肠道病毒71型北京分离株全基因组序列分析

目的 了解2008年北京地区肠道病毒71型(EV71)分离株的全基因序列特点.方法 收集北京地区手足口病患儿的咽拭子样本12份,对其中1份样品08YM-3,经Vero细胞分离培养,提取病毒RNA.利用RT-PCR和5'、3'RACE扩增EV71全长基因.对PCR产物克隆和测序.利用DNAStar软件包的MegAlign进行核苷酸序列分析,构建系统进化树.结果 分离的EV71病毒株经过扩增后克隆得到3个涵盖EV71全基因组的阳性质粒,测序后拼接为EV71全基因组,命名为BJ08株.BJ08的5'非编码区(UTR)、P1、P2、P3、3'非编码区(UTR)和全基因组的核苷酸与C4亚型的参考序列同源性均最高,分别为95.6%～96.7%、88.3%～96.1%、78.1%～94.0%、90.8%～94.6%、85.9%～94.1%和90.9%～93.9%.BJ08株与其他亚型各区段的核酸同源性均低于90%.在全基因序列与VP1区构建的系统进化树中,BJ08株均与C4亚型在同一分支.BJ08株与C4亚型参考株VP1区的6个亚型相关氨基酸序列一致,VP1抗原性表位(92～107aa)无变异.结论 北京BJ08 EV71病毒分离株为C4业型.     

2008年柯萨奇病毒A组1 6型北京地区分离株全基因组序列分析

中国近年的手足口病(HFMD)流行中呈柯萨奇病毒16(CA16)和肠道病毒EV71交替或共同流行的趋势,目前GenBank数据库中CA16全基因组序列较少,本研究对北京地区2008年的1株CA16全基因组序列进行测定.     

我国肠道病毒71型（EV71）疫苗株生物信息学分析

目的 比较3个EV71疫苗株病毒的生物信息学特点,为疫苗的质控和探讨该病毒疫苗的免疫机制提供参考.方法 本研究利用DNAstar MegAlign、DNAMAN Alignment、ANtheProt等生物学软件,比较了我国已进入临床试验的3家EV71全病毒灭活疫苗毒株的基因组及氨基酸序列,并对英衣壳蛋白二级结构及可能存在的抗原表位进行了预测分析.结果 3个疫苗株病毒基因同源性为97％～99％;氨基酸同源性为98％～99％;二级结构一致率在95％以上;均存在35个潜在抗原表位区域.结论 3个疫苗株生物信息学分析结果存在高度的一致性,提示疫苗具有相似的抗原性和免疫原性.     

61例慢性肺心病左心功能改变观察

为探讨慢性肺心病患者左心功能的改变，本文采用左右心功能同步检测仪，对61例慢性肺心病患者进行同步左右心功能测定，并讨论其临床意义。     

江苏省2012年柯萨奇病毒B组3型分离株全基因序列分析

目的探讨2012年江苏省手足口病（HFMD）患者临床样本中分离得到的3株柯萨奇病毒B组3型（CVB3）病毒的全基因序列特点。方法采集江苏省东海县和邳州市2012年HFMD患儿的咽拭子或肛拭子样本16份,经Vero细胞分离培养得到3株CVB3病毒,利用RT-PCR扩增CVB3全长基因。利用DNAStar软件包的MegAlign进行核苷酸序列分析,构建系统进化树,并对CVB3的毒力位点进行比较。结果扩增得到覆盖CVB3全基因组的3个片段,拼接后为CVB3全基因组,分别命名为DH09Y/JS/2012、DH16G/JS/2012和PZ23Y/JS/2012。同源性分析结果显示,该3株分离株之间同源性为87.6%~98.9%,与原型株（Nancy）的核苷酸同源性分别为80.5%、80.4%和81.2%。3个毒株均属于D2亚型。邳州市分离株和东海县2株毒株VP1区的同源性为91.8%~92.3%,分属于D2a和D2b两个不同分支。3株分离株除5′UTR的GUAA/GCAA模序和VP2的151位氨基酸外,其余毒力位点与近年引起心肌炎、无菌性脑膜炎等重症CVB3流行株一致。结论引起2012年江苏省HFMD的CVB3为D2亚型,不同地区流行D2a和D2b两个分支,此次分离株主要毒力位点与近年来CVB3流行株一致。     

肠道病毒71型北京分离株全基因组序列分析

目的 了解2008年北京地区肠道病毒71型(EV71)分离株的全基因序列特点.方法 收集北京地区手足口病患儿的咽拭子样本12份,对其中1份样品08YM-3,经Vero细胞分离培养,提取病毒RNA.利用RT-PCR和5'、3'RACE扩增EV71全长基因.对PCR产物克隆和测序.利用DNAStar软件包的MegAlign进行核苷酸序列分析,构建系统进化树.结果 分离的EV71病毒株经过扩增后克隆得到3个涵盖EV71全基因组的阳性质粒,测序后拼接为EV71全基因组,命名为BJ08株.BJ08的5'非编码区(UTR)、P1、P2、P3、3'非编码区(UTR)和全基因组的核苷酸与C4亚型的参考序列同源性均最高,分别为95.6%～96.7%、88.3%～96.1%、78.1%～94.0%、90.8%～94.6%、85.9%～94.1%和90.9%～93.9%.BJ08株与其他亚型各区段的核酸同源性均低于90%.在全基因序列与VP1区构建的系统进化树中,BJ08株均与C4亚型在同一分支.BJ08株与C4亚型参考株VP1区的6个亚型相关氨基酸序列一致,VP1抗原性表位(92～107aa)无变异.结论 北京BJ08 EV71病毒分离株为C4业型.     

61例慢性肺心病左心功能改变观察

６１例慢性肺心病左心功能改变观察董志芳，姚昕，孙培英（杭州市第四医院邮编３１０００２）为探讨慢性肺心病患者左心功能的改变，本文采用左右心功能同步检测仪，对６１例慢性肺心病患者进行同步左右心功能测定，并讨论其临床意义。１资料及方法１．１病例选择：随机抽...     

肠道病毒71型北京分离株全基因组序列分析

目的 了解2008年北京地区肠道病毒71型(EV71)分离株的全基因序列特点.方法 收集北京地区手足口病患儿的咽拭子样本12份,对其中1份样品08YM-3,经Vero细胞分离培养,提取病毒RNA.利用RT-PCR和5'、3'RACE扩增EV71全长基因.对PCR产物克隆和测序.利用DNAStar软件包的MegAlign进行核苷酸序列分析,构建系统进化树.结果 分离的EV71病毒株经过扩增后克隆得到3个涵盖EV71全基因组的阳性质粒,测序后拼接为EV71全基因组,命名为BJ08株.BJ08的5'非编码区(UTR)、P1、P2、P3、3'非编码区(UTR)和全基因组的核苷酸与C4亚型的参考序列同源性均最高,分别为95.6%～96.7%、88.3%～96.1%、78.1%～94.0%、90.8%～94.6%、85.9%～94.1%和90.9%～93.9%.BJ08株与其他亚型各区段的核酸同源性均低于90%.在全基因序列与VP1区构建的系统进化树中,BJ08株均与C4亚型在同一分支.BJ08株与C4亚型参考株VP1区的6个亚型相关氨基酸序列一致,VP1抗原性表位(92～107aa)无变异.结论 北京BJ08 EV71病毒分离株为C4业型.