基于LASSO的FDR控制方法及其在高维数据生存分析中的应用

目的基于LASSO-Cox模型探索交叉验证(cross validation)、pcvl法(penalized cross-validated log-likelihood)、EBIC准则(extended bayesian information criterion)、平稳选择(stability selection)四种方法在控制FDR(false discovery rate)方面的表现及其变量选择效果。方法通过模拟研究评价各方法在不同删失比例、自变量间不同相关程度以及回归系数的不同稀疏水平下的FDR和PSR(positive select rate),并从GEO上下载DLBCL数据进行基因与预后间的关联分析。结果模拟结果表明,在不同删失比例、自变量相关程度和稀疏水平的情况下,平稳选择法控制FDR的能力都优于其他方法且其变量选择效能也较高。EBIC准则在相关程度低、自变量较稀疏时表现较好,当样本量较小时结果较保守。pcvl法虽然不容易漏掉有效应的变量,但其FDR仍较高。实例结果显示,EBIC准则只选出1个基因,平稳选择法选出的基因中大部分有统计学意义且与其他方法的结果重合度高。结论在基于LASSO-Cox模型的高维数据生存分析中平稳选择法能较好地控制FDR且其变量选择效能也较高。     

2016-2018年绍兴市耐药肺结核患者流行分析

目的 掌握绍兴市肺结核病患者耐药特征,为制订科学有效结核病防控决策提供参考依据。方法 对2016-2018年期间在绍兴市结核病定点医院诊治的涂阳肺结核患者,经痰培养阳性鉴定为结核分枝杆菌,作抗结核药物敏感性检测,对检测结果进行分析。结果 共检测1508例结核分枝杆菌,总耐药率16.98%,初治耐药率14.80%,复治耐药率26.32%初复治耐药率有差异（P＜0.001）;耐多药率4.51%,初治耐多药率2.70%,复治耐多药率12.28%,初复治耐多药率差异有统计学意义（P＜0.001）。耐药率顺位由高到低依次为、、和。结论 绍兴市结核分枝杆菌总耐药率、耐多药率均低于全国平均水平,但复治组高于初治组,应重视对复治患者诊治质量,提高治愈率,减少耐药产生。     

高维组学数据分析中的贝叶斯变量选择方法

随着基因组测序技术和生物信息学的迅猛发展,近几年涌现了大量与疾病相关的组学数据即所谓高维数据。对于这类组学数据,共同特点是自变量个数p通常远大于观察例数n,且自变量间往往高度相关,从成千上万个组学数据中识别出真正有意义的自变量带来一些统计学挑战。本文对高维数据中的贝叶斯变量选择方法做论述。     

2010-2019年绍兴市50岁及以上HIV/AIDS病例特征分析

目的 分析2010-2019年浙江省绍兴市新报告≥50岁艾滋病病毒感染者和艾滋病患者(HIV/AIDS)的流行特征,为制订针对性艾滋病防控措施提供依据.方法 通过中国疾病预防控制信息系统艾滋病综合防治信息系统收集2010-2019年绍兴市新报告≥50岁HIV/AIDS病例资料,采用描述性流行病学方法分析病例的时间分布、...     

0～14岁儿童骨骼发育与维生素K的关联研究

目的 探讨儿童骨骼发育与维生素K的关联性，为日后临床及时干预儿童时期异常骨骼发育提供理论依据。方法 以2020年1月—2022年4月到四川省内数家妇幼保健机构儿童保健门诊进行健康体检的6 335名0～14岁儿童为研究对象，采用液相串联质谱法检测维生素K₁、K₂的水平，同时记录其骨骼发育情况。以是否存在骨骼发育异常分为正常组(n=5 040例)和异常组(n=1 295例),对两组指标进行差异性分析，并通过Logistic回归分析儿童骨骼发育的影响因素，尤其是维生素K与儿童骨骼发育异常的关联性。结果 骨骼发育正常组和异常组儿童性别、年龄、身高、体质量、血清维生素D、K₁、K₂比较差异有统计学意义(χ²=6.03,Z=14.32、16.35、16.70、8.26、5.70,χ²=13.88,P<0.05)。不同年龄组儿童骨骼发育异常检出率比较，差异有统计学意义(χ²=158.66,P<0.05);异常组各年龄段维生素K_...     

浙江省绍兴市50岁及以上人群HIV-1分子网络和传播簇特征分析

  目的   分析浙江省绍兴市2018年7月至2020年6月报告的50岁及以上中老年人HIV-1分子网络特征,掌握HIV-1在该人群中传播网络的危险因素和特点,为制订有效的干预措施提供依据。  方法   2018年7月至2020年6月连续收集新报告感染HIV-1的50岁及以上中老年人血液样品147份,采用反转录聚合酶链式反应和巢式聚合酶链式反应扩增HIV-1的pol基因,构建系统进化树分析亚型和不同基因距离的分子网络,对研究对象进入网络的相关因素及成簇病例特征进行分析。  结果   147份样品序列中检测到4种基因型,其中以CRF07_BC（76例,51.70%）为主,其次为CRF01_AE（36例,24.49%）、CRF08_BC（33例,22.45%）和B（2例,1.36%）。 共74条序列进入网络,入网率为50.34%,形成12个分子簇,簇内个体数分别在2 ~ 30例。 对进入网络的影响因素分析,发现文化程度和艾滋病相关知识知晓率低、确诊前不关注艾滋病相关话题、商业性行为从未使用安全套和暗娼价格低于50元更容易进入网络。 多因素logistic回归结果显示,暗娼价格低是进入网络的影响因素。 入网病例中,CRF07_BC亚型的构成比最高（30例,40.54%）,并形成一个包含30例病例的大簇,其病例大多居住在越城区城南街道及附近,均在附近有商业性行为;此外CRF01_AE亚型形成一个包含暗娼感染者在内的7例病例分子簇,簇内病例居住在齐贤街道及附近;12个分子簇中有12对夫妻双阳性病例,均为男性商业性行为引起的家庭内传播。  结论   绍兴市50岁以上中老年感染者HIV-1亚型多样,进入网络的相关因素主要为对艾滋病防治知识匮乏和与低档暗娼发生不安全性行为;簇内病例呈现地理的相对聚集性以及家庭内传播,应加强疫情聚集街道中老年人群干预和HIV筛查,有效遏制艾滋病的传播。