细菌泛基因组学的研究

细菌是自然界中最古老的生物种群之一,不同菌种之间甚至是同一种菌的不同株系之间也具有丰富的遗传多样性,在表型特征上具有明显分化,这些分化的遗传基础主要源自菌株之间的基因组遗传信息的差异.为了更全面地在基因组水平上揭示细菌种内个体间的遗传多样性,进一步探寻个体间的系统发生关系和个体间表型差异的遗传基础,科学家提出了细菌泛基因组学的概念,该文对细菌菌种遗传多样性的形成机制、泛基因组的研究策略及其在细菌研究中的应用和进展等作一综述.     

观察佛波脂和二甲基亚砜联合诱导人肺腺癌GLC分化过程中的形态和超微结构

目的 探讨佛波脂(TPA)和二甲基亚砜(DMSO)联合诱导分化剂对人肺腺癌GLC细胞形态的影响。方法 采用细胞计数，光镜、扫描电镜与透射电镜观察，经过TPA和DMSO联合诱导的人肺腺癌GLC细胞增殖以及形态和超微结构的变化。结果 经过联合诱导分化剂作用后，细胞增殖受到抑制，细胞体积增大，呈现扁平铺展状态，细胞核质比例变小，核仁数量减少。细胞表面微绒毛减少，细胞边缘丝状伪足减少，片状伪足增多，核形态较规则，核内异染色质减少，常染色质增多，细胞质中的细胞器数量增多，结构趋于正常。结论 TPA和DMSO联合诱导能够一定程度改变GLC细胞恶性形态结构特征并对GLC细胞具有一定的诱导分化作用。     

非靶向代谢组学方法研究布鲁氏菌病患者血清中代谢产物的变化规律

目的基于非靶向代谢组学方法探索布鲁氏菌感染人体后血清中小分子代谢产物的变化, 筛选具有代表性的生物标志物。方法将2019年1月至2021年12月在包头市疾病预防控制中心布鲁氏菌病(简称布病)门诊收集的109份血清样本, 根据临床诊断分为布病急性期组(n = 40)、慢性期组(n = 35)以及健康组(n = 34)。采用超高效液相色谱-四极杆飞行时间质谱技术, 对血清进行检测, 筛选差异代谢产物, 并利用受试者工作特征曲线对差异代谢产物进行布病预测能力评估。通过京都基因和基因组百科全书(KEGG)通路分析筛选富集通路, 确定受显著影响的代谢途径。结果急性期组与健康组之间筛选出17种差异代谢产物, 慢性期组与健康组之间筛选出12种差异代谢产物, 共有5种差异代谢产物(油酸酰胺、亚油酸酰胺、硬脂酰胺、棕榈油酸、α-亚麻酸)水平在3组间有统计学意义(F = 16.84、17.52、14.31、13.01、20.76, 均P < 0.05)。KEGG通路分析显示, 急性期组的差异代谢产物主要富集在乙醚脂质代谢、甘油磷酸酯代谢、鞘脂信号、鞘脂代谢通路;慢性期组的差异代谢产物主要富集在甘油磷...     

“全健康”理念下的人兽共患病防控研究-基于CiteSpace的文献计量分析北大核心CSCD

目的以"全健康"概念为指导理念,对比和探讨国内外人兽共患病的防控研究现状和热点,为我国人兽共患病的防控提出建议。方法选取CNKI和WoS2001年-2020年的人兽共患病防控相关研究文献,通过CiteSpace5.7.R3软件对文献的作者、发文机构、关键词等进行可视化聚类分析,并绘制相关图谱。结果经过去除无作者文献、会议、访谈等无效文献,共获得中文文献10 363篇,英文文献38 419篇,时间跨度为2001年1月1日-2020年12月31日。中英文文献数量均呈增长之势,但英文文献增长幅度更大。分析显示,在人兽共患病的防控方面,国家合作关系较为良好,中国同其他国家存在密切合作关系,中英文文献作者及发文机构之间均未能形成良好的合作关系,仅有少量稳定的合作团体。此外,中英文文献热点关键词存在差异,两者关注侧重点不同。结论目前,人兽共患病防治形势严峻,应当以"全健康"理念为指导,加强跨学科、跨部门等之间的合作,打造"全健康"体系,致力于人兽共患病的防控。     

钩端螺旋体基因组学及蛋白组学研究进展

钩端螺旋体(简称钩体)可以引起严重的人兽共患病,是威胁人类健康的传染病之一.课题组率先开展了对中国主要致病流行株56601的全基因组测序工作,测序结果显示钩体有两条染色体,共编码4 727个基因,后经重新注释为3 718个基因.基于56601株的参考序列,对其减毒株IPAV的测序结果表明,除了有101个基因出现突变之外,IPAV株基因组的大小及基因结构组成与56601株相同.基于基因组序列,课题组设计并合成了钩体的基因组芯片,开展了比较基因组学及转录组学的研究.比较基因组学研究结果显示,钩体的核心基因有2 917个,变异基因有275个,并首次发现钩体基因组中存在2个基因岛.模拟体内外钩体生长的温度条件进行转录组学分析,共发现106个基因差异表达,分属9类不同的功能;对有毒株56601及减毒株IPAV进行转录组学分析,发现了差异上调表达的22 kb的类噬菌体片段.对体外培养的56601株进行蛋白组学分析,鉴定出2 540个蛋白,进一步对这些蛋白进行磷酸化、乙酰化及甲基化的修饰进行分析,发现了32个磷酸化位点、46个乙酰化位点和155个甲基化位点.通过分析发现,钩体蛋白的很多修饰方式类似于真核生物,提示钩体在进化上比较特殊.比较毒力株56601与减毒株IPAV的蛋白组异同,一致表达的蛋白1 627个,差异表达的蛋白402个.基于以上基因组学及蛋白组学研究,课题组进一步开展了对钩体相关功能基因的研究,这些研究均为揭示钩体的致病机制、开发钩体的疫苗及诊断试剂、最终防控钩体病奠定了基础.     

