

167株耐多药结核分枝杆菌药物敏感谱分析

目的 了解耐多药结核分枝杆菌的药敏谱,为耐多药结核病（MDR-TB）的临床药物选择和防控提供科学依据。方法 选取既往收集的MDR-TB 167株,采用lysX基因测序方法进行基因分型,并采用微孔板药敏法及BACTEC^TM MGIT 960^TM液体培养法对其进行13种抗结核药物的敏感性检测,分析不同基因型MDR-TB菌株与耐药表型的相关性及药物交叉耐药情况。采用χ²检验比较计数资料组间差异。结果 167株MDR-TB菌株对除异烟肼、利福平外11种抗结核药物总耐药率为95.81%,准广泛耐药结核病（pre-XDR）比例为31.14%（52/167）,广泛耐药结核病比例为6.59%（11/167）。北京基因型中链霉素耐药率高于非北京基因型,差异有统计学意义（χ²=30.682,P<0.05）,非北京基因型中pre-XDR比例高于北京基因型,差异有统计学意义（χ²=5.332,P<0.05）;氧氟沙星耐药率和吡嗪酰胺耐药率在现代北京基因型与古典北京基因型中差异有统计学意义（χ²=4.105和χ²=3.912,P<0.05）。利福平与利福布汀存在交叉耐药,交叉耐药率为86.23%,且不同程度利福平耐药组间利福布汀耐药率差异有统计学意义（χ²=45.912,P<0.05）。氧氟沙星耐药与莫西沙星耐药有相关性、阿米卡星耐药与卡那霉素耐药有相关性,r分别为0.87和0.91。结论 MDR-TB菌株对11种抗结核药物呈高度耐药,且同类型药物之间交叉耐药较为严重;北京基因型菌株是MDR-TB的主要流行菌株,与链霉素耐药高度相关。