基于数据库构建乳腺癌焦亡相关基因的预后风险模型

目的 探究焦亡相关差异表达基因(DEGs)在乳腺癌中预后价值并构建预后风险模型。方法 从癌症基因组图谱(TCGA)和肿瘤基因表达数据库(GEO)官网下载乳腺癌的基因测序、临床数据,筛选焦亡相关DEGs。将乳腺癌患者进行聚类分析。在TCGA队列中以最小绝对收缩和选择算子(LASSO)方法建立模型。利用Kaplan-Meier生存曲线、受试者工作特征曲线(ROC)、单因素及多因素Cox回归独立预后因素分析等评价该模型。GEO队列为验证集。通过GO、KEGG、ssGSEA分析风险DEGs的富集情况。结果 筛选出焦亡相关DEGs,聚类分析可见C2组总生存期(OS)延长,差异有统计学意义(P=0.020)。该模型K-M生存分析显示,高风险组OS缩短(TCGA队列中P<0.001,GEO队列中P=0.018)。ROC曲线下面积(AUC)表明该模型具有一定预测能力。单因素、多因素Cox回归分析表明,年龄,M、N分期和风险评分为OS的独立预测因子。GO、 KEGG富集与ssGSEA分析证实了风险相关DEGs与免疫炎症因子和通路有关。结论 研究构建了由9个焦亡相关基因组成的乳腺癌预后风险模型,为乳...     

基于基因组学CRKP的RND外排泵分布及生物膜研究

目的 探讨耐药结节细胞分化(RND)外排泵在耐碳青霉烯类肺炎克雷伯菌(CRKP)中的分布情况及与生物膜形成的作用。方法 收集该院临床分离的CRKP菌株,采用Whonet5.6软件分析其标本来源、科室分布等;采用生物膜形成试验观察不同培养时间生物膜形成情况;采用二代测序数据分析RND外排泵基因、耐药基因、分子分型等;采用PCR扩增RND外排泵基因。结果 63株CRKP中87.3%来源于痰液,77.5%分离自重症监护室(ICU)。二代测序显示,多数菌株携带10余种耐药基因,55.6%菌株耐药基因与表型匹配;携带RND外排泵基因的61株菌株中,PCR扩增阳性23株(37.7%),荚膜血清型主要为KL64(95.7%);PCR扩增阴性38株(62.3%),荚膜血清型较分散,包括KL64(77.5%)、KL47(10.0%)、K50(7.5%)和K20(5.0%)这4种;24 h生物膜阳性31株(49.2%),36 h生物膜阳性48株(76.2%);RND阳性与阴性菌株的生物膜形成能力差异无统计学意义(P>0.05)。结论 CRKP主要分离自ICU老年患者,多数菌株存在RND外排泵基因但未...