SARS病毒和其他冠状病毒中性突变速率初步的比较研究

目的比较SARS冠状病毒(SARS-CoV)与第1至第3组(其他3组)冠状病毒的中性突变速率之异同,为更深入研究SARS-CoV起源提供新的思路。方法在美国国立生物技术信息中心中获取其他3组26条病毒序列,同时选取7条SARS-CoV序列。计算各病毒株5个主要基因串联序列的同义替换核苷酸的数量(Ks值),以此值与时间创建散点图,并进行直线拟合,取得各自中性突变速率并比较。结果 SARS-CoV中性突变速率为7.33×10-6/位点.天,而其他3组冠状病毒为2×10-6/位点.天,仅约前者的1/3.5,但决定系数R2极低,无意义。经多种拟合检验,发现标本量和离散性不是本文R2低值的主要原因。结论用同一方法对SARS-CoV和其他3组冠状病毒的中性突变速率进行比较研究,结果显示两者明显不同或具不同的模式;提示和其他3组冠状病毒相比较,SARS-CoV在分子进化或起源模式上似有特别之处。     

SARS-CoV中性突变速率和有根系统发育树再研究及其起源的新思考

目的 SARS-CoV起源仍未清楚,本文应用系统发育分析方法重建有根系统发育树,比对文献资料,提出SARS-CoV起源的新思考,为最终找到SARS-CoV的真实起源打下基础.方法 在美国国立生物技术信息中心(national center for biotechnology information,NCBI)中获取9条SARS-CoV序列.计算其同义替换核苷酸的数量(Ks值),并构建散点图,进行直线拟合,获得SARS-CoV的中性突变速率；进一步计算最近共同祖先日期(time of most recent common ancestor,TMRCA),最后绘制系统发育树.结果 SARS-CoV中性突变速率为7.6× 10-6/位点·天(t=18.95,P＜0.001),R2 =0.98,直线拟合的可信度较高.绘制出的有根系统发育树发现有异常之处,并和有关文献无根树对照,提示SARS-CoV进化上存在“逆向进化”.结论 SARS-CoV在流行中出现“逆向进化”,SARS-CoV的起源可能是非自然性的,可能是非完全动物源性.     

现在自然界和人群中已不存在非典病毒

非典(SARS)流行至今已近10年,虽被进行了全面广泛深入的研究,但其起源和贮存宿主仍不明确。我们发现SARS的流行自然史和迄今世界上的传染病均不相符,其原因是非典病毒(SARS CoV)经"非寻常进化"方式,很可能是"非自然"方式进入人群。对几乎所有的SARS CoV基因变异、进化、跨种传播等既往研究,我们进行重新审视并综合分析,发现以往研究多从微观和一个侧面思考问题,而本文则从全新之视角,结合流行病学和生物进化理论,首次阐明:SARS CoV经历了逆向进化;自然界根本不存在SARS CoV的直接祖先和贮存宿主,故其流行后即从人群和动物界消失。因此建议卫生部正式向WHO等有关国际机构申请组织专家委员会,实证自然界和人群中已无SARS CoV,并予宣布。