食源性致病菌96微孔板芯片在一起食物中毒检测中的应用

目的利用微孔板芯片技术对一起食物中毒进行检测,评价其在食物中毒事件中的应用效果。方法用食源性致病菌96微孔板芯片对一起食物中毒样品进行检测,同时采用传统的病原分离方法和细菌生化鉴定仪对分离菌株进行鉴定。结果食源性致病菌96微孔板芯片对食物中毒样品的检测结果与病原分离培养结果完全一致。结论食源性致病菌96微孔板芯片具有快速、准确、自动化和高通量等特点,作为应对食物中毒等突发公共卫生事件的快速检测具有重要意义。     

珠海市手足口病流行病学分析

目的探讨珠海市手足口病的流行病学特点。方法利用荧光PCR检测手足口病临床诊断标本和健康人群标本柯萨奇病毒A组16型（coxsackievims A16,CoxA16）、肠道埃可病毒71型（enterovims 71,EV71）以及非EV71和CoxA16其他肠道病毒阳性率。采用描述性流行病学研究方法进行流行病学特征分析。结果319份临床样本EV71、CoxA16以及非EV71和CoxA16其他肠道病毒阳性率分别为26．02％,6．90％和30．09％;180份健康人群样本Ev71和CoxA16均阴性,非EV71和CoxA16其他肠道病毒阳性率2．78％。在105份手足口病实验室诊断病例中,男性68例,女性37例。1～5岁感染病例数最多,占实验室诊断病例的86．67％。病例主要集中在3～7月,占诊断总数的85．71％,高峰在6月。病例以散居婴幼儿为主。结论珠海市手足口病临床诊断病例中EV71、CoxA16以及非EV71和CoxA16其他肠道病毒阳性率显著高于健康人群。实验室诊断病例以1～5岁托幼儿童为主,男性多于女性,病例发生有明显的季节性。     

珠海市2008年H1N1亚型流感病毒血凝素HA1基因特征分析

目的了解2008年珠海地区流行的H1N1亚型流感病毒血凝素重链区HA1基因特征。方法按照时间不同选取7株2008年珠海市分离到的H1N1亚型流感毒株,选取的毒株进行血凝素HA1片段序列测定并推导出其氨基酸序列进行基因进化特性分析。结果H1N1亚型流感毒株为珠海市2008年的优势株,与该年WHO推荐疫苗株比较有多个氨基酸发生了替换,造成抗原性发生一定的变化。结论2008年根据WHO疫苗推荐株生产的疫苗对该年珠海市H1N1亚型流感预防效果并不理想,导致2008年珠海市H1N1亚型的流行强度增加。     

2008-2009年珠海市乙型流感病毒HA1基因特性分析

目的了解珠海市2008-2009年乙型流感病毒HA1基因变异情况。方法按照采样时间,选取珠海市2008-2009年每月用狗肾传代细胞(MDCK)培养分离到的第1、2株乙型流感毒株共25株,没分离到毒株的月份不选,提取病毒RNA,RT-PCR扩增HA1基因片段,产物纯化测序,推导氨基酸序列,进行基因进化特性分析。结果 2008年珠海市乙型流感毒株在8月达到分离高峰,晚于A型流感毒株分离高峰时间7月,2009年其在4月达分离高峰,早于A型流感毒株分离高峰时间5月。2008-2009年珠海市流行的乙型流感病毒优势株为Victoria系病毒。与北半球国际疫苗株B/Florida/4/2006 like-virus(GenBank序列号CY033876.1)相比,2008-2009年珠海市流行的Yamagata系乙型流感病毒HA1片段有7个氨基酸位点发生替换:分别是103 K→R,212D→N,其中08-1267、09-0233和09-0240毒株的218N→S,08-190毒株的123P→A、245S→G、270P→S,除08-190外另5株毒株的181N→Y、245S→D,氨基酸同源性高于97%。其中有2个参与构成抗原决定簇的氨基酸位点发生替换,没有发生病毒抗原漂移。Victoria系毒株与疫苗代表株的同源性低于89%。结论 2008-2009年珠海市流行的Yamagata系乙型流感病毒与疫苗代表株同源性极高,本年度的流感疫苗株对珠海市乙型流感病毒流行的防治起了一定作用。2008-2009年珠海市流行的乙型流感病毒优势株属Victoria系,故本年度的流感疫苗株不能对珠海地区流行的乙型流感提供最佳保护。珠海市2008年乙型流感病毒流行时间较长,2009年流行高峰提前可能与此有关。     

