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目的 对引起遂宁市本土新型冠状病毒肺炎（COVID-19,简称新冠肺炎）疫情的新型冠状病毒（SARS-CoV-2）进行全基因组测序溯源、分子特征和变异情况分析。方法 对2022年3月31日—4月9日采集的遂宁市新冠肺炎本土疫情8例确诊病例的呼吸道样本提取病毒RNA,采用Illumina测序平台进行病毒全基因组测序,运用CLC Genomics Workbench(Version 20.0)软件进行序列拼接。从NCBI数据库中下载新冠病毒参考序列进行全基因组遗传进化和抗原变异情况分析。应用Nextclade和Pangolin在线病毒分析平台,判定病毒家系及型别,分析病毒的变异位点。应用进化分析软件构建病毒进化树分析病毒的来源和相关性。结果 病例1～8的SARS-CoV-2全基因组序列同武汉参考株（NC＿045512）序列相比,分别有69、68、68、69、70、70、70和70个变异位点,8条SARS-CoV-2全基因组序列均属于BA.2(Omicron)支系,是VOC/Omicron变异株（B.1.1.529进化分支）。病例1与外省部分本土病例SARS-CoV-2序列共享全部68个变异... 相似文献
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目的对新型冠状病毒(severe acute respiratory syndrome coronavirus 2, SARS-CoV-2)抗原检测试剂盒(胶体金免疫层析法)进行临床评价, 初步评价其应用于隔离人员筛查的效果。方法采集172位隔离人员的临床平行样本(分别用于核酸和抗原检测)共516份, 由研究人员和隔离人员分别采用胶体金免疫层析法进行SARS-CoV-2抗原的快速检测, 同时在实验室进行核酸检测, 计算阳性符合率、阴性符合率、总符合率和Kappa值。结果两种方法的总符合率为91.86%(95%CI:86.80%～95.09%), 一致性分析Kappa系数为0.527(95%CI:0.318～0.736), 0.4≤Kappa<0.8。研究人员和隔离人员自测结果的总符合率为99.42%(95%CI:96.78%～99.90%), 一致性分析Kappa系数为0.944(95%CI:0.836～1.000), Kappa>0.8。结论胶体金免疫层析法检测SARS-CoV-2抗原在发病初期及病毒载量较高时有较好的检测效果, 可应用于对隔离人员的现场筛查。但鉴于其方法... 相似文献
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目的 参照新型冠状病毒肺炎诊疗方案（试行第九版）中解除集中隔离和出院核酸检测标准比较17种新型冠状病毒核酸检测试剂的检测性能，为实验室核酸检测选择试剂提供参考。方法 选取2021-08/2022-03新型冠状病毒肺炎疑似病例呼吸道样本50份，经数字聚合酶链式反应（dPCR）检测确定样本阴阳性并对病毒核酸载量定量，再分别对17种检测试剂（编号为A～Q）进行评价。以Ct值35为限值判定检出数和检出率，利用各试剂的检测值做试剂间两两比对分析，对各试剂检检测值和dPCR检测值比对分析Ct值与核酸量的关系，以P<0.05为差异有统计学意义。结果 17种核酸检测试剂中15种试剂检测正常，阴性样本检出率在0%～35%之间，阳性样本检出率在39%～96%之间，各试剂间检出率和检测值均有一定差异且与检测靶标数、试剂检测最低限以及检测模板加入量没有相关性；核酸量在57 360 copies/ml以上各试剂均能检出，且检出能力随核酸量减少出现差异。结论 若检测结果不按照试剂盒说明书中Cut-off值而是按照Ct值35为限值判定，则15种试剂对较高病毒载量的样本均能有效检出，但各试剂的检测性能有一定差异... 相似文献
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目的 比较15种新型冠状病毒(COVID-2019)核酸检测试剂的阳性率，为新冠核酸检测实验室选择检测试剂提供参考。方法 挑选2021—2022年四川新型冠状病毒阳性样本50份，选取15种新型冠状病毒核酸检测试剂(编号A～O)，严格按照试剂说明书进行核酸检测，运用SPSS 22.0软件对实验结果进行卡方检验。评价15种试剂检测新型冠状病毒核酸阳性率和阴性率的差异是否具有统计学意义，检验水准α=0.05。结果 15种试剂的阳性检出率分别为试剂A 18.00%、试剂B 30.00%、试剂C 60.00%、试剂D 62.00%、试剂E 56.00%、试剂F 46.00%、试剂G 62.00%、试剂H 56.00%、试剂I50.00%、试剂J 30.00%、试剂K 54.00%、试剂L 60.00%、试剂M 32.00%、试剂N 68.00%和试剂O 40.00%，其中试剂N检出率最高(68.00%)，差异具有统计学意义(χ2=62.464,P<0.001)；试剂检测限试剂阳性率比较差异无统计学意义(χ2=7.808,P=0.099)；模板占体... 相似文献
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