基于16S和23S rDNA基因芯片检测和鉴定七种临床常见病原菌

目的 以细菌16S rDNA和23S rDNA基因为靶序列建立可检测临床七种常见病原菌寡核苷酸芯片系统.方法 采用双重PCR扩增标本中靶细菌16S和23S rDNA基因片段.构建能同时检测肠出血性大肠埃希菌O157:H7、副溶血性弧菌、沙门菌、霍乱弧菌、单核细胞增生李斯特菌、空肠弯曲菌和志贺菌的寡核苷酸芯片,并考核芯片的检测特异性、灵敏度和重复性.采用所建立的寡核苷酸芯片检测81例腹泻患者粪便样本.结果 双重PCR可同时扩增上述七种病原菌的16S和23SrDNA基因靶序列.所研制的寡核苷酸芯片检测灵敏度可达103 cfu/ml,非靶细菌无阳性结果 ,不同批间和批内芯片的变异系数为3.89%～5.81%.寡核苷酸芯片检测粪便样本的阳性率为39.5%(32/81),与常规细菌学检查法检测结果 的符合率达到96.3%(78/81),菌种鉴定结果 符合率为96.8%(31132).结论 研究建立的寡核苷酸芯片法在检测七种病原菌时具有简便、快速、准确、高通量等优点,适合于临床样本检测及流行病学现场调查.     

实时荧光逆转录聚合酶链反应检测人类偏肺病毒方法的建立与应用

目的 建立一种快速、准确、特异的实时荧光逆转录聚合酶链反应方法(PCR),以检测人类偏肺病毒.方法 根据Hmpv-L基因序列设计引物和探针并对实时荧光PCR反应体系进行优化,提取总RNA,通过随机引物进行反转录反应;产生的cDNA通过实时荧光PCR进行鉴定.进一步评价实时荧光反转录PCR方法的特异性、灵敏度、重复性,对180例临床样本进行检测.结果 本实验所建立的实时荧光反转录PCR方法可准确、特异地检测人类偏肺病毒;该方法的灵敏度可达到1拷贝/μl;检测的批间和批内的变异系数均小于5%.180例肺炎和支气管炎患儿痰标本中共检测出28例人类偏肺病毒阳性,阳性率为15.56%(28/180);肺炎患儿检出率为15.60%(17/109);支气管炎患儿检出率为15.49%(11/71).男性患儿检出率18.56%(18/97),女性患儿检出率12.05%(10/83).患儿年龄小于2岁者检出率22.34%(21/94),2～5岁者检出率8.70%(6/69),大于5岁者检出率5.88%(1/17).结论 本研究建立的人类偏肺病毒实时荧光逆转录PCR方法快速、准确,结果可靠,实用性强;人类偏肺病毒已成为小儿呼吸道感染的重要病原体之一.     

泌乳期乳腺炎患者金黄色葡萄球菌感染毒素及荚膜抗原基因研究

目的研究分析泌乳期乳腺炎患者感染金黄色葡萄球菌中的细胞毒素、侵袭毒素及荚膜抗原基因携带状况,为临床治疗提供参考依据。方法收集2013年1-10月医院乳期乳腺炎患者病灶部体液中分离的金黄色葡萄球菌共20株,用spa基因PCR检测用作金黄色葡萄球菌的分子鉴定,再采用聚合酶链反应(PCR)的方法分析10种细胞毒素基因、6种侵袭毒素基因及2种荚膜抗原基因。结果 20株金黄色葡萄球菌每一株均有细胞毒素基因和侵袭毒素基因检出,共检出5种细胞毒素基因:hla、hlb、hlg-2、pvl、lukE;3种侵袭毒素基因:splB、lip、nuc;2种荚膜抗原基因:cap5基因阳性8株阳性率为40.0%,cap8基因阳性11株阳性率为55.0%,14号株cap5、cap8基因检测均为阴性。结论金黄色葡萄球菌中毒力因子的较高检出率是导致乳腺炎症的病理基础;对泌乳期乳腺炎金黄色葡萄球菌进行10种细胞毒素基因、6种侵袭毒素基因及2种荚膜抗原基因检测尚为国内首次报道。     

导流杂交基因芯片技术在肠道致病菌检测中的应用研究

目的建立导流杂交芯片技术检测粪便标本中8种肠道致病菌。方法以细菌16S rDNA和23S rDNA序列设计通用引物和寡核苷酸探针,将活性氨基标记的探针依次固定在BiodyneC膜上,制成检测芯片,用标记生物素的引物进行PCR扩增,将扩增产物与检测芯片在核酸分子快速杂交仪上进行杂交,以POD和TMB进行显色,判断结果;应用该方法检测8种肠道致病菌标准菌株和120份腹泻患者粪便标本,通过细菌培养结果比较该方法的有效性。结果120份临床粪便标本中,采用导流杂交芯片共检出68份（56.67%）携带肠道致病菌;细菌培养鉴定出63份（52.50%）携带肠道致病菌,其中58份导流杂交芯片与细菌培养结果一致,准确率为85.29%。结论导流杂交芯片技术能够快速准确检测8种常见肠道致病菌,而且适用于流行病学调查研究。     

344例超声异常胎儿全基因组拷贝数变异分析

目的分析在全基因组水平胎儿超声异常表型与染色体拷贝数变异(CNVs)的相关性。方法收集2019年7月—2021年1月共计344例孕妇,经胎儿系统超声提示异常,且自愿接受胎儿全基因组CNVs检测。在传统的染色体核型分析基础上,对胎儿样本进行染色体微阵列分析(CMA)。结果344例超声异常胎儿中,有结构异常胎儿223例,占64.83%,确诊染色体非整倍体变异20例,发现27例存在CNVs,检出变异CNVs 29个;有非结构异常胎儿121例,占35.17%,确诊染色体非整倍体变异共13例,发现5例存在CNVs,检出变异CNVs 6个。结论胎儿超声异常表型发生时,应采用全基因组CNVs补充检测,以降低缺陷儿出生率,尤其针对结构异常胎儿,全基因组CNVs检测可发挥较高的补充检测价值。