加权重基因共表达网络分析识别慢性肾脏病 足细胞损伤关键节点基因MAGI 2

目的 通过加权基因共表达网络分析（WGCNA）识别慢性肾脏病（CKD）足细胞损伤相关的基 因模块与关键基因。方法 从基因表达综合数据库（GEO）中下载包含足细胞损伤体外模型及CKD 患者肾小 球组份的表达谱GSE66107、GSE93798、GSE30528、GSE32591 4 个数据集。利用R 软件包做数据预处理并选 取错误发现率（FDR）<0.05 及差异倍数≥ 1.5 作为差异表达基因（DEG）;结合数据集GSE993395（133 例 CKD 患者肾小球样本）用WGCNA 进行模块化分析并对模块内基因进行功能注释（GO）,根据GO 结果和 含有文献报道的足细胞标准基因（PSG ）情况确定足细胞损伤相关模块,根据模块内基因连接度（Kwithin） 挑选枢纽（hub ）基因;利用Cytoscape 软件及插件Cluego 构建足细胞损伤相关模块基因的加权共表达网络。 结果 4 个数据集共得到 趋势一致的DEG 7 957 个,其中15 个DEG 在4 个数据集中均有差异（coDEG）。 GSE993395 中包含的4 031 个DEG 被用于WGCNA 分析;最终得到12 个基因模块,其中green 模块包含最多的 coDEG 和PSG,进一步通过Kwithin 发现其中同时作为coDEG 和PSG 的MAGI 2 基因是其hub 基因之一。结论 WGCNA 表达网络分析方法是一个高效的系统生物学方法,应用该方法发现CKD 时关键节点基因MAGI 2 在 足细胞损伤中可能起到重要作用。     

微小RNA-130b在嘌呤霉素氨基核苷诱导的足细胞损伤中的作用及机制

目的探讨微小RNA-130b(miR-130b)在嘌呤霉素氨基核苷(puromycin aminonucleoside,PAN)诱导的足细胞损伤中的作用及机制。方法小鼠肾脏足细胞系MPC5予以PAN 25、50、100μg/mL干预,实时定量PCR检测MPC5细胞系内miR-130b及其宿主基因2610318N02Rik(RIK)表达;转染miR-130b抑制剂(miR-130b inhibitor)或对照(NC inhibitor)后予以PAN 100μg/mL刺激,24 h后采用Western blot检测足细胞裂孔膜蛋白Synaptopodin和Nephrin蛋白表达变化;采用鬼笔环肽染色检测足细胞骨架改变;采用流式细胞技术检测细胞凋亡变化;采用Targetscan 7.2预测miR-130b潜在靶基因,Western blot检测miR-130b模拟物(mimic)对于潜在靶基因PGC1α蛋白表达的影响;采用双荧光素酶报告基因系统检测miR-130b mimic对于荧光活性的影响。结果 PAN可以抑制足细胞内的miR-130b及宿主基因RIK表达;与转染NC inhibitor组比较,miR-130b inhibitor提高足细胞裂孔膜蛋白synaptopodin和nephrin表达;鬼笔环肽染色显示抑制miR-130b可以部分缓解PAN诱导的足细胞骨架紊乱及重组;流式细胞技术检测结果示干扰足细胞miR-130b表达可以减少PAN诱导的细胞凋亡;Targetcan 7.2分析显示PGC1α是miR-130b的潜在靶基因,Western blot结果显示,转染miR-130b mimic可以降低足细胞内PGC1α表达;双荧光素酶报告基因系统结果示,与NC mimic及突变的PGC1α3'-UTR共转染组比较,miR-130b mimic与野生型PGC1α3'-UTR共转染组荧光素酶活性降低。结论 miR-130b通过靶向抑制PGC1α表达参与PAN诱导的足细胞损伤。