克隆性造血对肿瘤体细胞突变检测的影响

克隆性造血（clonal hematopoiesis,CH）突变是造血干细胞（hematopoietic stem cell,HSC）携带的突变,是年龄和外在环境（吸烟、放化疗等）共同作用的结果。随着肿瘤基因研究的进展,基因检测已成为实体瘤患者全病程管理中一个重要的环节。目前CH在实体瘤中的价值越来越受到关注。将围绕CH的检出,详细阐述实体瘤患者组织样本及循环肿瘤DNA （circulating tumor DNA,ctDNA）样本中CH的检测方法,探讨CH对肿瘤体细胞突变检测的影响和挑战。     

基于二代测序技术的胰腺癌胚系变异携带情况及临床因素相关性分析

目的 探讨胚系变异在胰腺癌患者中的携带率及其相关的临床因素。方法 纳入271例胰腺癌患者,通过二代测序检测21个肿瘤易感基因的胚系变异,并分析胚系变异与发病年龄、家族史及个人史等临床因素的关系。结果 在未经筛选的胰腺癌患者中P/LP胚系变异的携带率为6.3%,遗传高危组（具备肿瘤家族史或个人史或早发性）胰腺癌患者中的携带率高达17.1%。胰腺癌患者中胚系变异频率较高的基因为PALB2、BRCA2和ATM。结论 胰腺癌患者中整体胚系变异的携带率不高,但在遗传高危组中显著升高,证明了临床因素在遗传性胰腺癌筛选中的重要性。     

高通量测序数据再分析在识别结直肠癌患者ERBB2扩增中的价值

目的评估未涵盖即ERBB2拷贝数变异(copynumbervariation,CNV)分析的高通量测序(highthroughput sequencing,HTS)数据再分析在识别结直肠癌患者ERBB2扩增中的价值。方法 回顾性分析经病理活检确诊为结直肠癌并接受外周血cfDNA高通量测序样本的检测数据252例。根据经免疫组织化学(immunohistochemistry,IHC)和/或荧光原位杂交(fluorescence in situ hybridization,FISH)判断为ERBB2未扩增样本的HTS数据,计算17号染色体(Chr17)reads数占总reads数的比例范围,初步确定其为识别ERBB2扩增的阈值。根据初步阈值筛选可疑阳性样本,通过数字PCR、IHC和FISH进行验证。结果 89例经IHC和/或FISH判定为ERBB2未扩增样本的Chr17 reads数与总reads数的比值为0.239±0.192 (0.188～0.299)。以均数的1.25倍0.298作为识别ERBB2扩增的阈值分析其余163例样本数据,发现7例疑似阳性,比值为0.302～0.853。其中5...     

分子诊断技术在新型冠状病毒核酸检测中的应用及发展

新冠肺炎疫情是百年来全球发生的最严重的公共卫生事件,其持续爆发凸显了快速准确的诊断分析是大流行得到控制的密钥.该文结合新型冠状病毒核酸检测现状和当前最新标准指南,对不同分子诊断技术进行评述,并对这些技术在未来传染病暴发中的应用和发展提出建议.     

血浆Septin9基因甲基化状态和水平在胃癌患者诊断和预后评估中的应用价值

背景与目的：胃癌是中国常见的恶性肿瘤之一，胃癌诊疗过程中仍缺乏高特异性、高灵敏度的生物标志物。甲基化的Septin9基因（methylated Septin9 gene,m SEPT9）在胃癌患者癌组织中特征性增高。本文旨在探讨胃癌患者血浆mSEPT9的表达及临床意义。方法：纳入2020年4月—11月在复旦大学附属中山医院检验科检测血浆m SEPT9(PCR荧光探针法）的221例诊断为胃癌的患者以及34例无疾病证据受检者，并应用ΔΔCt法对m SEPT9水平进行相对定量。收集相关临床资料，包括临床病理学资料（患者基本信息和病理学检查结果）和血清蛋白标志物[癌胚抗原（carcinoembryonic antigen,CEA）、糖类抗原（carbohydrate antigen,CA)12-5、CA19-9和CA72-4]并采用配对t检验、χ2检验和受试者工作特征（receiver operating characteristic,ROC）曲线进行分析。结果：m SEPT9在胃癌未治疗人群中的阳性率为35%(28/80），曲线下面积（area under curve,AUC）为0.815 ...     

基于循环肿瘤DNA的全景肿瘤变异分析在晚期肺癌患者中的临床应用

目的评估基于循环肿瘤DNA(ctDNA)的全景肿瘤变异分析在晚期肺癌中的临床应用。方法这是一项单中心、回顾性研究, 筛选2022年2月至2023年3月就诊于复旦大学附属中山医院的晚期肺癌患者, 所有患者均接受基于ctDNA的全景肿瘤变异分析, 最终纳入76例患者。收集晚期肺癌患者的外周血, 使用TruSight Oncology 500 ctDNA试剂盒进行基因变异分析。按照美国分子病理学协会/美国临床肿瘤学会/美国病理学家协会联合制定的体细胞变异解读指南将变异分为Ⅰ～Ⅳ级, 评估ctDNA指导靶向治疗的有效性。基本特征采用描述性统计, TMB相关因素的分析采用秩和检验。结果 ctDNA检测成功率为92.7%(76/82)。ctDNA检测的周转时间为10.5(9, 13)d。82.9%(63/76)的患者至少检出1个可治疗变异(即Ⅰ类或Ⅱ类变异), 28.6%(18/63)的患者接受了相应的靶向治疗, 并获得了18/18的疾病控制率以及12/18的客观缓解率。结论基于ctDNA的全景肿瘤变异分析可有效检出晚期肺癌患者携带的基因变异, 并为靶向治疗提供有价值的信息。     

