2016—2018年长沙市人群及活禽市场环境H5N6亚型禽流感病毒监测分析

目的:开展2016—2018年长沙市人群感染和活禽市场(live poultry markets, LPMs)环境污染H5N6亚型禽流感病毒(avian influenza virus, AIV)监测,为防控人感染H5N6亚型AIV提供实验室数据。方法:采集2016—2018年长沙市流感样病例和不明原因肺炎病例咽拭子6...     

重组GII型诺如病毒长沙株全基因组序列的测定与分析

目的 对2016年长沙地区一起由GII型诺如病毒引起的急性胃肠炎暴发疫情致病原进行全基因组序列测定,掌握其基因类型、分子进化特征和抗原重组情况。方法 提取疫情中患者粪便标本的总RNA,反转录成cDNA,PCR扩增病毒全基因组并采用Sanger法测序,比对拼接后获得病毒全基因组序列;通过BLAST比对和诺如病毒在线分型工具(typing online tool)确定其基因型别;从GenBank中下载GII型诺如病毒参考序列,采用DNA Star软件进行序列多序列比对和同源性分析,绘制系统遗传进化树,基因重组特征分析采用SimPlot软件。结果 通过一代测序获得病毒基因组序列长7491bp,有3个开放阅读框(ORF),长度分别为5100bp,1647bp,765bp。多序列比对和同源分析发现ORF1区与GII.P12型代表株同源性最高,VP1区则与GII.3型同源性最高;因此,将该毒株命名为Hu/GII.P12-GII.3/CS02/2016 /CHN。分子遗传进化分析显示其与中国其他地区如北京、上海、广东等地流行的GII.P12-GII.3重组型诺如病毒亲缘关系最为接近。抗原重组分析发现Hu/GII.P12-GII.3/CS02/2016 /CHN长沙株重组位点在5080bp,为ORF1与 ORF2重叠区的起点。结论 除了GII.P16-GII.2重组诺如病毒的广泛流行外,长沙地区仍存在GII.P12/GII.3重组诺如病毒的散发流行,需加其强监测。     

2014—2019年长沙市手足口病病原谱及流行病学特征分析

目的 了解2014—2019年长沙市手足口病(hand, foot and mouth disease, HFMD)病原谱构成及流行病学特征,为做好手足口病防控工作提供参考依据。方法 2014年1月至2019年12月长沙市手足口病临床诊断病例样本,使用实时荧光定量聚合酶链反应(real-time polymerase chain reaction, RT-PCR)方法检测标本中的病毒核酸。用Excel 2007软件分析统计结果。结果 2014—2019年共收集样本3 569份,手足口病核酸检测阳性样本2 463份(阳性率69.01%)。进一步分型结果显示柯萨奇病毒(coxsackievirus, CV)A组16型(CVA16)阳性538份(阳性率15.07%),肠道病毒(enterovirus, EV)A组71型(EV-A71)阳性345份(阳性率9.67%),其他型别肠道病毒阳性1 575份(阳性率44.13%),5例病例为CVA16和EV-A71共同感染(阳性率0.14%)。按照病例分类将手足口病样本分为散发轻症、散发重症和聚集性疫情三类,不同病例分类之间的核酸阳性检测结果差异有统...     

长沙市2013—2016年HFMD重症病例肠道病毒谱及其基因特征

目的 了解2013年至2016年长沙市手足口重症病例感染柯萨奇病毒A组6型(CAV 6)和柯萨奇病毒A组10型(CAV 10)肠道病毒的流行趋势,并对其VP1基因进化概况进行分析。方法 运用描述性统计学分析方法对全市重症手足口病流行病学资料进行整理。CAV 6和CAV 10型肠道病毒阳性咽拭子、肛拭子或粪便标本用逆转录聚合酶链反应(RT-PCR)扩增VP1基因片段,序列比对后用MEGA软件构建进化树。结果 2013—2016年全市共检测111份重症手足口病例标本,肠道病毒阳性标本80份,检出率为72.07%。80份肠道病毒阳性标本中,CAV 6型10株, CAV 10型8株。核苷酸序列的同源性分析发现,CAV 6型肠道病毒核苷酸序列之间存在0.8%~6.6%的差异。CAV 10型肠道病毒核苷酸序列之间存在1.1%~5.6%的变化差异。8株CAV 6型毒株均位于D2分支,1株处于D1分支。6株CAV 10型毒株位于E分支。结论 CAV 6和CAV 10肠道病毒在基因水平并未发生明显突变。重症病例中出现CAV 6型和CAV 10型感染高峰年份,但2016年有所降低,应将CAV 6和CAV 10型肠道病毒纳入常规监测,降低手足口发病风险。     

新型冠状病毒实验室检测风险识别及风险控制

2019年12月底湖北武汉暴发新型冠状病毒引起的肺炎,疫情在国内迅速传播。相比SARS-CoV和MERS-CoV,新型冠状病毒传播力更强、更快,实验室检测生物安全要求高,检测人员面临的风险大。对新型冠状病毒实验室检测生物安全风险点进行识别分析与评价,探讨实验室检测过程中生物安全管理要素、操作规范及潜在的生物安全隐患,最大限度的降低风险,保证检测人员、环境及样本安全。     

