长链非编码RNA KUCG1通过MAGEA11调节PTEN/AKT/mTOR途径促进ccRCC舒尼替尼的耐药性

目的:探究长链非编码RNA(lncRNA)KUCG1在肾癌舒尼替尼耐药中的作用.方法:qPCR检测舒尼替尼耐药的肾癌细胞KUCG1表达变化.CCK-8、侵袭实验和流式细胞术分析KUCG1对肾癌细胞增殖、侵袭、凋亡和耐药性的影响.Western blot分析KUCG1对PTEN/AKT/mTOR通路的影响.qPCR检测K...     

伪基因和长链非编码RNA在肾透明细胞癌患者血浆中的表达与临床意义

目的: 探讨肾透明细胞癌（简称肾癌）患者血浆中伪基因和长链非编码RNA(lncRNA)的表达及临床价值。方法: 收集50例肾癌患者和26例体检健康者的血浆样本，采用qRT-PCR检测血浆样本中伪基因和lncRNA的表达水平；运用cBioPortal、GEPIA、oncolnc、UALCAN、Kaplan Meier plotter等数据库分析差异表达的伪基因和lncRNA与患者预后的关系；应用MPH-dCase9介导转录调控上调目的基因在肾癌细胞系786-O中的表达，qRT-PCR验证其表达水平，CCK 8检测目的基因上调后细胞增殖活性；运用StarBase数据库预测目的基因的miRNA靶标并分析其在肾癌中的表达，通过Kaplan-Meier plotter数据库分析miRNA靶标与患者预后的关系。结果： 伪基因PLEKHA8P1、CXCR2P1、KLRAP1、FER1L4、PDXDC2P和lncRNA TLX1NB、DIO3OS在肾癌患者血浆中的表达水平均明显高于体检健康者，而LINC00482的表达明显低于体检健康者。伪基因PLEKHA8P1、CXCR2P1、FER1L4和lncRNA TLX1NB、LINC00482、DIO3OS在肾癌患者中发生不同频率的突变，且与患者总体生存期相关，其中，CXCR2P1、FER1L4和TLX1NB还与患者无病生存期相关；另外，PLEKHA8P1、KLRAP1、PDXDC2P、FER1L4和 DIO3OS高表达与患者不良预后相关，而LINC00482表达与患者总体生存期无关，TLX1NB低表达与不良预后相关，与预期相反。对TCGA数据库的肾癌样本进行分析发现，与正常组织比较，FER1L4和DIO3OS在肾癌组织中高表达，体外实验结果表明FER1L4和DIO3OS上调可促进786-O细胞增殖。通过StarBase数据库预测，分别获得24、13个FER1L4和DIO3OS的miRNA靶标，其中hsa-miR-556-5p和hsa-miR-660-5p在肾癌中的表达分别与FER1L4和DIO3OS表达呈负相关，并与肾癌患者不良预后相关。结论： 伪基因PLEKHA8P1、CXCR2P1、KLRAP1、FER1L4、PDXDC2P和lncRNA DIO3OS可作为肾癌潜在的早期诊断及预后生物标志物，其中FER1L4和DIO3OS可能通过调节hsa miR 556 5p和hsa-miR-660-5p参与肾癌发展。     

基于多重数据库的肾癌转移相关基因生物信息分析及功能初探

［摘要］目的: 通过生物信息学技术探讨肾癌转移瘤细胞与原发性肾癌细胞基因表达差异，寻找关键的差异基因及与其可能相关的分子机制。方法: 从GEO基因芯片数据库中下载人肾癌转移瘤和原发性肾癌的相关基因芯片数据GSE85258，用GCBI在线工具分析肾癌转移瘤和原发性肾癌的差异表达基因。分析差异表达基因GO及Pathway；筛选出既符合GO又符合Pathway的差异基因；将差异基因之间的相互作用及共表达关系构建基因网络图；构建差异基因Pathway网络图。通过体外细胞侵袭实验验证差异基因在肾癌细胞中的功能。结果： GSE85258数据集中共筛选出3 000个差异基因，其中表面活性蛋白2(SFTPA2)升高最显著，SLC17A3降低最明显。GO分析显示，差异基因主要参与DNA依赖性转录，信号转导，小分子代谢过程等多个生物学功能。Pathway分析显示，差异基因主要参与内质网蛋白质加工，代谢途径，癌症途径等生物学过程。差异基因相互作用分析显示MAPK1为核心信号传递中介，PRKCA、NRAS、NOS1等基因与其直接作用。差异基因间共表达既有正相关也有负相关，其中与周围基因关系最多的10个基因，互为正相关。Pathway网络分析显示MAPK信号通路是上下游通路最多的信号通路，其包含细胞周期、细胞凋亡、P53信号通路、癌症途径等与肿瘤发生相关的信号通路。侵袭实验显示，抑制SFTPA2表达可降低肾癌细胞的侵袭能力(t=18.44，P <0.01)。结论： 肾癌转移瘤细胞与原发性肾癌细胞存在表达差异基因，其中SFTPA2、MAPK1、PRKCA、NOS1可能是关键差异基因，其可能参与MAPK信号通路等，促进肾癌转移。