云南省3株柯萨奇病毒A组10型分离株全基因组序列分析

目的 分析手足口病相关的柯萨奇病毒A组10型(coxsackievirus A10,CV-A10)云南省分离株的基因组特征.方法 对云南省2009年和2015年3例手足口病患儿临床样本中分离到的3株CV-A10分离株A103/YN/CHN/2015、A72/YN/CHN/2015和R09191/YN/CH N/2009...     

一株埃可病毒16型510/YN/CHN/2010的全基因组分析北大核心CSCD

目的分析一株埃可病毒16型(Echovirus 16,E16)云南分离株510/YN/CHN/2010全基因组序列及其遗传特性。方法设计针对E16的引物,提取病毒RNA,RT-PCR扩增病毒目的基因并测序,利用BioEdit 7.2.3、MEGA 7.0和Simplot 3.5.1软件分析其全基因组。结果E16510/YN/CHN/2010全基因组核苷酸序列全长7432 nt,是编码含2196个氨基酸的多聚蛋白。其全VP1和全基因组与原型株Harrington的核苷酸和氨基酸同源性分别为80.68%、49.33%和81.26%、97.26%。与其他埃可病毒原型株的全基因组核苷酸和氨基酸同源性分别为75.72%~88.44%和83.01%~87.65%。系统进化分析将E16分为3个基因型,分离株510/YN/CHN/2010和其他中国分离株均属于B基因型。重组分析显示,510/YN/CHN/2010株可能在非结构编码区的P2段重组。结论510/YN/CHN/2010分离株为E16 B基因型,可能为重组株。     

果蝇吡咯啉-5-羧酸还原酶的表达、纯化及理化特点

吡咯啉-5-羧酸还原酶(P5CRs)是普遍存在于原核和真核生物中的一种重要管家蛋白,其主要的功能是催化吡咯啉-5-羧酸(P5C)转化为脯氨酸,同时将NAD(P)H氧化为NAD(P)+.为揭示果蝇P5CR的聚合形式、酶学性质及晶体结构,提取了果蝇的总RNA,通过逆转录获得了cDNA,进而通过PCR获得了编码果蝇P5CR的cDNA片段;将此片段连接到pET-28a(+)载体上,在大肠杆菌(Escherichia coli)中得到了高效表达,依次经过硫酸铵分级沉淀、亲和层析及凝胶过滤层析得到了适合晶体生长的高纯度蛋白;通过EGS交联实验和凝胶过滤层析检测了P5CR在溶液中的聚合形式;应用分光光度法测定了果蝇P5CR的酶活性参数;采用悬滴气相扩散法筛选了P5CR的结晶条件并进行了优化.实验结果:(1)纯化后的蛋白样品经SDS-PAGE检测,结果显示,凝胶上已基本观察不到杂蛋白质条带,说明目的蛋白质纯度较高;(2)果蝇P5CR在溶液中的基本存在形式是十聚体,在此基础上可形成更大的聚合形式;(3)果蝇P5CR参与抗癌药物硫代脯氨酸的代谢,在该逆向反应中最适pH为高碱性,该酶在45℃的半衰期约15分钟;(4)筛选得到了果蝇P5CR的初步结晶条件(0.2mol/L Ammonium phosphate dibasic,20％ PEG3350 pH 8.0).     

一株分离自云南重症手足口病患者的柯萨奇病毒A组4型毒株的全基因组分析

目的:对从云南重症手足口病患者的粪便样品中分离出的1株柯萨奇病毒A组4型(coxsackievirus A4,CV-A4)毒株的全基因组特征和部分区段重组情况进行分析,为深入认识CV-A4的流行和分子进化提供基础数据。方法:分别使用人类横纹肌肉瘤(human rhabdomyosarcoma,RD)细胞、人胚肺二倍体(...     

2019年云南省手足口病相关的柯萨奇病毒A组10型分离株的全基因组分析

目的 分析2019年云南省昆明市手足口病相关的2株柯萨奇病毒A组10型(coxsackievirus A10,CVA10)分离株3R3/YN/CHN/2019(简称3R3)和4R3/YN/CHN/2019(简称4R3)的基因组特征。方法 对云南省2019年2例手足口病患儿的临床样本中分离到的2株CVA10毒株进行全基因组序列测定。利用MEGA7.0.26、Geneious9.1.4和SimPlot3.5.1软件分析全基因序列。结果 3R3和4R3毒株的基因组全长均为7 413 nt,全基因组核苷酸和氨基酸序列相似性分别为97.5%和99.4%。与CVA10原型株AF081300/Kowalik/USA全基因组进行比对分析,核苷酸序列相似性均为79.6%,而氨基酸序列相似性分别为95.1%和95.3%;与其他中国大陆CVA10全基因组序列的核苷酸相似性为93.2%～98.2%,氨基酸相似性为98.5%～99.4%。进化分析发现,2株毒株与近年来中国大陆CVA10流行株同属F基因型,位于F3亚型,与分离株KF999764/JL12-51/CHN/2012的同源性最高,形成一个小分支。经Si...