结直肠癌患者血浆cfDNA检测方法的建立及临床应用评估

目的 建立基于下一代测序（NGS）平台的检测结直肠癌患者血浆循环游离DNA(cfDNA)的方法,并进行性能确认和临床应用评价。方法 在NGS平台上构建测定结直肠癌患者血浆cfDNA的检测系统（简称结直肠癌cfDNA panel）。对结直肠癌cfDNA panel的准确性、精确性、可用于抽提的最少样本量和投入量、分析灵敏度、分析特异性等性能指标进行评估。比较结直肠癌cfDNA panel与Miseq Dx二代测序平台及突变扩增阻滞系统（ARMS）（肿瘤组织样本）的一致性。结果 结直肠癌cfDNA panel的准确性为99.97%,对预期突变的检出率为100%。可用于血浆抽提的样本起始量为1 mL,cfDNA投入量为10 ng,分析灵敏度为0.2%。10000mg/L血红蛋白、500mg/L胆红素或2%脂肪乳对结直肠癌cfDNApanel抽提无影响。结直肠癌cfDNA panel与Miseq Dx二代测序平台和ARMS（肿瘤组织样本）的一致性分别为94.12%和90.91%,结直肠癌cfDNA panel与Miseq Dx二代测序平台检测KRAS、NRAS、BRAF、PIK3CA的阳性符合...     

转移性结直肠癌患者ctDNA基因突变检测方法的比较及影响因素分析

背景与目的：结直肠癌是常见的消化道肿瘤之一，中国的结直肠癌发病率和死亡率都位居前列。循环肿瘤DNA（circulating tumor DNA，ctDNA）作为一种非侵入性检测标志物在结直肠癌患者全病程管理中具有一定价值。通过对转移性结直肠癌（metastatic colorectal cancer，mCRC）患者血浆ctDNA中相关基因突变状态进行检测和分析，可协助制定患者个性化治疗方案。方法：本研究纳入2016年6月—2017年1月复旦大学附属中山医院收治的30例mCRC患者，利用二代测序（next generation sequencing，NGS）和MALDI-TOF检测患者血浆ctDNA中KRAS、NRAS、BRAF、PIK3CA基因的常见突变。将两个平台数据相互比较，同时结合病史、组织活检结果和微滴式数字聚合酶链反应（droplet digital polymerase chain reaction，ddPCR）得到的结果进行比较，评估本实验中NGS和MALDI-TOF检测的结果与综合获得的结果的符合率以及各自的阳性预测值和阴性预测值。结果：MALDI-TOF的符合率为76.67%，阳性预测值为86.67%，阴性预测值为66.67%。NGS的符合率为86.67%，阳性预测值为83.33%，阴性预测值为91.67%。结论：两个平台均可用于检测ctDNA中的常见突变，但NGS的阴性预测值要优于MALDI-TOF，同时突变位点丰度与原发灶是否手术切除以及患者是否接受过治疗有关。     

血浆ctDNA检测在结直肠癌诊疗中的应用

结直肠癌的发病率和死亡率逐年增加。一方面是因为缺乏合适的早期筛查手段,肠镜检查患者依从率并不理想;另一方面是由于治疗方式的局限性,部分患者的病灶无法通过手术根治,化疗、放疗效果存在不确定因素,而分子靶向治疗也有适应人群的限制。通过分子诊断技术检测患者血浆循环肿瘤DNA(ctDNA),可对患者的早期筛查、预后和对化疗药物的反应进行分析,从而指导临床治疗。文章围绕血浆ct DNA检测在结直肠癌诊疗中的应用作一综述。     

胚系BRCA1/2基因变异与乳腺癌患者临床特征的关系

目的 分析乳腺癌胚系BRCA 1/2基因变异(germline BRCA 1/2 mutation,gBRCAm)类型和分布情况,研究其与临床特征的关系。方法 采用二代测序对2019年6月至2021年4月于复旦大学附属中山医院就诊的146例乳腺癌患者进行gBRCAm检测。收集到其中94例乳腺癌患者的发病年龄、组织学分级、淋巴结状态以及雌激素受体(estrogen receptor,ER)、孕酮受体(progesterone receptor,PR)和人表皮生长因子受体-2(human epidermal growth factor receptor-2,HER-2)表达等信息。采用χ²检验和Fisher精确检验分析gBRCAm与乳腺癌临床特征的关系。结果 乳腺癌患者发生gBRCAm频率为12.3%。乳腺癌患者变异检出率显著高于公共数据库的报道(P=0.023)。94.4%的变异发生于外显子,5.6%发生于内含子的剪接区。移码变异、无义变异、大片段重排、剪接突变和同义突变分别占61.1%、16.7%、11.1%、5.5%和5.5%,其中1例为未报道的新变异位点。gBRCAm与乳腺癌发病年龄(P<0.001)、肿瘤家族史(P=0.008)、双侧乳腺癌(P=0.001)和三阴型乳腺癌(P=0.025)有关。在ER和PR阳性的乳腺癌患者中,携带胚系BRCA 2基因变异显著多于BRCA 1基因(P=0.041和P=0.026)。结论 乳腺癌患者携带的gBRCAm多为移码突变,位于重要的基因功能区和结构域上,且早发、肿瘤家族史和三阴型乳腺癌患者多携带gBRCAm。