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1.
目的 了解中国鼠疫耶尔森菌不同分离株之间的染色体结构差异,探索染色体重排在鼠疫菌中发生的原因及用于菌株遗传特征识别和亲缘关系分析的可能性.方法 以完成全基因组测序的首株鼠疫菌株CO92(美国)为参考株,以从中国分离出的已完成全基因组测序的4株鼠疫菌株(内蒙古91001、云南剑川D182038、云南玉龙D106004、西藏那曲Z176003)为对比株,根据美国国立生物技术信息中心网站(http://www.ncbi.nlm.nih.gov/genome)上公布的这5株鼠疫菌的染色体序列及染色体上所有编码基因序列间的相似性,将鼠疫菌染色体人为的划分成多个大的DNA节段(染色体板块),确定这些板块在不同鼠疫菌株间排列方式的差异以及板块之间的断裂区片段的基因组成;根据菌株两两比较所得的重排差异结果,分析菌株间的亲缘关系.结果 除Z176003菌株外,CO92、D182038、D106004、91001菌株可被分成44个相对独立的染色体板块,板块内部基因组成和排列高度稳定,板块之间可以相对移动.与参考株CO92菌株比较,D182038、D106004菌株染色体均存在13处重排,Z176003菌株染色体存在14处重排,91001菌株染色体存在37处板块排列顺序的改变.菌株间两两比较,D106004与Z176003菌株之间仅有8处染色体板块排列方式不同,表明二者的亲缘关系最为接近.CO92菌株染色体上的相邻板块之间存在43个断裂区,有39个断裂区的DNA片段含有插入序列,其中25个插入序列为IS100.结论 鼠疫菌基因组具有一定的流动性,不同菌株间的染色体结构存在较大差异,染色体重排事件发生的原因与其拥有的插入序列密切相关.菌株间染色体的重排差异,能用于菌株遗传特征的识别和亲缘远近关系的分析. 相似文献
2.
目的 建立《中国甲类传染病菌种资源库》,选择适当的指标,以反映中国鼠疫菌种的遗传背景。方法 使用传统的和分子生物学方法,测定中国鼠疫菌种代表菌株的遗传特征。并对遗传特征的分布及其意义进行分析。结果 利用6项指标,将中国的鼠疫菌划分成15种遗传型,每一型占据一片相对独立的而又自相延续的地理空间。分析遗传型之间的亲缘关系,并根据菌株间的差异,追溯鼠疫耶尔森菌作为一个生物种形成后的进化过程。结论 中国各鼠疫自然疫源地存在着不同特征的鼠疫菌株,但为达到对菌株认同的目标,还需要确定更多的遗传指征。 相似文献
3.
用多引物聚合酶链反应检测鼠疫耶尔森菌 总被引:2,自引:1,他引:2
目的建立多引物检测鼠疫耶尔森菌(鼠疫菌)的PCR(M-PCR)方法.方法合成4对引物,分别来源于质粒和染色体DNA上F1、pla、Hms、Inv基因,对164株鼠疫菌进行扩增.结果在164株鼠疫菌中,有152株菌4种基因扩增均阳性,仅云南省12株Hms基因扩增为阴性.结论采用M-PCR方法检测鼠疫菌DNA具有较好的敏感性、特异性和稳定性,其可作为检测与鉴别鼠疫菌和疫情监测方面快速诊断的方法. 相似文献
4.
目的 测定和分析我国新发现的鼠疫自然疫源地鼠疫菌株(耶尔森菌)的全基因组序列,探讨玉龙疫情菌株(D106004)与邻近两个疫源地剑川菌株(D182038)和西藏菌株(Z176003)的亲缘关系。方法 采用全基因鸟枪法及Solexa方法对3株鼠疫菌株进行全基因组测序,并进行比较基因组学分析。基因组间编码序列比较分析采用BLAST软件进行,基因组间重排分析采用MAUVE软件进行。结果 鼠疫菌株D106004、D 182038、Z176003均具有1个染色体和3个质粒,菌株间染色体、质粒特征基本相似;3株菌株间编码序列的蛋白相邻类的聚簇(COG)功能分类及插入序列数目比较差异无统计学意义(x2值分别为3.03、0.257,P均>0.05)。菌株间编码序列、单核苷酸多态性(SNPs)和基因组重排结果显示,在3株菌株中,有2882个基因具有100%的同源性。其中D106004菌株预测的3636个基因中与D182038菌株一致的基因有2994个,90%以上相似的基因有240个;与Z176003菌株一致的基因有3113个,90%以上相似的基因有200个;D106004菌株与Z176003、D182038菌株的同义SNPs数为59、68个,非同义SNPs数为104、203个;D106004与Z176003菌株之间可分为11个重排片段,较之D106004与D182038菌株之间的16个重排片段数目明显减少。结论 3株鼠疫菌株基因之间具有高度同源性,D106004与Z176003菌株之间的亲缘关系较之与D182038菌株更为接近,玉龙疫源地菌株可能是由西藏疫源地菌株进化而来。 相似文献
5.
PCR方法快速检测炭疽芽孢杆菌 总被引:4,自引:0,他引:4
目的:快速检测炭疽芽孢杆菌。方法:质粒提取及PCR扩增。结果:用两对引物扩增,阳性样本可分别扩出两条877bp和1089bp左右的条带,阴林样本未扩增出。结论:所采用的方法可快速检测出环境中的炭疽芽孢杆菌,并可对其致病性进行评价。 相似文献
6.
