基于纳米孔测序技术对新型重组H3N2禽流感病毒的测序鉴定及其基因特征分析

目的 利用纳米孔测序技术对新型重组H3N2禽流感病毒进行测序鉴定并分析病毒的基因特征。方法 对2021年广州市某农贸市场外环境H3N2禽流感阳性样本进行鸡胚培养,联合病毒全基因组序列靶向扩增和纳米孔测序技术进行病毒高通量测序。通过生物信息学软件,分析病毒基因特点。结果 系统发育进化树显示,该毒株各基因片段均属于欧亚进化分支,宿主来源均为禽源。其HA基因与我国H3N6禽流感病毒亲缘关系较近。NA基因与2017-2020年我国H3N2禽流感病毒亲缘关系较近。PB1基因与2016-2022年我国广西壮族自治区、福建省H5N6禽流感病毒亲缘关系较近,与广州市H5N6禽流感流行株PB1基因亲缘关系较远。其余内部基因片段来源复杂,具有明显的遗传多样性。分子特征显示,该毒株具有典型的低致病性禽流感病毒分子特征,倾向结合禽源受体。生物特性相关重要蛋白位点上,该毒株发生PB2-L89V、PB1-L473V、NP-A184K、M1-N30D/T215A、NS1-P42S/N205S等致病性增强突变。结论 本研究通过纳米孔测序鉴定一株新型重组H3N2禽流感病毒,分析发现该病毒与H5N6禽流感病毒发生了基因重组。目前该病毒跨种传播能力较低,但有必要密切关注H3亚型禽流感病毒的流行和变异。     

广东省2017 – 2018年冬季流感流行特征研究

  目的  分析广东省广州市流行性感冒（流感）病毒季节性流行特征和各病原型别的变迁规律,为制定适宜本地流行病学的防控措施提供依据。  方法   选取中国流感监测信息系统中2015 — 2022年广州市每周流感病原学监测数据,利用基于局部加权回归的季节性分解将流感病毒总阳性率及各型别阳性率序列分解成趋势分量、季节分量及剩余分量,通过计算协方差,分析所得分量序列对阳性率序列波动的贡献率。  结果  共检测样本39198份,流感病毒核酸阳性3632份,总体阳性率9.27%。趋势序列显示2015 — 2019年总阳性率呈轻微波动上升（4.57%～16.07%）,2020 — 2022年经历“U”形低谷后趋水平。季节性序列显示流行高峰有冬春季和春夏季。剩余序列显示2022年剩余分量波动峰值达48.96%,较以往年份有明显增大。A（H3N2）型流行峰型与B（Victoria）型相似,可有冬季和夏季高峰,但夏季高峰晚于B（Victoria）型。A（H1N1） pdm09型与B（Yamagata）型峰型和流行时间相似,呈单峰流行,集中在冬春季。剩余成分是总阳性率波动的主要贡献因素,占59.16%（80.81/136.60）,其次是季节成分和趋势成分,分别占25.19%（34.41/136.60）和15.65%（21.38/136.60）。  结论  流感季节性高峰和持续时间与流行的病原型别有关,不同亚型流感具有型别特异的流行特征和变化趋势。流感流行模式不仅受长期趋势和季节效应影响,随机波动效应起着更重要作用。