2008年珠海肠道病毒71型分子流行病学研究

目的 通过扩增VP1节段的核苷酸序列,对2008年珠海暴发流行的EV71进行种系进化分析.方法 选取10例手足口病暴发流行中的EV71阳性病例标本用一对特异引物进行VP1全基因核苷酸序列扩增,由生物技术公司在AB13730型自动测序仪上测序,序列结果用Claxter、DNA Star、Mega软件进行分析.结果 本文的10株病毒与C基因型代表株比较接近,核苷酸同源性在88.2%～99.2%之间,氨基酸同源性在98.7%～99.7%之间;尤其与C4基因型最为相近,与C4基因型相比较核苷酸同源性在97.6%～99.2%之间,氨基酸同源性在99.3%～99.7%之间;而与A、B基因型代表株比较差异较大,核苷酸同源性只在81.8%～84.4%之间,氨基酸同源性在94.6%～98.0%之间;说明本文的10株病毒皆属于EV71病毒C基因型、C4亚型.结论 珠海和新会的病毒株可能与阜阳和浙江分离的EV71病毒有相同的起源,均属于C4亚型,并且C4亚型病毒在中国大陆可能有较广泛的分布和传播,因此加强各地流行的EV71病毒基因特征分析,进而探索EV71病毒的可能进化途径,对于肠道病毒的基础研究和防范EV71在中国的大规模暴发与流行具有重要意义.     

珠海市2011年连续发生5起乙型流感疫情的病毒HA1基因分析

目的分析珠海市2011年多起连续发生的流感疫情中分离的乙型流感毒株HA1基因特性,阐述流感暴发的原因。方法用MDCK细胞分离培养流感病毒,提取病毒核酸,采用RT-PCR扩增病毒HA基因并测定核苷酸序列,用ClustalX和MEGA4.1分析结果。结果珠海市2011年多起连续发生的流感疫情中分离的乙型流感病毒属Victoria系,与2011年流感监测分离株2011C-IN-0056-7相比,没有核苷酸的丢失和插入,没有糖基化位点的改变,核苷酸同源性在97.3%以上,氨基酸有1~3个位点发生了变异,属于同一变异株。与2010-2011年北半球乙型流感疫苗株B/Brisbane/60/2008相比较,核苷酸同源性在98.5%以上,氨基酸有1~4个位点发生变异,也属于同一变异株。结论引起本市流感连续暴发疫情的原因可能是本地流行株抗原漂移所致,与疫苗株B/Brisbane/60/2008核苷酸和氨基酸同源性都很高,吻合性较好,如果能够在儿童中普遍接种,应该能够起到很好的预防作用。     

珠海市2013年肠道病毒71型和柯萨奇病毒A16型基因特征

目的分析2013年珠海市手足口病（Hand-foot-mouth disease,HFMD）患者中,肠道病毒71型（EV71）和柯萨奇病毒A组16型（Cox A16）的分子流行病学特征。方法采集珠海市2013年HFMD临床诊断病例粪便标本215份,选取其中Real time RT-PCR检测EV71病毒核酸阳性的18份和Cox A16病毒核酸阳性的8份标本,进行VP4区基因扩增,并进行核苷酸序列和遗传进化关系分析。结果 16份EV71扩增测序成功,与C4a基因亚型代表株具有最高的核苷酸序列同源性（95.2%-99.5%）和氨基酸同源性（91.3%-100%）;5份Cox A16扩增测序成功,有2份与B2a亚型代表株具有最高的核苷酸序列同源性（98.6%-99.0%）和氨基酸同源性（97.1%-98.5%）,3份与B2b亚型代表株具有最高的核苷酸序列同源性（96.6%-97.1%）和氨基酸同源性（100%）。结论 2013年珠海市流行的EV71属于C4a基因亚型,Cox A16为B2a和B2b两种基因亚型。     