犬肾细胞培养流感病毒条件的优化

目的 对影响流感病毒细胞分离培养的因素进行优化,得到细胞分离培养流感病毒的最佳方案。方法 将4种型别流感毒株接种至犬肾上皮细胞（MDCK）,以不同接种量、吸附时间、培养时间以及TPCK胰蛋白酶浓度进行病毒分离培养,以流感病毒红细胞凝集实验的血凝滴度作为指标对流感分离培养结果进行评价分析。结果甲型H1N1流感病毒、季节性流感病毒H3N2、乙型Victoria系流感病毒、乙型Yamagata系流感病毒在培养过程中的最适条件分别为：接种量为200、200、250、300μL/孔,吸附时间为1.5、1.5、2.0、2.0 h,TPCK胰酶浓度为1.0、2.0、2.0、1.5 mg/mL,培养时间为96、72、120、120 h。结论 成功对4种亚型流感病毒在MDCK细胞中的培养条件进行了优化,在培养流感病毒时应按照不同型别选取不同的培养条件。     

2018-2021年湖南省长沙市活禽市场外环境禽流感病毒监测以及禽类职业暴露人群血清学分析

目的 了解2018—2021年湖南省长沙市活禽市场外环境禽流感病毒的分布特点、污染情况以及职业暴露人群的血清学检测结果,为人感染禽流感防控和政策制定提供科学依据。方法 2018年1月1日至2021年12月31日,收集长沙市活禽市场外环境样本,采用实时荧光反转录聚合酶链式反应法检测禽流感病毒核酸,血清样本采用马血球血凝抑制实验（HI）检测血清中的H5N6、H7N9抗体,火鸡血球检测血清中H9N2抗体。运用SPSS 19.0软件对数据进行统计分析,比较不同样本类型、不同地区以及不同监测时间阳性率的差异。结果 2018—2021年共采集活禽市场外环境样本813份,禽类职业人员血清样本150份,禽流感病毒平均阳性率为64.58%,其中2019—2021年阳性率逐年升高,其中H9型254份,为阳性检出数量最多的型别。6类不同类型的样本中,笼具表面擦拭样本的阳性率最高（79.03%）,禽类咽拭子最低（10.00%）。岳麓区的禽流感病毒阳性率最高,占94.67%。在时间分布上,平均阳性率最高的是第四季度（67.50%）,最低的是第三季度（57.82%）,呈夏季阳性率低于冬季的情况。禽类职业暴露人员血...     

长沙市2014—2019年31株风疹病毒基因型流行特征

目的 对2014—2019年长沙市风疹病毒进行分子流行病学、基因特征及溯源研究。方法 风疹疑似患者鼻咽拭子先通过荧光逆转录聚合酶链反应（real time-PCR, RT-PCR）进行风疹病毒核酸检测,风疹病毒阳性标本再进行RT-PCR扩增E1基因片段,序列拼接后构建进化树及氨基酸同源性分析。结果 截至2019年10月31日,收集到市区上送风疹疑似病例标本1 726份,其中阳性87份（5.04%）,2014年至2019年风疹阳性率分别为1.27%（6/471）、1.70%（4/235）、1.83%（4/218）、0%（0/133）、11.18%（18/161）和10.83%（55/508）。2018年开始风疹病例显著增多。感染人群中62.07%（54/87）分布于10~20岁。本研究共获得31株风疹病毒序列,2014年3株2B型,1株1E型;2016年1株2B型;2018年10株1E型;2019年16株1E型。GenBank序列号为MN251800-MN251830。进化树分析显示2018—2019年毒株与香港地区本土循环流行的1E基因型毒株位于同一分支,区别于2018年以前长沙市地区流行的毒株。毒株之间的核苷酸同源性为99.5%~100.0%,与WHO参考株核苷酸同源性为96.0%~96.4%。E1基因第324位A突变为T,第329位F突变为L,关键位点未发生变化。结论 2018—2019年长沙地区风疹流行毒株为不同地区同一1E基因型毒株感染造成,应加强本地学生及成年人中风疹疫苗接种计划及风疹病毒学的监测。     

长沙市柯萨奇病毒A2型和A5型全基因组序列特征分析

目的 了解长沙市柯萨奇病毒A2型（coxsackievirus A2, CV-A2）和A5型（coxsackievirus A5, CV-A5）的序列分子特征及进化趋势。方法 采用二代测序技术获得CV-A2和CV-A5的全基因组序列,进行同源性和进化树分析,使用SimPlot查看毒株序列重组区域。结果 获得长沙市2019年手足口病常规监测病例中CV-A2和CV-A5毒株全基因组序列。CV-A2毒株命名为S281/Changsha/CHN/2019,基因组全长7 422 bp。CV-A5毒株命名为S272/Changsha/CHN/2019,基因组全长7 425 bp。CV-A2全基因组序列与国内CV-A2毒株进行同源性分析发现,非结构蛋白区比结构蛋白区同源性低。CV-A2毒株与原型株Fleetwood（NC038306）相比同源性为79.20%,与湖北省CV-A2毒株（MN419014）同源性最高为95.60%,但非结构蛋白3C和3D区同源性最低,分别为90.51%和92.06%。进化树分析发现3C和3D区位于CV-A4分支。非结构蛋白区新增多个氨基酸突变位点,结构蛋白区氨基酸序列保守。基因重组分析发现CV-A2毒株在3C和3D区存在重组现象。对CV-A5全基因组序列分析发现,与国内CV-A5毒株相比,非结构蛋白区比结构蛋白区同源性低。全基因组序列与CV-A5原型株Swartz（AY421763）相比同源性为80.7%,与澳大利亚毒株（MH111030）相比同源性最高为97.43%,进化树分析发现与MH111030位于同一分支,证明CV-A5为输入型毒株。CV-A5毒株结构蛋白区氨基酸序列保守。结果 长沙市CV-A2毒株为重组毒株,CV-A5毒株为国外输入型。本研究可帮助了解长沙地区CV-A2和CV-A5的全基因组特征,为了解柯萨奇病毒的进化趋势及遗传特征提供理论数据,以便及时有效地阻断疾病传播。