目的 在大肠埃希菌中克隆表达鼠疫菌特异基因(YPO1089.pst、ymt),分析重组蛋白的抗原性.方法 利用PCR技术扩增目的 基因,PCR产物经纯化、双酶切后,与质粒载体pET-30a(+)相连接并转化大肠埃希菌BL21(DE3)感受态细胞.经异丙基硫代-β-D-半乳糖苷(IPTG)诱导表达目标蛋白,并进行10%的变性聚丙烯酰胺凝胶电泳,蛋白免疫印迹分析其特异性,最后采用亲和层析法纯化诱导表达的融合蛋白.结果 成功构建了pET-YPO1089、pET-pst和pET-ymt 3个重组表达质粒,经优化诱导表达条件,重组的rYP01089、rPst和rYmt在大肠埃希菌中均得到了稳定高效地表达;免疫印迹结果表明重组的rPst可与鼠疫阳性血清发生特异性的免疫反应;目标蛋白经纯化后纯度可达95%以上.结论 鼠疫菌的特异性抗原能够在原核蛋白表达系统中获得高效表达,rPst具有敏感且特异的免疫学特性,实验结果为开发新型鼠疫诊断试剂奠定了基础. 相似文献
8.
目的比较健康人和肿瘤患者外周血来源的CIK细胞的体外扩增速度、细胞表型和杀伤活性;观察健康人CIK细胞对裸鼠体内移植瘤的预防和治疗作用。方法常规无菌采集健康人和肿瘤患者外周血单核细胞各10份,定向诱导成CIK细胞,然后直接活细胞计数法比较两者的扩增速度;流式细胞仪检测比较两者细胞表型;MTT法比较两者对K562和LOVO细胞株的杀伤活性。取30只裸鼠分为3个组,预防组:裸鼠先尾静脉注射CIK细胞,连续5天,第6天背部皮下接种A549细胞。治疗组:裸鼠于第一天接种A549细胞,次日,分为3组,第一组局部(接种A549部位)注射CIK细胞;第二组尾静脉注射CIK细胞;第三组局部(接种A549部位)及尾静脉均注射CIK细胞,均连续治疗5天。对照组:裸鼠,第一天背部皮下接种A549细胞,第二天开始在尾静脉注射生理盐水,连续5天。四周后处死全部裸鼠,测量肿瘤大小,称重,计算肿瘤体积,抑瘤率,并做病理检查。结果健康人CIK细胞的扩增速度显著高于肿瘤患者CIK细胞(P〈0.05);流式细胞仪检测显示健康人CIK细胞CD3^+CD8^+、CD3^+CD56^+细胞百分比显著高于患者CIK细胞(P〈0.05);健康人CIK细胞对K562,LOVO的杀伤活性强于患者CIK细胞(P〈0.05)。对照组各裸鼠背部皮下移植瘤出现较早,并且以相近速率快速生长,体积较大;CIK细胞预防组及治疗组中局部注射组和尾静脉注射组的移植瘤出现较晚,生长较慢,体积较小,联合治疗组治疗效果更佳(P〈0.05)。结论体外实验中,健康人CIK细胞体外扩增快,CD3^+CD8^+、CD3^+CD56^+细胞比例高,对肿瘤细胞的杀伤活性强于肿瘤患者CIK细胞。动物实验中,健康人CIK细胞对裸鼠移植瘤有预防和治疗作用。 相似文献
9.
目的发展一种快速、敏感、特异的检测鼠疫耶尔森菌方法。方法应用荧光定量聚合酶链反应(PCR)技术,针对pMT1质粒上的caf1基因,pPCP1质粒上的pla基因,染色体上的与色素沉着相关的hms基因和侵袭素inv基因设计TaqMan引物探针,进行荧光定量PCR检验,评价方法的特异性、敏感性;构造并应用上述引物探针的外标对照定量;构造pla的内标对照,采用多重荧光定量PCR(FAM,VIC荧光检测),发现假阴性;采用UDG抗污染、ROX参照荧光染料矫正背景噪音,提高检验能力;检验模拟鼠疫耶尔森菌强毒株和EV菌感染的动物脾脏器样本,评价该法在实际工作的应用。结果设计的引物、探针特异性良好,pla、f1、hms指标的敏感性分别是最低检出10拷贝、1拷贝、1拷贝。结论该方法能快速、灵敏、特异检出鼠疫耶尔森菌,对鼠疫监测、预防生物恐怖等方面具有重要意义。 相似文献
10.
目的 应用基因组中多位点串联重复序列遗传标记对不同地区88株炭疽芽胞杆菌进行基因分型。方法炭疽芽胞杆菌染色体DNA基因组中存在着串联重复序列。在串联重复序列两侧设计引物,PCR扩增,琼脂糖和聚丙烯酰胺凝胶电泳,凝胶影像分析软件对PCR扩增产物碱基含量进行测算,并与测序结果进行比较,计算出串联重复拷贝数,对拷贝数进行聚类分析。结果 (1)聚类分析发现,88株菌株可分为三大群,45个基因型,基因型与生态环境存在一定的关系。就某一地区炭疽暴发而言,其可变数目串联重复序列遗传标记具有相似性。(2)研究发现,A16R疫苗株作为中国的疫苗株具有代表性。结论 炭疽芽胞杆菌基因组中的串联重复序列具有遗传稳定性和特异性,可作为炭疽芽胞杆菌基因分型的指标,在炭疽暴发和生物恐怖事件中的病原体溯源上具有重要的意义。 相似文献