铁离子对副百日咳鲍特菌生长的影响

目的研究铁离子对副百日咳鲍特菌体外培养的影响。方法在ss肉汤培养基中分别加入不同浓度的铁离子螯合剂,并设加硫酸亚铁的铁离子组为对照组,绘制不同培养条件下副百日咳鲍特菌的生长曲线,比较副百日咳鲍特菌在低铁和高铁环境下的生长情况。采用721可见分光光度计测定600nm波长下的菌液吸光度值,副百日咳鲍特菌的生长起始吸光度值为0．15—0．20,37℃振荡培养。结果对照组的副百13咳鲍特菌在22h开始进入对数生长期,经20h后进入平台期。在加入终浓度为0、50、100、200μmol／L铁离子螯合剂的ss肉汤培养基中,副百日咳鲍特菌均在46h后进入对数生长期,对数生长期的时间与对照组相近。当铁离子螯合剂浓度达300μmol／L时,副百日咳鲍特菌不再生长。结论副百日咳鲍特菌的生长需铁离子的存在,副百日咳鲍特菌的生长在高浓度和低浓度铁离子环境下有显著差异。     

百日咳鲍特菌铁离子相关分泌蛋白研究

目的探讨儿童呼吸道致病菌之一百日咳鲍特菌不同铁离子培养条件下分泌蛋白质组的差异以及与其致病的关系。方法百日咳鲍特菌分别在加铁、加铁螯合剂和加铁加镁的包-姜氏培养基中培养,于对数生长期（培养48h）收集细菌,分别用三氯乙酸-丙酮沉淀法制备分泌蛋白,制备的分泌蛋白做MALDI-TOF MS质谱分析,并进行分泌蛋白的细菌亚细胞定位和分子信号肽预测。结果加铁培养从47h开始细菌生长进入平台期,加铁离子螯合剂组细菌随铁离子螯合剂的增加而趋于不生长状态,加铁加镁组细菌在培养至47h时缓慢生长;百日咳鲍特菌在3种培养条件下的蛋白亚细胞定位分别为：加铁组胞质蛋白326个,内膜蛋白61个,分泌蛋白3个,外膜蛋白13个,周质蛋白33个,未知蛋白201个;加铁螯合剂组胞质蛋白466个,外膜蛋白21个,周质蛋白63个,内膜蛋白66个,分泌蛋白3个,未知蛋白160个;加铁加镁组胞质蛋白601个,内膜蛋白97个,分泌蛋白5个,外膜蛋白26个,周质蛋白7个,未知蛋白185个。结论通过亚细胞定位和分子信号肽预测,锁定百日咳鲍特菌6个分泌蛋白,其中3个分泌蛋白核糖核苷二磷酸激酶（NDPK）、假定输出蛋白和血清三型菌毛亚单位是本研究首次发现的百日咳鲍特菌分泌蛋白。     

住院患儿临床分离碳青霉烯类耐药肺炎克雷伯菌分子流行病学特征

目的研究住院儿童患者中碳青霉烯类耐药肺炎克雷伯菌(CRKP)流行特征及耐药机制,为抗菌药物合理应用和医院感染防控提供科学依据。方法收集2014年1月-2016年12月16株来自儿科病房[普通儿科和新生儿重症监护病区(NICU)]的CRKP,采用自动化仪器法或纸片扩散法(K-B法)检测其对常用抗菌药物耐药性,乙二胺四乙酸(EDTA)协同试验和3'-氨基苯硼酸(APB)协同试验进行碳青霉烯酶表型分析,PCR扩增及DNA测序进行碳青霉烯酶基因型确证,脉冲场凝胶电泳(PFGE)检测菌株间基因相关性。结果 16株CRKP菌株对多黏菌素E、阿米卡星、喹诺酮类等抗菌药物均敏感,对β内酰胺类抗菌药物高度耐药,对头孢菌素耐药率均为100%,对亚胺培南、美罗培南、厄他培南的耐药率均是100%。PCR及DNA测序显示16株CRKP中1株产blaNDM-16,1株同时产blaNDM-16和blaNDM-5,2株产blaIPM-34,2株产blaIPM-4,其他10株未检出碳青霉烯酶相关基因,仅产Amp C酶DHA-1或超广谱β内酰胺酶(ESBL)CTX-M-65、CTX-M-15、CTX-M-3;PFGE分型显示,其中部分菌株具有相关性。结论该院儿科病房的CRKP主要是产ESBL酶CTX-M-65、CTX-M-15、CTXM-3和Amp C酶DHA-1,仅部分产B类金属酶NDM-16和NDM-5。     

比较VITEK-2和三种商品化达托霉素E试验条对金黄色葡萄球菌的药敏试验结果

正虽然近年来报道MRSA的发生率有所降低,但MRSA仍然是医院感染的重要病原菌。达托霉素是对革兰阳性菌(包括MRSA)具有抗菌活性的环脂肽类抗生素。本品2006年/2007年美国食品药品监督管理局已批准用于治疗复杂性皮肤和皮肤结构感染、血流感染和合并金黄色葡萄球菌(金葡菌)右侧感染性心内膜炎。过去十年来,使用达托霉素治疗MRSA感染的病例增多,导致出现达托霉素敏感性降低的MRSA菌株。最近对达托霉素敏