食源性致病菌96微孔板DNA诊断芯片的研制

目的:建立一种能同时检测12种常见食源性致病菌的基于微孔板阵列技术的检测平台,以满足食物中毒处置中能快速、准确提供实验室结果的要求。方法:针对12种最常见的食源性致病菌,设计种特异性的PCR引物和寡核苷酸探针,按照5×5的阵列格式将探针点制到96微孔板的微孔内,建立稳定的微孔杂交体系,采用链霉亲和素碱性磷酸酶和化学显色底物NBT/BCIP来检测特异性的PCR杂交产物。结果:经标准菌株验证已建立的食源性致病菌微孔板DNA诊断芯片,获得比较敏感、特异和稳定的实验结果;同时经食物中毒样品检测应用,与传统的细菌分离培养和生化鉴定的结果相符。结论:本研究建立的能同时检测12种常见食源性致病菌的基于微孔板阵列技术的检测平台具有快速、准确、自动化和高通量等特点,作为应对食物中毒等突发公共卫生事件的实用检测技术具有重要意义。     

2009年珠海市肠道病毒71型分子流行病学特征分析

目的分析2009年珠海市手足口病(HFMD)患者中,肠道病毒71型(HEV71)的分子流行病学特征。方法2009年1—10月采集珠海市各医院就诊的HFMD患者的粪便标本558份,经HEV71通用引物扩增分析,确定为HEV71阳性158份。选取其中HEV71阳性标本24份用RT-PCR扩增衣壳蛋白vp1全长基因,核苷酸序列测定并分析病毒遗传学特征。结果珠海市24例HEV71的vp1基因核苷酸序列的测定结果显示,所有核苷酸序列长度都是891bp,编码297个氨基酸。该24株HEV71全部属于C4基因亚型C4b进化分支,与C4基因型相比较核苷酸同源性在95.4%～98.9%之间,氨基酸同源性在99.3%～99.7%之间,与2008—2009年中国流行的HEV71同源性极高;但24株HEV71在vp1区的核苷酸和氨基酸同源性分别为95.2%～100.0%和99.0%～100.0%,在核苷酸和氨基酸水平上存在一定差异;24例HEV71可划分为7条传播链,75%(18/24)流行株分布在其中的2条传播链,且这2条主要传播链只由珠海市HEV71分离株构成。结论2009年珠海市流行的HEV71属于C4基因亚型C4b进化分支,与中国2008—2009年流行的HEV71在基因亲缘关系和流行时间关系上都很接近,但珠海市HEV71流行株的基因特征存在其特殊性。     

珠海市2007-2008年乙型流感病毒基因特性分析

目的了解珠海市近两年乙型流感病毒的基因变异情况。方法采集珠海市流感样病例样本进行流感病毒的分离和鉴定,并对分离到的乙型流感病毒进行核酸的提取,采用逆转录-聚合酶链反应(RT-PCR)扩增病毒基因后进行病毒血凝素HA1基因核苷酸序列测定,用Mega、DNA Star、GeneDoc软件对测序结果进行分析处理,并与WHO推荐的疫苗株基因序列进行比对。结果 2007-2008年分离的乙型流感毒株分属于Yamagata系和Victoria系两个谱系,谱系内毒株间距离很近。Yamagata系毒株与B/Brisbane/3/2007的核苷酸同源性极高,在99.4%~99.7%之间;Victoria系乙型流感病毒株与B/Malasia/2506/2004的核苷酸同源性亦很高,在98.6%~99.1%之间。与疫苗株和其它流行株相比,本次分离的两个谱系毒株均未发现核苷酸的丢失和插入,但均增加一个潜在的糖基化位点。结论珠海市人群交替流行着Yamagata系和Victoria系两个抗原性不同的进化系的乙型流感病毒,病毒的基因发生了变异。2007-2008两年WHO推荐的乙型流感疫苗株与我地区当年流行株为不同谱系毒株,预防保护效果不好。