基于生物信息学的甲型流感病毒跨物种传播机制的研究——以H7N9为例

以甲型流感病毒（IAV）毒株的完整内部蛋白编码基因为基础,发现并分析IAV传播过程中出现的影响宿主嗜性类型的单个或相互作用的关键氨基酸位点,为研究IAV的人类宿主适应性突变提供依据。

在全球流感共享数据库（GISAID）EpiFlu^TM数据库中,根据查询条件获得43 671个IAV毒株对应的6个内部基因节段全长核苷酸序列,通过质控与去冗余后保留698个嗜人类亚型（HU）和1 266个嗜禽类亚型（AV）代表株,使用R代码比较2种嗜性类别代表株的氨基酸共义序列,获得氨基酸差异位点及其多态性,并对差异位点进行多位点组合分析。

AV与HU中H1N1、H3N2亚型代表株分别进行共有序列比对,各发现49个、57个保守差异位点。差异位点的多位点组合分析,在HU与AV间分别发现79个三位点组合与65个四位点组合。共有11个保守差异位点同时存在于2种组合内：PB2蛋白的271、684位点;PB1蛋白的336、486、581、621位点;PA蛋白的204、356位点;NP蛋白的33、305、357位点;M1和NS1中未发现符合条件的差异位点。

IAV的嗜人和嗜禽类毒株间在PB2、PB1、PA与NP蛋白中存在若干保守氨基酸差异位点,这些位点彼此间可能存在一定形式的互相作用并进而形成特定的组合,共同（而非各自）决定着病毒的宿主嗜性。

     

手足口病传播动力学模型的研究进展

手足口病是由多种肠道病毒引起的常见儿童传染病, 我国是全球手足口病报告发病、死亡最多的国家。掌握手足口病的流行规律, 可为防控措施的有效制定提供针对性的科学依据。传播动力学模型着眼于传染病的传播机制, 可通过增减、细分仓室来模拟真实情景开展疾病的流行规律研究, 灵活度较高, 受到研究者们的关注。为了更有效地开展手足口病的动力学模型研究, 全面了解该领域的相关研究进展是必要的。本文基于研究目的的不同对动力学模型的研究进展进行分类总结。回顾发现, 现在的文献多是使用SIR动力学模型或其扩展模型(如SEIR模型), 较少含有复杂的因素仓室, 研究或通过对某区域的手足口病数据拟合以获得某些重要流行病学参数(如基本再生数);或对不同干预场景进行模拟, 评估措施效果;或进行预测, 揭示未来流行趋势;也有一些文章考虑了模型中参数的影响因素, 尚无动力学模型同时考虑年龄结构、人口流动、季节性与周期性、疫苗接种等因素。